tigreBrowser

tigreBrowser gen przeglądarka jest wyrażenie modelu wynika z pakietem R tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Instalacja:
tigreBrowser wymaga Pythona w wersji> = 2.5. tigreBrowser można zainstalować za pomocą następującego polecenia:
python setup.py install
Aby uzyskać więcej informacji na temat instalowania modułów Pythona (na przykład instalacji bez prawami roota tylko dla bieżącego użytkownika), patrz http://docs.python.org/install/
serwer Począwszy
Serwer www zawarte w tigreBrowser musi być uruchomiony w celu wykorzystania rzeczywistego przeglądarkę wynik.
Potrzebny będzie plik bazy danych generowanych przez pakiet R tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Ten pakiet zawiera plik bazy test` database.sqlite ', które mogą być wykorzystane do testowania tigreBrowser. Baza danych została wygenerowana przy użyciu testu instrukcje i przykładowe dane zawarte w Tigre pakietu.
Wykonaj tigreServer.py zacząć graficznego interfejsu użytkownika serwera. Aby uruchomić przeglądarkę wynik, trzeba najpierw wybrać plik bazy danych, z których wyniki zostaną pokazane. Można to osiągnąć, wybierając opcję "Otwórz plik bazy danych" i wybierając plik bazy danych. Plik bazy danych nie może mieć prawa do zapisu. Serwer może być rozpoczęty po kliknięciu "Uruchom serwer". Po kliknięciu pojawi się etykieta poniżej przycisków, aby wyświetlić adres URL w przeglądarce wynik.
Przeglądarka wynik jest teraz dostępne w tym adresu URL za pomocą zwykłej przeglądarki internetowej. Instrukcje dotyczące korzystania z przeglądarki są w następnej części tego podręcznika. Przeglądarka jest dostępna, dopóki serwer jest zatrzymany za pomocą przycisku "Zatrzymaj serwer '.
tigreServer.py mogą być również wykorzystywane w interfejs wiersza poleceń. Uruchom skrypt z opcją "--help" więcej szczegółów.
Używanie przeglądarki
Wybór zestawu danych
Wybór zestawu danych określa, jakie wyniki będą widoczne w wynikach notowań iw jakiej kolejności. Eksperyment ustawić wybór jest używany do wyboru zestaw eksperymentów. Tylko wyniki tych eksperymentów będą wyświetlane w aukcji.
Następnie w wyboru zestawu danych jest wybór czynnika transkrypcji (TF) lub zbioru docelowego, zależnie od tego, czy wynik znajduje się przeglądarkę do miejsca docelowego lub trybie regulator rankingu tryb punktacja (patrz instalacji). W trybie docelowej ranking, wybór TF jest dostępny i wyniki aukcji zawiera wyniki dla różnych celów z danego TF. W trybie regulatora ranking, zestaw docelowy i wybrano ofertę poda wyniki dla różnych regulatorów.
Jako liczbę wyników może być wysoka, wyniki mogą zostać podzielone na kilka stron. "Liczba genów na stronie" selekcji można stosować do regulacji liczby wykazały wyniki. Może to być przydatne, aby zmniejszyć liczbę wyników, jeśli załadowaniu strony powoli, ze względu na ogromną liczbę zdjęć.
Wreszcie, w jakiej wyniki wykazały, może być zmieniona z "Sortuj wg" selekcji. Wyniki zostaną posortowane malejąco wg danego kryterium.
Filtracja
Wyniki mogą być filtrowane według różnych kryteriów. Można, na przykład, wykazują tylko wyniki genów, które wynik_z większą niż pewna wartość progowa.
Możliwe jest łączenie wielu kryteriów podczas filtrowania. "[+]" Link może być używany, aby dodać kolejne kryterium. Kryterium może być również usunięte za pomocą "[-]" link (nie wykazały, gdy istnieje tylko jedno kryterium). Gdy stosowane są liczne kryteria, wynik gen musi spełniać wszystkie kryteria, aby zostać wykazana w aukcji.
Filtrowanie jest aktywowany za pomocą "Zastosuj filtry" pole wyboru.
Podświetlanie
Jeśli geny w bazie danych zawiera dane uzupełniające, wyniki mogą być wyróżnione poprzez te dane. Dostępne opcje podświetlania są pokazał z kolorami związanymi z tych opcji.
Podświetlony prace pokazując kolorowe pola poniżej nazwisk sondy w zestawieniu wyników dla genów, które mają dane uzupełniające, który pasuje do wyboru.
Poszukiwanie
Jest to możliwe do wyników dla danej genów wyszukiwania. Prace wyszukiwania wpisując oddzielonych przecinkami listę nazw genów lub sond do pola wyszukiwania. Aliases gen może być także stosowany jako pozycja wyszukiwania.
Wyświetlanie wyników
Wyniki dla danego wyboru zestawu danych, filtry, rozjaśnionych i wyszukiwania będzie widoczny, gdy "Wyślij" kliknięciu przycisku. Baza danych zostanie zapytany o wyniki, które pasują do danego wyboru. Przycisk "Reset" może być używany, aby usunąć wszystkie zaznaczenia i textfields.
Wyniki aukcji zawiera wiele kolumn. W kolumnie pierwszej nazwę sondą jest wyświetlany z GENENAME związanego z sondą. Obok nazwy genów jest ekspresja genów postać, jeśli jest zdefiniowany w bazie danych. Poniższa kolumna zawiera aktualne wyniki dla genów. Wyświetlana jest również tutaj wszelkie dane uzupełniające. Dane doświadczalne będą wyświetlane obok wartości wynikowych.
. Wreszcie, parametry eksperymentu, jeśli jest włożona do bazy danych, zostaną wyświetlone w postaci tabeli obok figur

Wymagania :

• Python