Jmol

Jmol to otwarte, wieloplatformowe i bezpłatne oprogramowanie graficzne, które pierwotnie miało działać jako przeglądarka molekularna dla struktur chemicznych 3D. Działa w czterech trybach autonomicznych, jako aplikacja internetowa HTML5, program Java, aplet Javy i "bezgłowy" komponent po stronie serwera.

Kluczowe funkcje obejmują obsługę renderowania 3D o wysokiej wydajności, bez konieczności korzystania z żadnego zaawansowanego sprzętu, eksport plików do formatów JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ i POV-Ray, obsługują podstawowe komórki jednostek, obsługują RasMol i Chime języki skryptowe, a także biblioteka JavaScript.

Ponadto oprogramowanie obsługuje animacje, powierzchnie, wibracje, orbitale, pomiary, symetrię i operacje komórek elementarnych oraz schematyczne kształty.

Obecnie aplikacja obsługuje szeroką gamę formatów plików, wśród których możemy wymienić MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Gaussian, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO i MOPAC.

Dodatkowo obsługiwane są również CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, ODydata, Xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR i JME .

Obsługuje wszystkie główne przeglądarki internetowe

Oprogramowanie zostało pomyślnie przetestowane ze wszystkimi głównymi przeglądarkami internetowymi, w tym Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera i Safari. Wyżej wymienione aplikacje przeglądarki zostały przetestowane na wszystkich głównych systemach operacyjnych (patrz następna sekcja dotycząca systemów operacyjnych).

Będąc napisanym w języku programowania Java, Jmol jest niezależną od platformy aplikacją zaprojektowaną do obsługi wszystkich dystrybucji GNU / Linux, systemów operacyjnych Microsoft Windows i Mac OS X oraz każdego innego systemu operacyjnego, w którym zainstalowane jest środowisko Java Runtime Environment.

Co nowego w tej wersji:

• Poprawka błędu: Jmol SMILES nie pozwala na wyszukiwanie kodu wstawiania - dodaje & quot; ^ & quot; dla kodu wstawiania: [G # 129 ^ A. *]

Co nowego w wersji:

• Poprawka błędu: Jmol SMILES nie pozwala na wyszukiwanie kodu wstawiania - - dodaje "^" dla kodu wstawiania: [G # 129 ^ A. *]

Co nowego w wersji 14.20.3:

• Poprawka błędu: Jmol SMILES nie pozwala na wstawienie- wyszukiwanie kodu - dodaje "^" dla kodu wstawiania: [G # 129 ^ A. *]

Co nowego w wersji 14.6.5:

• naprawa usterek: Jmol SMILES nie pozwala na wyszukiwanie kodu wstawiania - dodaje "^" dla kodu wstawiania: [G # 129 ^ A. *]

Co nowego w wersji 14.6.1:

• Poprawka błędu: Jmol SMILES nie pozwala na wstawienie- wyszukiwanie kodu - dodaje "^" dla kodu wstawiania: [G # 129 ^ A. *]

Co nowego w wersji 14.4.4 Kompilacja 2016.04.22:

• poprawka błędu: zestawy atomów adnotacji nieskorygowany o dodane wodory
• Poprawka błędu: 14.3.3_2014.08.02 złamał czytnik mmCIF
• bug fix: czytanie BinaryDocument (Spartan) w 14.1.12_2014.03.18

Co nowego w wersji 14.4.4 Kompilacja 2016.04.14:

• Poprawka błędu: zestawy atomów opisów nieskorygowany o dodane wodory
• Poprawka błędu: 14.3.3_2014.08.02 złamał czytnik mmCIF
• bug fix: czytanie BinaryDocument (Spartan) w 14.1.12_2014.03.18

Co nowego w wersji 14.4.4 Kompilacja 2016.03.31:

• Poprawka błędu: zestawy atomów adnotacji nieskorygowany o dodane wodory
• Poprawka błędu: 14.3.3_2014.08.02 złamał czytnik mmCIF
• bug fix: czytanie BinaryDocument (Spartan) w 14.1.12_2014.03.18

Co nowego w wersji 14.4.3 Build 2016.03.02:

• Poprawka błędu: zestawy atomów adnotacji nie są dostosowane do dodanych wodorów
• Poprawka błędu: 14.3.3_2014.08.02 złamał czytnik mmCIF
• bug fix: czytanie BinaryDocument (Spartan) w 14.1.12_2014.03.18

Co nowego w wersji 14.4.3 Build 2016.02.28:

• Poprawka błędu: zestawy atomów opisów nieskorygowany o dodane wodory
• Poprawka błędu: 14.3.3_2014.08.02 złamał czytnik mmCIF
• bug fix: czytanie BinaryDocument (Spartan) w 14.1.12_2014.03.18

Co nowego w wersji 14.4.2 Build 2016.02.05:

• Poprawka błędu: zestawy atomów opisów nieskorygowany o dodane wodory
• Poprawka błędu: 14.3.3_2014.08.02 złamał czytnik mmCIF
• bug fix: czytanie BinaryDocument (Spartan) w 14.1.12_2014.03.18

Co nowego w wersji 14.4.0 Build 2015.12.02:

• Poprawka błędu: zestawy atomów opisów nieskorygowany o dodane wodory
• Poprawka błędu: 14.3.3_2014.08.02 złamał czytnik mmCIF
• bug fix: czytanie BinaryDocument (Spartan) w 14.1.12_2014.03.18

Co nowego w wersji 14.2.15:

• Poprawka błędu: zestawy atomów adnotacji nie są dostosowane do dodanych wodorów
• Poprawka błędu: 14.3.3_2014.08.02 złamał czytnik mmCIF
• bug fix: czytanie BinaryDocument (Spartan) w 14.1.12_2014.03.18

Co nowego w wersji 14.2.13:

• Poprawka błędu: zestawy atomów adnotacji nie są dostosowane do dodania wodory
• Poprawka błędu: 14.3.3_2014.08.02 złamał czytnik mmCIF
• bug fix: czytanie BinaryDocument (Spartan) w 14.1.12_2014.03.18

Co nowego w wersji 14.2.12:

• Poprawka błędu: zestawy atomów adnotacji nie są dostosowane do dodania wodory
• Poprawka błędu: 14.3.3_2014.08.02 złamał czytnik mmCIF
• bug fix: czytanie BinaryDocument (Spartan) w 14.1.12_2014.03.18

Co nowego w wersji 14.1.8 Beta:

• nowa funkcja - ustaw kreskówkęRibose:
• rysuje w pierścieniach rybozy, z fasetkami ukazującymi zmarszczki
• łączy się bezpośrednio przez C4'-C5'-O5'-P
• pokazuje C3'-O3 dla odniesienia.
• wyłącza cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Edges)
• wyłączone przez SET cartoonBaseEdges ON
• sugeruje Rick Spinney, Stan Ohio
• nowa funkcja: ramka animacji [a, b, c, d] działa z liczbami ujemnymi, aby wskazać zakresy:
• Ramka animacji [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7]
• Odczytano jako "1 do 5, a następnie 10 do 6"
• nowa funkcja: czytnik plików Tinker (i aktualizacja czytnika FoldingXYZ):
• Może używać Tinker ::, ale jest to wymagane tylko, jeśli pierwsza linia to JUST atomPamieć
• mieści starszy format Tinkera z atomami n-1 dla atomCount
• pozwala na trajektorie i pożądany numer modelu
• nowa funkcja: (właściwie 13,1 ale nieudokumentowane) ramka animacji [51 50 49 48 47 46 45 (etc) 27 1 2 3 4 5 6 7 (etc) ....]
• nowa funkcja: x = porównaj ({atomset1}, {atomset2}, "MAP")
• nowa funkcja: x = porównaj ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "wszystkie")
• nowa funkcja: x = porównaj ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "najlepszy")
• nowa funkcja: x = porównaj ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
• nowa funkcja: x = porównaj ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
• nowa funkcja - x = porównaj ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "najlepiejH"):
• generuje jedną lub więcej list korelacji na podstawie niearomatycznych SMILES
• opcjonalnie zawiera atomy H
• Opcjonalnie generuje wszystkie możliwe mapowania atomów
• zwraca int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• gdzie an i bn są indeksami liczb całkowitych lub listami, gdy "wszystkie" są wybrana opcja.
• Poniższe wygeneruje jedną mapę korelacji atomu dla dwóch struktur, w tym atomów wodoru: pliki ładowania "a.mol" "b.mol" x = porównaj ({1.1} {2.1} "MAP" "H")
• poniższe porównuje model kofeiny z NCI do tego z PubChem:
• załaduj kofeinę, załaduj dodatek: kofeina, ramka *
• wybierz 2.1; etykieta% [atomIndex]
• porównaj {1.1} {2.1} SMILES rotate translate
• x = porównaj ({1.1}, {2.1}, "MAP" "najlepiejH")
• dla (a in x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; wybierz atomindex = a1; label @ a2}
• nowa funkcja: porównaj {model1} {model2} SMILES:
• nie trzeba dawać SMILE; Jmol może wygenerować go z {model1}
• nowa funkcja: x = {*}. find ("SMILES", "H"):
• generuje SMILES z jawnymi atomami H
• naprawiono błąd: funkcja podstruktury () używająca SMILES zamiast SMARTS, więc tylko pełne struktury;
• naprawa błędów: lepsze pułapki błędów i wiadomości w metodach związanych ze SMILES
• Poprawka błędu: spraw, by wyszukiwanie przez webexport ścieżki do Jmol.jar i jsmol.zip było bardziej niezawodne.
• Poprawka błędu: getProperty extractModel nie honoruje podzbioru
• bug fix: set pdbGetHeader TRUE nie przechwytuje REMARK3 REMARK290 REMARK350
• Poprawka błędu: getProperty ("JSON", ...) powinno zawijać wartość w {wartość: ...}
• Poprawka: MO stała przezroczystość złamana w 11.x
• bug fix: show MENU write MENU załaduj MENU wszystko zepsute w 12,2
• Poprawka błędu: {*} [n] powinna być pusta, jeśli nAtoms

Co nowego w wersji 14.0.7:

• Poprawka: 14.0.6 śmiertelnie zakodowana - renderowanie unitcell i echo, getProperty

Co nowego w wersji 14.0.5:

• Poprawka: uszkodzona przezroczystość LCAOCartoon
• Poprawka: złamanie przezroczystego szkieletu
• Poprawka: uszkodzone czytniki pqr, p2n
• Poprawka: właściwość mapy isosurface xxx może się nie powieść, jeśli powierzchnia jest fragmentem, który (w jakiś sposób) ma punkt niezwiązany z podstawowym atomem.

Co nowego w wersji 14.1.5 Beta:

• Poprawka błędu: przezroczystość LCAOCartoon złamana
• Poprawka błędu: złamano półprzezroczysty szkielet
• Poprawka: uszkodzone czytniki pqr, p2n
• Poprawka błędu: właściwość mapy isosurface xxx może się nie powieść, jeśli powierzchnia jest fragmentem, który (w jakiś sposób) ma punkt niezwiązany z podstawowym atomem.

Co nowego w wersji 14.0.4:

• Poprawka: złamane rakiety
• Poprawka: PDB byChain, bySymop nie jest obsługiwana.

Co nowego w wersji 14.0.2:

• Poprawka błędu: modulacja nie rozróżniająca między q i t;
• Poprawka błędu: pomiary modulowane nie działają
• Poprawka błędu: nie pomijamy ustawienia defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• bug fix: isosurface map atomic orbital failed
• Poprawka błędu: wibracyjny wyświetlacz modulacji z odległościami nie aktualizuje się
• Poprawka błędu: funkcja wibracji powoduje niepotrzebne ostrzeżenie w konsoli
• bug fix: draw symop broken
• Poprawka błędu: array.mul (matrix3f) zawiesza Jmol
• Poprawka: wybierz symop = 1555 zepsuty
• bug fix: set picking dragSelected nie działa
• code: refaktoryzowany CifReader, oddzielanie kodu MMCifReader i MSCifReader: niewielkie zmiany nazwy / refaktoryzacja metod w SV
• code: dodaje interfejs javajs.api.JSONEncodable
• super prosta implementacja w org.jmol.script.SV
• umożliwia implementację javajs do dostarczania niestandardowych wyników JSON

Co nowego w wersji 14.1.2 Beta:

• nowa funkcja: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (aplet, wyrażenie):
• lepsze niż Jmol.evaluate, ponieważ wynikiem jest zmienna JavaScript, a nie ciąg.
• ODRADZANIE JSmol api Jmol.evaluate (aplet, wyrażenie)
• nowa funkcja: getProperty ("JSON", ....):
• zwraca kod JSON dla właściwości
• umożliwia JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray ("variableInfo", "niektóre wyrażenie")
• nowa funkcja: getProperty variableInfo:
• umożliwia pobieranie zmiennych w formacie Java lub JSON
• ocenia wyrażenie
• domyślnie "wszystkie"
• nowa funkcja: modulacja regulowana przez q i t, do d = 3:
• Modulacja włączona / wyłączona (wszystkie atomy)
• moduation {atom set} on / off
• modulacja int q-offset
• modulacja x.x t-offset
• modulacja {t1 t2 t3}
• modulacja {q1 q2 q3} TRUE
• nowa funkcja: pickedList:
• uporządkował tablicę ostatnio wybranych atomów
• może być użyty tak samo jak zmienna PICKED, ale jest uporządkowana sekwencyjnie, a nie tymczasowo
• dwukrotne kliknięcie struktury powoduje wyczyszczenie listy
• @ {pickedList} [0] ostatnio wybrany atom
• @ {pickedList} [- 1] następny do niedawna wybrany atom
• @ {pickedList} [- 1] [0] dwa ostatnie wybrane atomy
• nowa funkcja: array.pop (), array.push () - podobna do JavaScript
• nowa funkcja: skala modulacji x.x
• nowa funkcja: caption & quot; xxxxx & quot; x.x - liczba sekund do uruchomienia
• nowa funkcja: modulacja 0.2 // ustawia wartość t
• nowa funkcja: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push ("testing"); print a.pop ()
• nowa funkcja: wybierz ustawienie atomów ON / OFF:
• włącza lub wyłącza zaznaczanie aureoli oraz dokonuje wyboru
• tylko wygoda
• nowa funkcja: pt1.mul3 (pt2):
• zwraca {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• jeśli oba nie są punktami, powraca do prostego mnożenia
• new reature: array.mul3 (pt2) - stosuje mul3 do wszystkich elementów tablicy
• nowa funkcja: {atomset} .modulacja (typ, t):
• dostarcza P3 (modulacja przemieszczenia)
• implementowane tylko dla typu = "D" (opcjonalnie)
• opcjonalnie t jest domyślnie 0
• Poprawka: modulacja nie rozróżniająca między q i t;
• Poprawka błędu: pomiary modulowane nie działają
• Poprawka błędu: nie pomijamy ustawienia defaultLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• bug fix: isosurface map atomowa porażka orbitalna
• Naprawiono błąd: wibracyjny wyświetlacz modulacji z odległościami nie aktualizuje się
• Poprawka błędu: funkcja wibracji powoduje niepotrzebne ostrzeżenie w konsoli
• bug fix: draw symop broken
• Poprawka błędu: array.mul (matrix3f) zawiesza Jmol
• bug fix: wybierz symop = 1555 zepsuta poprawka: set picking dragSelected nie działa
• code: refaktoryzowany CifReader, oddzielający MMCifReader i MSCifReader
• code: niewielkie zmiany nazwy / refaktoryzacja metod w SV
• kod: dodaje interfejs javajs.api.JSONEncodable:
• super prosta implementacja w org.jmol.script.SV
• umożliwia implementację javajs do dostarczania niestandardowych wyników JSON

Co nowego w wersji 14.0.1:

• nowa funkcja: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (domyślnie 55)
• nowa funkcja: funkcja load (), podobnie jak w przypadku obciążenia drukowania ("xxx"), ograniczone lokalne czytanie pliku w aplecie:
• brak plików katalogu root
• brak plików bez rozszerzenia
• brak plików z żadnym & quot ;. & quot; w ścieżce
• nowa funkcja: pliki JAR są bezpiecznie podpisane
• nowa funkcja: pliki JAR apletu zawierają JNLP (Java Network Launch Protocols) do lokalnego wczytywania plików
• nowa funkcja: opcje JSmol URL _USE = _JAR = _J2S = przesłonięcia danych informacyjnych
• nowa funkcja: (był obecny, ale nieudokumentowany) print kwaternion ([tablica kwaternionów]) - zwraca sferyczne znaczenie a la Buss i Fillmore
• nowa funkcja: drukuj kwaternion ([tablica kwaternek], prawda):
• zwraca standardowe odchylenie dla sferycznego środka a la Buss i Fillmore
• jednostki są stopniami kątowymi
• nowa funkcja - o nazwanych modułach kwaternionowych:
• drukuj kwaternion (1,0,0,0)% "macierz"
• opcje obejmują w x y z normal eulerzxz eulerzyz vector theta axisx axisy axisz axisangle matrix
• nowość - ustaw celShadingPower:
• ustawia siłę cieniowania
• wartości całkowite
• domyślnie 10 to gruby wiersz
• 5 to cienka linia
• 0 powoduje wyłączenie cieniowania
• wartość ujemna usuwa wewnętrzne cieniowanie - tylko kontur
• działa na pikselach w oparciu o źródło światła normalnego (moc> 0) lub użytkownika (moc <0)
• ustawia kolor na kontrast tła (czarny lub biały), gdy normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• nowa funkcja: raporty odczytu mmCIF _citation.title w konsoli skryptów Jmol
• nowa funkcja: TYLKO zminimalizuj SELECT {atomset} - TYLKO opcja wyklucza wszystkie inne atomy
• nowa funkcja: minimize {atomset} - implicit SELECT i ONLY
• nowa funkcja - "rozszerzenia" katalogów w JSmol dla skomentowanych skryptów JS i SPT:
• jsmol / js / ext
• jsmol / spt / ext
• nowa funkcja: załaduj ... filtr "ADDHYDROGENS & quot; - lokalny zestaw pdbAddHydrogens tylko dla jednego polecenia ładowania
• nowa funkcja: porównaj {1.1} {2.1} BONDS SMILES
• nowa funkcja: list = porównaj ({atomset1} {atomset2} "SMILES" "BONDY")
• nowa funkcja: napisz JSON xxx.json
• nowa funkcja: [# 210] JSON {"mol": ...} czytnik
• Nowa funkcja - set particleRadius:
• promień globalny dla atomów powyżej maksymalnej wartości promienia (16.0)
• domyślnie 20.0
• nowa funkcja - filtry CIF i PDB "BYCHAIN" i "BYSYOP"; w przypadku cząsteczki wirusa:
• tworzy tylko jeden atom na łańcuch lub na symop
• rozmiar może być skalowany większy niż maksimum 16 Angstromów przy użyciu, na przykład:
• set particleRadius 30;
• spacefill 30; // Każda liczba powyżej 16 tutaj używa particleRadius zamiast
• nowa funkcja: list = porównaj ({atomset1} {atomset2} SmartsString "BONDS")
• nowa funkcja: funkcja symop () umożliwia symetrię z filtru biomolekularnego dla PDB i mmCIF
• nowa funkcja - isosurface SYMMETRY:
• stosuje operatorów symetrii do isosurface
• bardziej wydajne renderowanie i tworzenie
• wybór domyślny to tylko {symop = 1}
• Domyślnym kolorem jest kolorowanie według symop na podstawie właściwości propertyColorScheme
• example:
• załaduj pierwszy filtr "biomolekułę 1"
• symopcja właściwości kolorów
• rozdzielczość isosurface sa 0.8 symetria sasurface 0
• nowa funkcja - nowa właściwość atom: chainNo:
• sekwencyjnie od 1 dla każdego modelu;
• chainNo == 0 oznacza "brak łańcucha"; lub łańcuch = ''
• nowa funkcja - nowa właściwość właściwość ColorScheme "przyjazna":
• Przyjazne kolorystycznie schematy kolorów
• używane w RCSD
• nowa funkcja: JSpecView całkowicie bez Java; obejmuje drukowanie widm 2D nmr i PDF
• nowa funkcja - WRITE PDF "xxx.pdf" jakość & gt; 1 tryb krajobrazowy żądań:
• wykorzystuje wydajne niestandardowe klasy tworzenia plików PDF
• Dopasowuje obraz, jeśli jest zbyt duży
• nowa funkcja: JSpecView dodaje PDF i 2D NMR dla JavaScript
• nowa funkcja: ładowanie "== xxx" FILTR "NOIDEAL" - Ładunek składników chemicznych z PDB przy użyciu "nonideal" zestaw współrzędnych
• bug fix: napisz CD usunięte; ChemDoodle zmienił formaty; zamiast tego użyj JSON
• Poprawka błędu: pliki PDB i CIF wskazywały zestawy, takie jak PAU jako duża liczba ujemna
• Poprawka błędu: PORÓWNAJ bez rotacji zaczyna nieskończoną pętlę
• Poprawka błędu: problem z pętlą z opóźnieniem (-1)
• Poprawka błędu: kółko myszy dla przeglądarki Chrome w języku JavaScript
• Poprawka błędu: korekcja menu podręcznego JavaScript dla zmian językowych
• Poprawka błędu: podstawowe komponenty JavaScript nie są przetwarzane; Jmol._debugCode nierozpoznany
• Poprawka błędu: przesunięcie unitcell niepoprawnie dla biomolekuł; Niepoprawny początek dla osi.
• Poprawka: isosurface / mo FRONTONLY broken
• Poprawka błędu: lokalizacja języka zepsuta w JavaScript
• Poprawka błędu: Czytnik ADF nie odczytuje wyjścia MO z DIRAC Build 201304052106
• Poprawka błędu: Safari zgłasza żółte informacje Jmol zamiast pytać o akceptację apletu
• - tag musi być
• Poprawka błędu: Czytnik CIF nie obsługuje poprawnie _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
• - błędny zestaw atomów dla obciążenia = filtr 3fsx.cif "ZESTAW 1"
• bug fix: [# 558 Problem kompatybilności z ChemDoodle] Błąd JSmol w definicji Number.toString ()
• Poprawka błędu: kółko myszki nie działa poprawnie
• Poprawka błędu: błąd kompilatora JavaScript J2S nie wiąże się z int + = float to integer
• Poprawka: złamano opcję WEBGL w języku JavaScript
• Poprawka błędu: JavaScript NMRCalculation nie ma dostępu do zasobów
• Poprawka błędu: JavaScript nie został zaimplementowany
• Poprawka: Poprawka czytelnika MOL dla pliku z wieloma modelami (tylko 13.3.9_dev)
• bug fix: błąd czytnika MOL z obciążeniem APPEND - nie kontynuuje numerów atomów
• bug fix: Czytnik modulacji CIF nie czyta liniowych kombinacji wektorów fal komórkowych
• Poprawka błędu: odczyt CIF z filtrem "BIOMOLECULE 1" kończy się niepowodzeniem, jeśli tylko operacja tożsamości
• Poprawka błędu: czytnik mmCIF nie czyta wszystkich opcji _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
• naprawienie błędu: wpis PDB CRYST 1.0 1.0 1.0 90 90 90 powinien oznaczać "brak komórki elementarnej"; niezależnie od filtra biomolekuł
• Poprawka błędu: płyta isosurface nie przystosowuje się dobrze do płaskich cząsteczek, takich jak HEM ​​
• bug fix: print userfunc () może się nie udać (userfunc () samo w sobie jest w porządku)
• Poprawka błędu: wewnątrz (helix) nie zaimplementowana dla polimerów tylko C-alfa
• Poprawka błędu: _modelTitle nie jest aktualizowany po załadowaniu lub usunięciu nowego pliku
• Poprawka błędu: {*}. symop.all nie dostarcza poprawnie operatora symetrii
• Poprawka błędu: dla potrójnego wiązania w SMILES w adresach URL
• Poprawka błędu: build.xml brakujące klasy tworzenia plików PDF
• Poprawka błędu: po aktualizacji Java, dodaniu właściwego sprawdzania ścieżki dla podpisanego lokalnego apletu
• Poprawka błędu: {xxx} .property_xx nie została zapisana w stanie (zepsuta 8/7/2013 rev 18518)
• bug fix: Manifesty zaktualizowane dla podpisanych i niepodpisanych plików JAR apletu
• Poprawka błędu: zapis nie powiedzie się
• Poprawka: metoda applet ScriptWait () została uszkodzona
• Poprawka błędu: sesja PyMOL może wyświetlać komórkę jednostkową po odczytaniu ze stanu zapisanego
• Poprawka błędu: Czytnik MMCIF nie działa w przypadku wielu typów zespołów
• Poprawka błędu: czytnik CIF "biomolekuła 1" tłumacząc na "molecular"; zamiast "montażu"
• Poprawka błędu: załaduj trajektorię z wieloma niedziałającymi plikami
• Poprawka błędu: menu kontekstowe apletu JS nie zamyka się poprawnie po zmianie języka
• Poprawka błędu: atrybut identyfikatora HTML checkbox nie został przypisany
• code: refaktoryzacja kodu applet / appletjs; org.jmol.util.GenericApplet
• code: refaktoryzacja, uproszczenie buforowanych czytników i buforowanych strumieni wejściowych.
• kod: refaktoryzacja JavaScript, lepsza kompilacja _... xml
• code: JavaScript Integer, Long, Short, Byte, Float, Double all remired
• code: ujednoznacznienie GT ._
• code: Refaktoryzował wszystkie niepotrzebnie klasy wewnętrzne na najwyższy poziom
• code: isolated util / ModulationSet przy użyciu api / JmolModulationSet
• code - Cała lokalizacja języka apletu odczytana ze zwykłych plików .po:
• jak dla JavaScript już
• nie ma potrzeby kompilowania plików klas dla języków apletowych
• brak plików .jar języka
• Nowy katalog jsmol / idioma zawiera pliki .po dla języków Java i HTML5
• code: szybsze renderowanie isosurface, dodawanie niejawne & quot; frontonly & quot; wybierz TYLKO {xxx}
• kod: szybsze renderowanie izopowierzchniowe z niejawnym "właściwością isosurfaceproperty" Wygładzanie FALSE & quot; w odpowiednich przypadkach (całkowitych)
• code: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - konsoliduje wszystkie odwołania do URL.getContent () i Class.getResource ()
• code: JavaScript działa, aby rozwiązać problem z klasą wewnętrzną przy zmianie nazwy zmiennej
• code: obejście dla eval (functionName) nie działa w JavaScript.
• code: eksperymentowanie z ambient occlusion
• code: Wymagane manifesty dodane dla Javy Ju51 (styczeń 2014).
• code: JmolOutputChannel przeniesiony do javajs.util.OutputChannel
• code: jsmol.php poprawiono, aby zezwolić na & quot; w metodzie saveFile
• code: refactoring Parser na javajs.util
• code: DSSP został przeniesiony do org.jmol.dssx, co zmniejszyło obciążenie biologiczne JSmol o 20K
• code: Pakiet iText został odrzucony, nie jest już potrzebny, ponieważ napisałem własnego twórcę plików PDF

Wymagania :

• Środowisko wykonawcze Oracle Java Standard Edition