Biopython

Opracowany międzynarodowy zespół programistów jest rozprowadzany wspólny wysiłek, aby rozwijać biblioteki i aplikacje, które są odpowiedzią na potrzeby obecnych i przyszłych prac w dziedzinie bioinformatyki Pythona.

Co nowego ta wersja:.

• Bio.Phylo ma teraz modułów budowlanych drzewo i konsensusu, od na pracy GSoC przez Yanbo Ye
• Bio.Entrez będzie teraz automatycznie pobierać i buforować nowe pliki NCBI parsowania XML DTD w katalogu domowym użytkownika (za pomocą ~ / .biopython na systemach Unix, jak i $ APPDATA / biopython w systemie Windows).
• Bio.Sequencing.Applications zawiera teraz wrapper dla narzędzia samtools wiersza poleceń.
• Bio.PopGen.SimCoal obsługuje również fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3 tekstu, hmmer3-kartę, a hmmer3-domtab teraz obsługuje wyjście z hmmer3.1b1.
• BioSQL mogą teraz korzystać z pakietu mysql-złącza (dostępne dla Pythona 2, 3 i PyPy) jako alternatywa dla MySQLdb (Python 2), aby połączyć się z bazą danych MySQL.

Co nowego w wersji 1.63:

• Teraz używa stylu Python 3 wbudowany następnej funkcji w Metoda miejsce .next pytona 2 Style iteratory '().
• Aktualna wersja usunęła wymóg biblioteki 2to3.

Co nowego w wersji 1.62:.

• Pierwsze wydanie Biopython która oficjalnie obsługuje Python 3

Co nowego w wersji 1.60:

• Nowy moduł Bio.bgzf obsługuje odczyt i zapis plików BGZF ( Zablokowane GNU formacie ZIP), wariant GZIP z wydajnego dostępu losowego, najczęściej używane jako część formacie BAM i w tabix.
• GenBank / EMBL parser będzie teraz dać ostrzeżenie o nieznanych miejscach fabularnych i nadal parsowania (pozostawiając lokalizację danego narzędzia jako None).
• Bio.PDB.MMCIFParser jest teraz domyślnie kompilowane (ale nadal nie jest dostępna w Jython, PyPy lub Python 3).

Co nowego w wersji 1.59:

• Nowe Bio.TogoWS Moduł oferuje opakowania dla TogoWS REST API.
• Funkcja Fetch NCBI Entrez Bio.Entrez.efetch został zaktualizowany do obsługi NCBI jest surowszy obsługę wielu argumentów ID w EFetch 2.0.

Co nowego w wersji 1.58:

• Nowy interfejs i analizatory składni dla PAML (analiza filogenetyczna przez największej wiarygodności), pakiet programów, codeml wsparcie, baseml i yn00 jak Python ponowne wdrożenie chi2 został dodany jako moduł Bio.Phylo.PAML.
• Bio.SeqIO zawiera teraz czytać obsługę plików ABI (& quot; Sanger & quot; kapilarnych pliki śledzenia sekwencjonowania, zawierający sekwencję z cech nazwie) PHRED
.
• Bio.AlignIO & quot; FASTA-m10 & quot; parser został zaktualizowany do radzenia sobie z linii markerów używane w Billa Pearsona FASTA wersji 3.36.

Co nowego w wersji 1.57:.

• Biopython mogą być instalowane z pip,

Co jest nowa w wersji 1.56:

• Moduł Bio.SeqIO został zaktualizowany do wsparcia białka EMBL pliki (używane do bazy patentów), pliki IMGT (wariant formacie EMBL, z pomocą Uri Laserson) oraz pliki XML UniProt.

Co nowego w wersji 1.55:

• Wiele pracy zostało do Python 3 wsparcia (poprzez Skrypt 2to3), ale chyba złamaliśmy coś, czego nie powinien zauważyć żadnych zmian.
• Jeśli chodzi o nowe funkcje, najbardziej zauważalne atrakcją jest to, że zajęcia wrapper aplikacji narzędzie wiersza polecenia są teraz wykonywalny, które powinny znacznie ułatwić zadzwonić zewnętrznych narzędzi.

Wymagania :

• Python 2.6 lub wyższy,