NeuronVisio

NeuronVisio łączy się z NEURON za pomocą nowego interfejsu Python NEURON.
Instalacja:
Aby zainstalować NeuronVisio musisz spełniać następujące zależności
& Nbsp; * pygtk
& Nbsp; * wizualne
& Nbsp; * matplotlib
Easy Install
Najłatwiej dostać neuronvisio jest, jeśli masz zainstalowany setuptools:
easy_install neuronvisio
Bez setuptools, to jeszcze dość łatwe. Pobierz plik neuronvisio.tgz z Cheeseshop stronie neuronvisio za, rozpakuj go i wykonaj:
python setup.py install
Dokumentacja
Dokumentacja jest dostępna w folderze doc lub Internecie.
Szybki
Ten kod jest po prostu dać pomysł w jaki sposób korzystać z modułu nrnvisio:
1. Uruchamiamy konsolę ipython z przełącznikiem pylab .:
& Nbsp; ipython -pylab # Jeśli nie użyć przełącznika nie będzie widać żadnych wykres.
2. Importowanie modułu:
& Nbsp; z neuronvisio.controls kontroli przywozu
& nbsp; Kontrola = Sterowanie ()
Gdy nrnvisio rozpoczęciem wątek jest uruchomiony. W tym wątku wszystkim proces nrnvisio nastąpi bez blokowania konsoli.
Jako szybki przykład następujący kod:
& Nbsp; 1. Tworzy jedną sekcję o nazwie Soma
& Nbsp; 2. Włóż kanał Hodgkey-Huxley i pasywnego przewodnictwo
& Nbsp; 3. Wstaw alphaSynapse do świadczenia STIMUL.
Szybkie przykładem może być po ::
z kontroli nrnvisio.controls przywozowych
Kontrola = Sterowanie () # Uruchomienie GUI
z neuron importu h # Pierwsze HocInterpreter
soma = h.Section () # Tworzenie sekcji
soma.insert ("hh") # Wstawianie kanał GG
soma.insert ("pas") # wstawienie pasywny przewodnictwo
syn = h.AlphaSynapse (0,5 s = soma) Wejście # synaptycznych
syn.onset = 0,5 # moment uruchomienia
syn.gmax = 0,05 # przewodność synapsy
syn.e = 0 # potencjalne odwrócenie
Więcej przykładów w show przykładem katalogu jak wykorzystać Neuronvisio z bardziej złożonego modelu

Opis .

• wizualizacja 3D modelu z możliwością zmiany jej runtime
• Tworzenie wektorów nagrywać żadnych zmiennych występujących w sekcji
• Integracja Pylab do działki bezpośrednio na wynik symulacji
• Eksploracja timecourse jakiejkolwiek zmiennej między czasie za pomocą kolorów zakodowany skalę
• GUI działa we własnym wątku, więc jest to możliwe, aby korzystać z konsoli (wysoce zalecane ipython)

Wymagania :

• Python