E-Cell System

System E-Cell jest koncepcja budowy komórek wirtualnych na komputerach.
Układ E-Cell jest pakiet oprogramowania obiektowego modelowania, symulacji i analizy złożonych systemów na dużą skalę, takich jak komórki, zaprojektowanego przez biologicznych Takahashi i pisemnych Kouichi przez wspaniały zespół programistów. Zasadnicza część systemu, E-CELL Simulation Environment w wersji 3, pozwala na wiele elementów napędzanych wielu algorytmów w różnych terminach, aby współistnieć.
Projekt E-Cell to międzynarodowy projekt badawczy mający na celu opracowanie niezbędnych podpór teoretyczne, technologii i platform oprogramowania do symulacji komórek umożliwiają precyzyjną całość.
Układ E-Cell składa się z następujących trzech głównych części:
- E-Cell Simulation Environment (lub E-Cell SE)
- E-CELL Modelowanie Środowisko (lub E-CELL ME)
- E-Cell Analiza Toolkit

Opis :

• Możliwości bbli Podstawowe:
• obiektowego modelowania i symulacji złożonych systemów.
• Plug-in architektury. Nowe klasy obiektu użytkownika mogą być rozwijane, załadowane dynamicznie i stosowane w symulacji.
• interakcji użytkownika w czasie rzeczywistym i wizualizacji podczas symulacji.


• Skrypty:
• Python skryptów z sesji symulacji (manipulacja bieg / stop / parametr / przetwarzania danych itp ...).
• Python skryptów eksperymentu symulacyjnego, która obejmuje wielokrotnie uruchamiać sesji symulacyjnych (takie jak dostrajanie parametrów, metabolicznej analizy kontrolnej itp ..)
• Python skryptów generowania pliku modelu (np do automatycznej budowy modelu z baz danych).


• Kompatybilność bbli:
• Poziom SBML 1/2 importu.
• Poziom SBML 1/2 eksportujących.


• Równoległe obliczenia:
• Wspólna pamięć, wielowątkowym zrównoleglanie pojedynczej sesji symulacyjnych. (Być połączone w głównej gałęzi.)
• Cluster i sieci rozproszone obliczanie wielu sesji symulacyjnych. Sun Grid Engine, (Globus Toolkit).

Co nowego w tym wydaniu:.

• W tej wersji dodano różne poprawki błędów,

Co nowego w wersji 3.1.107 RC2:

• Naprawiono błąd w ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Poprawiono błąd w ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Co nowego w wersji 3.1.107 RC1:

• Naprawiono problem z kompilacją na nowszych GCC (& gt; = 4,3). (Moriyoshi)
• Zintegrowane pyecs język pyecell. (Moriyoshi)
• Połączony ecell.emc do ecell.ecs uniknąć statycznego inicjatora tajemniczości w jakiejś platformy (w tym Mac OS X). (Moriyoshi)
• Dwa GUI nakładki (session-i modelu monitora edytor) zostały odnowione za dwa pakiety modułów Pythona, ecell.ui.osogo i ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• Przeniesiony GtkSessionMonitor do ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor, że mieszka w ecell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• Zmiana nazwy ecell.SessionManager do ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Usunięto następujące stałe z ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)