ghemical jest pakiet oprogramowania chemii obliczeniowej wydanym na licencji GNU GPL. Oznacza to, że pełny kod źródłowy pakietu jest dostępna, a użytkownicy mogą studiować i zmodyfikować pakiet. Ghemical jest napisany w języku C ++.
Ghemical projekt ma graficzny interfejs użytkownika (który jest oparty na GNOME) i obsługuje zarówno mechaniki kwantowej (pół-ab initio i empiryczne) modele i mechaniki molekularnej (jest 5,2-eksperymentalne Tripos jak pole siłowe dla molecu organicznej Również narzędzie do zmniejszenia modeli białek [1] jest włączone. optymalizację geometrii, dynamiki molekularnej oraz duży zestaw narzędzi do wizualizacji są obecnie dostępne.
Ghemical zewnętrznej opiera się na kodzie, aby zapewnić obliczeń kwantowo-mechanicznych. Metody pół-empiryczne MNDO, Mindo / 3, AM1 i PM3 pochodzą z pakietu MOPAC7 (Public Domain) i są zawarte w dystrybucji źródłowej.
Pakiet MPQC (GNU GPL) jest używany do ab initio metod: metody oparte na teorii Hartree-Focka są obecnie obsługiwane w zestawach bazowych od STO-3G do 6-31G **.
Kod MPQC nie jest wliczone w dystrybucji źródłowej. W celu wykorzystania MPQC oparte ab initio metod na ghemical, należy najpierw skompilować i zainstalować program MPQC dla systemu, a następnie skompilować ghemical użyciu specyficznych ustawień, które łączą ze sobą programów; zobacz plik INSTALL aby uzyskać więcej informacji. Ghemical zawiera również pakiet OpenBabel dla importu i eksportu wielu różnych formatach (jak również inne zadania).
Instalacja
Po pobraniu najnowszej wersji, należy wyodrębnić wszystkie pliki z archiwum przy użyciu "tar -zxvvf ghemical-1.00.tgz" lub równoważnie "gunzip ghemical-1.00.tgz; tar -xvvf ghemical-1.00.tar". Potem przeczytaj "INSTALL" -file po prostu ekstrakcji, aby uzyskać dodatkowe informacje.
Co nowego w tym wydaniu:
Komentarze nie znaleziono