Profilowanie mRNA całego genomu zawiera przegląd stanu globalnej komórek w różnych warunkach. Jednak poziom mRNA nie przewidują bezpośredniego zrozumienia upstream mechanizmów regulacyjnych. Expression2Kinases (X2K) jest nowe podejście do identyfikacji upstream regulatory prawdopodobnie odpowiedzialne za obserwowane zmiany w ekspresji genów genomu. Dzięki integracji CHIP-nast / chip i położenia masy macierzy (PWM) danych, oddziaływań białko-białko i reakcje fosforylacji kinazy podłoża X2K mogą być wykorzystane do identyfikacji mechanizmów regulacyjnych przed całego genomu różnic w ekspresji genów. Chodzi o to, aby najpierw wywnioskować najprawdopodobniej czynników transkrypcyjnych, które regulują różnic w ekspresji genów, a następnie za pomocą oddziaływań białko-białko do połączenia wskazanych czynników transkrypcji, stosując dodatkowe białka o budowie regulatorowe transkrypcji podsieci na temat tych czynników, ostatecznie użyciu substratu kinazy Reakcje fosforylacji białka, w celu zidentyfikowania i stopień kandydujących protein-kinazy, które najczęściej regulują tworzenie się wymienionych kompleksów transkrypcyjnych. X2K zawiera również narzędzia do wykonywania analiz listę genów wzbogacenie i leków, które mogą przewidzieć lub pogłębić odwrócić zmiany w ekspresji genów. . Podejście X2K może nam lepiej zrozumieć, w sygnalizacji komórkowej i odkryć mechanizmy działania leków
Wymagania :
Java Runtime Environment 6.0
Komentarze nie znaleziono