edittag

Screenshot Software:
edittag
Szczegóły programowe:
Wersja: 1.1
Filmu: 20 Feb 15
Wywoływacz: Brant Faircloth
Licencja: Wolny
Popularność: 70

Rating: 4.0/5 (Total Votes: 1)

edittag jest zbiorem aplikacji do projektowania zestawów edycji metrycznych znaczników sekwencji, sprawdzanie tagów sekwencji dla konformacji do metryki edycji i integracji tagów sekwencji do konkretnej platformy adapterów sekwencjonowania i starterów PCR. edittag różni się od innych metod:
& Nbsp; * edittag generuje dowolne długości edycyjnych-metryczne znaczników sekwencji w rozsądnych ramach czasowych wykorzystujących wieloprocesorowe
& Nbsp; * edittag produkuje zestawy tag sekwencji metryka edycja odpowiadają odległości edycji wybranego
& Nbsp; * edittag używane Primer3 zintegrować znaczniki sekwencji do starterów PCR
Oferujemy kilka dużych zestawów edycji metryka znaczników sekwencji zaprojektowanych przy użyciu edittag w następujących formatach:
& Nbsp; * tekst - plik ten jest w odpowiednim formacie dla check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * CSV
& Nbsp; * bazy danych SQLite
Cytat
Faircloth pne, Glenn TC. Duże zestawy edycji-metryczne identyfikacji sekwencji
Tagi dla ułatwienia multipleksowania na dużą skalę z odczytuje z masowo
sekwencjonowanie równoległe. doi_
Instalacja:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
tar -xzf package.tar.gz
python setup.py install
magazyn
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
Opcjonalny pakiet (p-Levenshteina)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshteina-0.10.1.tar.bz2
python setup.py install
Opcjonalny pakiet (Primer3)
Jeśli chcesz edytować zaprojektować startery zawierające metrykę tagów sekwencji, trzeba najpierw zainstalować zmodyfikowaną wersję Primer3:
git clone git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-Primer3 / src
zrobić
make install
Upewnij się, że przenieść pliki binarne z mod-Primer3 do miejsca w swojej ścieżce (przesunąć przynajmniej Primer3-długi i primer3_config do tego samego katalogu w ścieżce). Następnie można uruchomić

Wymagania :

  • Python
  • NumPy
  • Levenshteina
  • mod-Primer3

Podobne oprogramowanie

picme
picme

11 May 15

MACS2
MACS2

20 Feb 15

snakemake
snakemake

20 Feb 15

tigreBrowser
tigreBrowser

11 May 15

Komentarze do edittag

Komentarze nie znaleziono
Dodaj komentarz
Włącz zdjęć!