DendroPy

To zapewnia klas i funkcje do pracy z filogenetycznych danych, takich jak drzewa i matryce znaków.
Obsługuje również odczyt i zapis danych w wielu standardowych formatów danych filogenetycznych, takich jak Nexus, NeXML, Phylip, Newick, FASTA, itd ..
Ponadto, skrypty, obejmujący realizację niektórych użytecznych filogenetycznych obliczeń są rozmieszczone jako część biblioteki, takich jak SumTrees, który podsumowuje obsługę pęknięć lub kłady podanych przez próbkę tylnej drzewa filogenetycznego.
Istnieją inne dokumenty i pliki samouczka w pakiecie do pobrania

Co nowego w tym wydaniu:.

• Nowa infrastruktura dla metadanych adnotacje. AnnotationSet i Adnotacja
• Pełna obsługa NeXML 0,9 metadane parsowanie i piśmie.
• get_from_url () i read_from_url () metody pozwalają teraz na czytanie danych filogenetycznych z URL.
• Moduł interoperacyjność Dodany GBIF (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Co nowego w wersji 3.12.2:

• Nowa infrastruktura dla adnotacji metadanych: AnnotationSet i adnotacji.
• Pełna obsługa NeXML 0,9 metadane parsowanie i piśmie.
• get_from_url () i read_from_url () metody pozwalają teraz na czytanie danych filogenetycznych z URL.
• Moduł interoperacyjność Dodany GBIF (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Co nowego w wersji 3.11.0:

• Nowy skrypt wniosek o łączenie etykiet branży z całej wejściowe wiele drzew. sumlabels.py
• Nowa klasa interoperacyjność dendropy.interop.seqgen.SeqGen. wrapper dla SEQ-Gen zintegrowany z biblioteki
• Nowa funkcja interoperacyjność dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. wrapper dla wyrównania MUSCLE
• Nowa klasa interoperacyjność dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner. wrapper RAxML
• Metoda prune_taxa () dodał do CharacterMatrix.
• moduły matematyczne przeniosła się do własnej podpakiet. dendropy.mathlib
• Nowy moduł do macierzy i wektora obliczeń. dendropy.mathlib.linearalg
• Nowy moduł do obliczania odległości statystycznych. dendropy.mathlib.distance
• Rodzina Mahalanobisa funkcji obliczeniowych odległość w dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobisa, mahalanobis_1d

Co nowego w wersji 3.9.0:

• Nowe funkcje:
• filogenetyczne niezależne kontrasty (PIC) analizy mogą być przeprowadzane przy użyciu klasy dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• Uproszczone zawarte koalescencyjny (gen drzewa gatunków drzew) w symulacji.
• Zmiany:
• Słowo argumenty as_string (), write_to_path (), write_to_file, itp metody zostały ulepszone, aby stać się bardziej spójne dla NEXUS i formatów Newick. Poprzednia słowa kluczowe są nadal obsługiwane, ale będą przestarzałe. Nowy zestaw argumentów kluczowych obsługiwanych można zobaczyć w: ref: NEXUS i Newick pisania dostosowania & # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; sekcja.
• NEXUS i Newick formatów teraz domyślnie wielkości liter etykiety taksonu; określić case_insensitive_taxon_labels = false dla orzecznictwa wrażliwości.
• Poprawione błędy:
• Czytanie charakter przeplotem macierzy nie powoduje już w następnym wierszu jest pomijane (NEXUS).
• Caught OverflowError przy obliczaniu statystyk podsumowania.

Co nowego w wersji 3.8.0:

• obiekty drzewa można teraz rerooted w punkcie środkowym (patrz Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Adnotacje (czyli atrybutów drzewa, węzłów i krawędzi obiektów, które miały & quot; opisywanie () & quot; wezwał nich) można teraz zapisać w postaci metadanych komentarzach (& quot; [& pole = wartość] & quot;) pisząc NEXUS / Format Newick, jeśli używane jest słowo kluczowe annotations_as_comments argumentów.
• Podczas czytania w formacie Newick NEXUS / drzewa, określając extract_comment_metadata = true spowoduje metadanych komentarze wciąga do słownika, a klawisze są fieldnames i wartości jako wartości pól.
• Podczas odczytywania danych w formacie Nexus, sety bloki będą przetwarzane, analizowane i zestawy znaków do odpowiedniego CharacterDataMatrix.
• Zestawy znaków (jak, na przykład, analizowany z NEXUS KOMPLETY bloki: patrz wyżej) mogą być eksportowane jako nowych obiektów CharacterDataMatrix, a będziesz zbawiony / manipulacji / etc. independentally.
• Podczas pisania w NEXUS lub Newick formatów, write_item_comments argumentem kluczowe (Prawda czy fałsz) może kontrolować, czy rozszerzone komentarze związane z węzłów na drzewach będzie napisane, czy nie.
• Klasa TopologyCounter dodany do dendropy.treesum:. pozwala na śledzenie częstotliwości topologii
• treesplits.tree_from_splits () umożliwia konstruowanie (tylko) topologii drzewa z zestawu podziałów.
• Większość funkcjonalność, że kiedyś "dendropy.treemanip" został migracji w rodzimych metod klasy dendropy.Tree. "Dendropy.treemanip" będą przestarzałe.
• Drzewa mogą być usuwane na podstawie listy etykiet taksonów usunąć lub zachować (wcześniej, metody zaakceptuje tylko listy obiektów taksonu).

Co nowego w wersji 3.7.1:

• Nowe funkcje:
• Realizacja "Ogólne metody próbkowania" (Hartman i wsp 2010:... próbkowania Drzewa z ewolucyjnych modeli; Syst Biol 49, 465-476). metoda symulacji z modelu drzewa urodzenia śmierci
• Zmiany:
• Correct / spójne nazwy dla niektórych funkcji prawdopodobieństwa.
• Poprawione błędy:
• Bug w potwierdzający nadpisanie pliku wynikowego przy użyciu SumTrees '-e' / '- Split-kanty. opcji
• Starożytna i szpakowaty wpół skostniały odniesienie do "taxa_block" skorygowane "taxon_set".

Co nowego w wersji 3.7.0:.

• migracji do licencji BSD

Co nowego w wersji 3.6.1:

• SumTrees teraz działa (w trybie seryjnym) pod starsze wersje Pythona (czyli & # x3c; 2,6).
• Poprawki kompatybilności z Python 2.4.x.

Co nowego w wersji 3.5.0:

• Metoda Dodano ladderize (), aby zamówić węzły rosnąco (domyślnie) lub malejącym (ladderize (prawy = True)) zamówienie.
• Dodane & quot; bestia-podsumowanie-tree & quot; Specyfikacja Schemat przetwarzania BEAST adnotacjami drzew konsensusu.
• Dodano nowy moduł do interakcji z bazy danych NCBI. dendropy.interop.ncbi

Co nowego w wersji 3.4:..

• W zestawie ez_setup.py zaktualizowany do najnowszej wersji

Wymagania :

• Python 2.4 do 3.0