tapir

tapir jest narzędziem, które zawiera programy w Pythonie do oszacowania i wykreślić filogenetycznego informatywności dla dużych zbiorów danych.
Powołując tapir
Podczas korzystania tapir, proszę przytoczyć:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: tapir zapewnia wysoką przepustowość analizy filogenetycznej informatywności.
- Townsend JP: Profilowanie filogenetycznego informatywności. Systematyczne Biol. 2007, 56: 222-231.
- Staw SLK, Frost SDW, Muse SV: Hyphy: Hipoteza testowanie za pomocą phylogenies. Bioinformatyka 2005, 21: 676-679.
instalacji
Na razie Najprostszym sposobem zainstalowania programu jest:
git clone git: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / ścieżka / do / tapir
Aby uruchomić testy:
cd / ścieżka / do / tapir /
Test python / test_townsend_code.py
Zastosowanie
Kod estimate_p_i.py nazywa plik wsadowy dla Hyphy, która jest w templates /. Ten plik musi być w tym samym położeniu względem gdziekolwiek umieścić estimate_p_i.py. Jeśli zainstalujesz cienki jak wyżej, wszystko będzie w porządku, na razie.
Biegać:
cd / ścieżka / do / tapir /
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - wyjście KATALOG_WYJŚCIOWY
& Nbsp; - epoki = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - czas = 37,93,100,170
& Nbsp; - wieloprocesorowe
--multiprocessing jest opcjonalny, bez niego, każdy locus będą uruchamiane sukcesywnie.
Jeśli już uruchomić powyższe i zapisane wyniki do folderu wyjściowego (patrz poniżej), można skorzystać z wcześniej istniejących rejestrów strona oprocentowaniu niż szacowania tych dzięki:
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - wyjście KATALOG_WYJŚCIOWY
& Nbsp; - epoki = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - czas = 37,93,100,170
& Nbsp; - wieloprocesorowe
& Nbsp; - site-Stawki
Wyniki
tapir pisze wyników do bazy danych sqlite w katalogu wyjściowym wyboru. Ten katalog zawiera także pliki w formacie stóp miejsce dla każdego locus JSON przeszła przez tapir_compute.py.
Możesz uzyskać dostęp do wyników w bazie danych w następujący sposób. Więcej przykładów, w tym spisek, zapoznaj się z dokumentacją
- Podkręć SQLite:
& Nbsp; sqlite3 KATALOG_WYJŚCIOWY / filogenetyczne-informativeness.sqlite
- Uzyskać dane zintegrowane dla wszystkich epokach:
& Nbsp; wybierz locus, interwał, z pi loci, interwał, gdzie loci.id = interval.id
- Uzyskać zintegrowane dane dla konkretnej epoki:
& Nbsp; wybierz locus, interwał, z pi loci, odstęp
& Nbsp; gdzie odstęp = '95 -105 "i loci.id = interval.id;
- Uzyskać liczbę loci o max (PI) w różnych epokach:
& Nbsp; tworzenie tabeli tymczasowej AS SELECT id max max (pi) w przedziale od grupy max przez ID;
& Nbsp; tworzenie tabeli tymczasowej AS SELECT interval.id t, przedziału, max, max z przedziału
& Nbsp; gdzie interval.pi = max.max;
& Nbsp; wybierz interwał, count (*) z grupy przez przedziale t;
Podziękowania
Dziękujemy Francesc Lopez-Giraldez i Jeffrey Townsend za zapewnienie nam kopie ich kodu źródłowego web-aplikacji. . BCF dzięki S i P Gowaty Hubbell

Wymagania :

• Python
• scipy
• NumPy
• DendroPy
• hyphy2 (pobierz lub zbudować jednowątkowych hyphy2)