komórki Electrophysiology Symulacja Środowisko (CESE) jest kompleksowe ramy zaprojektowany specjalnie do wykonywania symulacji elektrofizjologiczne obliczeniowych, na przykład, symulacje miocytów serca aktywności elektrycznej.
Symulacja Elektrofizjologii komórek jest przydatna dla środowiska symulacji potencjałów czynnościowych prądów jonowych, indywidualnych, oraz zmiany stężeń jonowych.
CESE to program wieloplatformowy, to działa na każdym systemie, w którym środowisko wykonawcze Java (JRE) w wersji 1.4 lub nowszej. To był testowany na Windows, Linux, Solaris, MacOS X, i AIX.
CESE użytkowników
CESE to zintegrowane środowisko do przeprowadzania symulacji obliczeniowych za pomocą różnych modeli elektrofizjologicznych.
Na tym etapie CESE umożliwia tworzenie i wykonywanie modeli pojedynczych komórek (zawierających zarówno Hodgkina-Huxleya (GG) i preparaty Markoviana bieżące). Wszystkie modele z aktywności elektrycznej mięśnia sercowego z kodem źródłowym są zawarte w dystrybucji CESE. Mamy nadzieję rozszerzyć liczbę dostępnych modeli i dodać pewne modele neuronowe w przyszłości.
Główną siłą CESE jest w & # 65533 jednolitości; Interfejs programowania pozostaje taka sama dla różnych rodzajów modeli. Możesz łatwo przełączać się pomiędzy modelami i porównać wyjścia symulacji. Parametry modelu mogą być modyfikowane, wybrane produktu i / lub mocowane w taki sam, sposób standardowy.
CESE rozszerza tradycyjną elektrofizjologiczne znaczenie "zacisk napięcia". Można zamocować praktycznie każdego modelu zmienną, w tym napięcia (potencjału błonowego), całkowite lub poszczególne prądy jonowe, jonowe stężenia, temperatury, zmienne bramkowania itp Komendy zaciskowe może być mądry kawałek złożone funkcje, indywidualnie określone dla modelu zmiennej zainteresowania , To otwiera nieograniczone możliwości eksploracji skomplikowanych zachowań modelu.
CESE oferuje proste, ale skuteczne wizualizacji danych. Wyniki symulacji mogą być przedstawione w formie graficznej i tabelaryczne. Działki mogą być dostosowane i regiony to powiększony.
Nawet jeśli CESE nie został zaprojektowany jako narzędzie do analizy danych, można utworzyć relacji prądowo-napięciowych (I-VS) i obliczyć parametry statystyczne dla danego sygnału w ramach programu. Można wyeksportować dane do ASCII, Axon Plik tekstowy (ATF), oraz formaty netcdf kontynuować analizę w swoim ulubionym pakietu.
CESE deweloperów
CESE został stworzony od podstaw do włączenia najlepsze praktyki programistyczne dostępne dla programistów Java, zarówno pod względem spójności interfejsu użytkownika i kodu jasności i ponownego użycia. Wszędzie tam, gdzie jest to możliwe, opierać się na dostępnych CESE API Javy (np Java2D, JavaBeans, JAXP) uproszczenie kodu.
Stworzenie modelu wymaga szereg funkcji prowadzenia domu, aby być zakodowane & # 65533; obejmują one integratorów Oda, procedury postępowania z parametrów modelu, zapisywanie / przywracanie stanu modelu, wizualizacji wyników symulacji itp CESE zapewnia Państwu realizację do tych procedur, a więc można skupić się na pisaniu kodu dla konkretnej prądu jonowego (ów), a CESE zajmie się resztą.
CESE nie próbuje tworzyć skomplikowanych ram programowania w swoim & # 65533; raczej, że wykorzystuje podstawowe Java API. Na przykład, modele są zgodne z Java elementy specyfikacji JavaBeans. Używamy XML określić polecenia zaciskowe i Java serializacji obiektu do zapisu / odczytu parametrów modelu.
Co nowego w tym wydaniu:
Komentarze nie znaleziono