edittag

edittag jest zbiorem aplikacji do projektowania zestawów edycji metrycznych znaczników sekwencji, sprawdzanie tagów sekwencji dla konformacji do metryki edycji i integracji tagów sekwencji do konkretnej platformy adapterów sekwencjonowania i starterów PCR. edittag różni się od innych metod:
& Nbsp; * edittag generuje dowolne długości edycyjnych-metryczne znaczników sekwencji w rozsądnych ramach czasowych wykorzystujących wieloprocesorowe
& Nbsp; * edittag produkuje zestawy tag sekwencji metryka edycja odpowiadają odległości edycji wybranego
& Nbsp; * edittag używane Primer3 zintegrować znaczniki sekwencji do starterów PCR
Oferujemy kilka dużych zestawów edycji metryka znaczników sekwencji zaprojektowanych przy użyciu edittag w następujących formatach:
& Nbsp; * tekst - plik ten jest w odpowiednim formacie dla check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * CSV
& Nbsp; * bazy danych SQLite
Cytat
Faircloth pne, Glenn TC. Duże zestawy edycji-metryczne identyfikacji sekwencji
Tagi dla ułatwienia multipleksowania na dużą skalę z odczytuje z masowo
sekwencjonowanie równoległe. doi_
Instalacja:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
tar -xzf package.tar.gz
python setup.py install
magazyn
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
Opcjonalny pakiet (p-Levenshteina)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshteina-0.10.1.tar.bz2
python setup.py install
Opcjonalny pakiet (Primer3)
Jeśli chcesz edytować zaprojektować startery zawierające metrykę tagów sekwencji, trzeba najpierw zainstalować zmodyfikowaną wersję Primer3:
git clone git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-Primer3 / src
zrobić
make install
Upewnij się, że przenieść pliki binarne z mod-Primer3 do miejsca w swojej ścieżce (przesunąć przynajmniej Primer3-długi i primer3_config do tego samego katalogu w ścieżce). Następnie można uruchomić

Wymagania :

• Python
• NumPy
• Levenshteina
• mod-Primer3