Gabedit

gabedit jest graficzny interfejs użytkownika do Gaussa, Molcas, Molpro i MPQC pakietów chemii obliczeniowej.
 
 Gabedit obejmuje obiekty graficzne do generowania słów kluczowych i opcji, specyfikacje cząsteczki i Ther sekcje wejściowe nawet dla najbardziej zaawansowanych typów obliczeń gabedit zawiera zaawansowany Molecule Builder.
 
 Można go używać do szybkiego szkic w cząsteczkach i zbadać je w trzech wymiarach. Możesz budować cząsteczki po atomie, pierścień, grupy aminokwasów i nukleozydów. Przeczytaj także geometrię z pliku. Większość dużych formatów molekularnej są obsługiwane.
 
 Gabedit zawiera okno Obliczenie ustawień Gaussa, Molcas, Molpro i MPQC który pozwala skonfigurować Gaussa, Molcas, Molpro i MPQC miejsc pracy w prosty i bezpośredni sposób.
 
 Gabedit zawiera edytor tekstu do edycji Molcas, Molpro, Gaussa i MPQC plików wejściowych.
 
 Gabedit może graficznie wyświetlać różne Gaussa, Molcas, Molpro, MPQC i (częściowo) wyników obliczeń ADF, w tym następujące:
 
 Orbitale molekularne ย ท.
 ย ท Powierzchnie od gęstości elektronowej, potencjał elektrostatyczny, NMR gęstości ekranowania i innych właściwości.
 ย ท Powierzchnie mogą być wyświetlane w stałych, przezroczyste i trybów siatki z drutu.
 ย ท Powierzchnie mogą być barwione przez odrębną własność.
 ย ท Kontury (colorcoded).
 ย ท Samoloty (colorcoded).
 ย ท Dipol
 ย ท osie XYZ i główne osie cząsteczki.
 ย ท Animacja normalnych trybach odpowiadających wibracyjnych częstotliwościach.
 ย ท Animacja obrotu geometrii powierzchni, dipol XYZ oraz osi głównych cząsteczki.
 ย ท Animacja konturów.
 ย ท Animacja colorcoded płaszczyznach.
 
 Gabedit może wyświetlać IR i Ramana obliczane widma. Gabedit może wygenerować plik povraya dla geometrii (atomy + obligacji, w tym obligacji), wodoru na powierzchni (w tym colorcoded powierzchni), konturów, colorcoded płaszczyznach.
 
 Gabedit można zapisać obraz w PPM, BMP, JPEG) i (formacie PS. Gabedit może generować automatycznie serię zdjęć do animacji (wibracje, geometrii konwergencji, obrót, konturów, colorcoded płaszczyznach)

Co nowego w tym wydaniu:

• Drobne błędy zostały poprawione.
• NWChem jest obecnie obsługiwane.
• rodzimych gier dla systemu Windows jest obecnie obsługiwane.

Co nowego w wersji 2.3.5:.

• Drobne błędy zostały ustalone
• Atomy mogą być ustalone podczas symulacji dynamiki molekularnej.
• Migracja z Kairu do OpenGL do rysowania okno geometrii.
• Migracja z gtkglarea do GtkGLExt.
• Zrównoleglanie użyciu OpenMP.

Co nowego w wersji 2.3.0:.

• Drobne błędy zostały ustalone
• użytkownik może przeczytać orbitale, geometrii i normalne tryby z fchk pliku Gaussa.
• Można przeczytać orbitale z nowego formatu pliku aux (MOPAC tym skompresowanym formacie).
• Kilka nowych opcji w XYPlot i ContoursPlot okien (tekst wkładka, linii, strzałki, zdjęcia, nowe tematy ...).
• Długość obligacji może być stałe podczas symulacji MD.
• Częściowe optymalizacja jest obecnie możliwe z potencjałem MM.
• Wykonanie narzędzie do przewidzenia mas i liczebności izotopów dla danej cząsteczki. Wdrożenie narzędzia do obliczania elektrofilowe, nukleofilowe i radykalnych podatności na cząsteczki.

Co nowego w wersji 2.2.0:

• Drobne błędy zostały ustalone
• Wszystkie zmiany można cofnąć geometryczne i przerobione za pomocą Undo i Redo (U / U lub Ctrl z / Ctrl y)
• użytkownik ma pełną kontrolę nad obligacji wyświetlane w rysunku.
• rysunek cząsteczki atomu przez atom zostały uproszczone.
• rysunek fragmentu cząsteczki przez fragmentu zostały uproszczone.
• gabedit przeczytać dostępna sieć z plików gabedit, hin, pdb, mol2 i plików mola.
• Użytkownik może ustawić wartość odległości, kąta obligacji i kąta dwuściennego.
• konformacyjne dynamiki molekularnej jest realizowane za pomocą wyszukiwania potencjał MM (Amber 99).
• Dynamika molekularna conformational wyszukiwania realizowany jest za pomocą metody półempirycznej (od Otwórz Mopac lub PCGamess).
• Migracja z funkcji rysowania GDK do Cairo:. Cross-urządzenia renderowania Vector Graphics,
• Kair jest teraz używany do widgetu XYplot gabedit (wykorzystywana przez plików gabedit dla widm remis).
• Kair jest teraz używany do okna rysunku geometrii.
• Geometria mogą być eksportowane w EPS, PS, PDF lub pliku SVG.
• Krzywe oknie XYplot mogą być eksportowane w EPS, PS, PDF lub pliku SVG.
• Nowe narzędzie do odległości obliczeniowej między 2 punkty na oknie XYPlot. & Quot; Control + SHIFT & quot; mogą być używane do zrobić zoom na oknie XYPlot.
• Nowa wersja PCGamess (Firefly) jest teraz obsługiwana

Co nowego w wersji 2.1.13:

• Drobne błędy były fixe
• konformacyjne dynamiki molekularnej jest realizowane za pomocą wyszukiwania potencjał MM (Amber 99).
• Dynamika molekularna conformational wyszukiwarka jest realizowany z wykorzystaniem potencjału półempirycznej (za pomocą Mopac lub PCGamess).
• Można optymalizację geometrii interaktywnie za pomocą metody Mopac lub PCGamess półempirycznego, z okna Draw Geometria
• Migracja z funkcji rysowania GDK do Cairo: Trasy urządzenia renderowania Vector Graphics. Kair jest teraz używany do widgetu XYplot gabedit (wykorzystywana przez plików gabedit dla widm remis). Kair jest teraz używany do okna rysunku geometrii.
• Geometria mogą być eksportowane w EPS, PS, PDF lub pliku SVG. Krzywe oknie XYplot mogą być eksportowane w EPS, PS, PDF lub pliku SVG.
• Nowe narzędzie do odległości obliczeniowej między 2 punkty na oknie XYPlot. & Quot; Kontrola lewy przycisk & quot +; mogą być używane do zrobić zoom na oknie XYPlot.
• Nowa wersja PC GAMESS / Firefly jest teraz obsługiwana

Wymagania :

• GTK +