ZOOM Lite

ZOOM Lite jest mapowanie nowej generacji sekwencjonowania i wizualizacji danych oprogramowanie. Wejściowe użytkowników genomy referencyjne i Illumina / opracowana przez firmę Solexa krótkie odczytuje pliki lub AB stałych przestrzeń kolorów odczytuje pliki w różnych formatach, takich jak * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * Wyjścia ZOOM .csfasta itp Mapowanie wyniki te krótkie odczytuje się w sekwencji odniesienia. ZOOM Lite posiada szybkie i dokładne odwzorowanie jądro oparte na nowo zaprojektowanym teorii wielu rozmieszczone nasion. Zarówno single-end i powiązany-end czyta różnych długościach od 15bp do 240bp mogą być obsługiwane. Dowolna ilość rozbieżności i jeden wstawiania / skreślenia różnych długościach między odczytu i regionu docelowego na sekwencji odniesienia są dozwolone. Wyjątkowo odwzorowane wyniki lub najlepsze (top N) wyniki dla każdego odczytu będą zgłaszane zgodnie z minimalnymi niedopasowania i długości Indel. Ocenę jakości są wykorzystywane w celu zwiększenia dokładności odwzorowania. W oparciu o jądro odwzorowania, ZOOM Lite pozwala użytkownikom na odczyt danych lokalnych obciążenia i odniesienia danych sekwencji, wybierz odpowiednie parametry, dane Proces duża ilość równolegle pomiędzy maksymalnie czterema procesorami, monitorować zadania bieżące, przechowywać wyniki mapowania, obejrzeć wykresy Wyniki mapowania i wyniki mapowania wyjście w albo * .BED lub * formaty plików .GFF dla dalszych pomiarów z informacji ścieżki przeglądarka UCSC. Wyniki mapowania można oglądać w dowolnej skali, z wykresu głębokości przeczytać całego chromosomu do porównania sekwencji między szczegółowe czyta i sekwencji odniesienia. Użytkownicy z łatwością nawigować do obszarów zainteresowania po prostu poprzez kliknięcie i przeciągnij lub przewijanie. ZOOM Lite jest pochodną oprogramowania ZOOM Studio

Co nowego w tym wydaniu:.

Wersja 1.5 zawiera SAM format eksportu, architektura regulacji, lepszą optymalizację kodu, mniejsze Program binarny rozmiar i zmodernizowane dabase engining dla lepszej wydajności.