GAMGI

GAMGI to open source i całkowicie darmowy projekt oprogramowania zaprojektowany od podstaw do tworzenia i analizy struktur atomowych. Posiada graficzny interfejs użytkownika, który jest prosty, czysty, łatwy w użyciu i wydajny.

Aplikacja obsługuje szeroką gamę struktur atomowych, takich jak kryształy, cząsteczki, ciecze i szklanki. Obsługuje również 230 grup przestrzeni krystalograficznych i może być wykorzystana do analizy 3D Voronoi i symetrii punktu.

GAMGI obsługuje wiele typów obiektów, w tym Tekst, Orbitalny, Bond, Atom, Kierunek, Płaszczyzna, Grupa, Molekuła, Klastra, Komórka, Strzałka, Kształt, Wykres, Montaż, Światło, Warstwa i Okno. Ponadto program oferuje maksymalną kontrolę nad obiektami niskiego poziomu jako atomami.

Wśród innych cech można wymienić zdolność budowania struktur RCP (Random Close Packing), kryształów dla dowolnej grupy symetrii przestrzeni, a także wielościanów koordynacyjnych i Voronoi dla struktur losowych. Może również określić dowolną grupę punktów symetrii.

Zawiera pełną dokumentację

Kolejną interesującą funkcją jest możliwość wykonywania akcji na liście obiektów lub pojedynczego obiektu, który został wcześniej podświetlony. Zawiera pełną dokumentację i dane atomowe, w tym dane izotopowe i promień jonowy. Dodatkowo oprogramowanie może manipulować ogromną ilością niezależnych okien, świateł, w tym punktowych, kierunkowych i pozycyjnych, warstw o ​​różnych widocznościach, referencjach, rzutniach lub rzutach, a także czcionek tekstowych 3D, które można głaskać lub wyciskać.

Aplikacja GAMGI może być również używana w szkołach i na uniwersytetach do nauczania atomowej struktury materii. Jest to doskonałe narzędzie dla naukowców, którzy pracują w modelowaniu atomistycznym, a także dla tych, którzy potrzebują aplikacji open source do badania struktur atomowych i przygotowywania obrazów do swoich prezentacji.

Co nowego w tej wersji:

• Zaktualizuj Pomoc- & gt; Pliki konfiguracyjne dla obiektów Light i Atom.
• Synchronizowane drzewa gamgi-gi gamgi-x.
• Zaktualizowany gamgi_expat_import_object: importowanie danych obiektu Cell do plików XML z nowymi regułami konfiguracji powinno działać poprawnie.
• Zaktualizowany gamgi_expat_export_object: eksport danych obiektów komórki do plików XML z nowymi regułami konfiguracji działa teraz poprawnie.
• W komórce-> Utwórz i komórka> Modyfikuj, wektory wektorów i Wektory osi są teraz aktualizowane automatycznie dla domyślnych (konwencjonalnych lub pierwotnych) opcji, gdy model się zmienia.
• Zamienione komórki-granice = FALSE według komórek-> obramowania = GAMGI_PHYS_NONE w kodzie wyszukiwarki, gtk, expata i mesa.
• Zaktualizowany gamgi_expat_export_config: eksport danych konfiguracji komórki do plików XML działa teraz poprawnie
• Zaktualizowany gamgi_expat_import_config: importowanie Dane konfiguracji komórki z plików XML działają teraz poprawnie
• Poprawiono okno dialogowe Komórka- & gt;, aby obsłużyć także domyślne wartości dla modelu, obramowań, ścian i węzłów.
• Przeprojektowane obiekty - okna dialogowe konfiguracji: dane konfiguracyjne są teraz oddzielone w danych domyślnych (na stronach o takich samych nazwach jak w obiekcie - Utwórz okna dialogowe) i danych globalnych (dotyczy wszystkich obiektów, starych i nowy) na globalnej (ostatniej) stronie notesu. Okreś lono okna dialogowe: Atom- & gt; Config, Cell- & gt; Config, Light- & gt; Config.
• Wdrożono okno dialogowe Cell- & gt; Config i infra-structure. Rozmiar linii granicy komórek, punktów węzłowych i osi wektorowych może teraz być ustawiony globalnie dla wszystkich komórek w GAMGI, funkcja bardzo potrzebna. Zostały również ustawione wartości domyślne dla użycia koloru komórki i osi.
• Naprawiono błąd w gamgi_gtk_bond_create: zestaw kolorów w static_init zignorował poprzednie dane konfiguracyjne.
• Naprawiono błąd w gamgi_mesa_draw_pick i gamgi_mesa_draw_grab: Szerokość punktu renderowania komórek została ustawiona na szerokość linii zamiast szerokości punktu.

Co nowego w wersji:

• Naprawiono właśnie wprowadzony błąd: nie możemy odreagować obrazu GDK po usunięciu kontekstu GL. Właśnie usunąłem ten kod. Wygląda na to, że GTK robi to, gdy widget jest zniszczony.
• Ulepszono gamgi_gtk_area.c, używaną w wersji X GAMGI, która zastępuje bibliotekę GTKGLExt własnym kodem opartym na GLX. Javier Cabezas przeportował ten kod do GTK 3 i działa dobrze! Wstecz przeniesione zmiany, więc różnice między kodem GTK 2 i GTK 3 są absolutnie minimalne.
• Nie możemy używać kolorów r, g, b z powodu osi komórek a, b, c.
• Poprawiony układ osi w orbicie -> Utwórz i orbital-> Modyfikuj okna dialogowe.
• Zmieniono model etykiety na zakres na orbicie -> Utwórz i orbital-> Zmodyfikuj i zmień odpowiednio interfejs pomocy.
• Sprawdzono wszystkie strony dokumentacji formatów pomocy.
• Zaktualizowana dokumentacja pomocy dla formatów klastra.
• klaster- & gt; tablice farb nie są już zakończone zerem.
• Zsynchronizowane gałęzie gamgi i gamgi_exp.
• W plikach XML, w elementach grupy, zastąpiono typ atrybutu przez odniesienie.
• Zaktualizowana dokumentacja pomocy dla formatów płaszczyzn i kierunków.
• Zaktualizowana dokumentacja pomocy dla interfejsów grupowych i formatów.
• Odnowiono znak towarowy UE GAMGI do 2024 r.
• Zaktualizowano kod źródłowy i licencję na dokumentację na GPL v3.
• Rozpoczęto używanie sha256sum do sumy kontrolnej wszystkich plików dystrybucyjnych.
• Odnowiono rejestrację nazwy domeny gamgi.org do 2020 r.

Co nowego w wersji 0.17:

• Naprawiono błąd makefile (wprowadzony w gamgi0.15.6) w gałęzi GAMGI, który nie wymaga biblioteki GtkGlExt: make_rules zawierał zależności gtkglext, których nie powinno tam być.
• Samoloty, kierunki mogą być teraz wybrane przez sieć projekcyjną: Wulff lub Schmidt.
• Synchronizował kod, dokumentację i pliki danych między drzewami dystrybucji gamgi i gamgi_exp.
• Sprawdzono pliki XML danych / orbitalnych w celu aktualizacji atrybutów osi orbitalnych.
• Sprawdzono wszystkie pliki danych / XML, aby zastąpić typ atrybutu według etykiety, w elementach atomu.
• Sprawdzono wszystkie pliki danych / XML, aby zastąpić typ atrybutu według modelu, w płaszczyźnie, kierunku, elementach komórki.
• Ze względu na spójność, globalnie wymieniano nazwę według sieci na kierunek i kod kreskowy oraz elementy XML.
• Aby zachować spójność, należy globalnie wymienić nazwę według modelu w komórce, płaszczyźnie, kodzie kierunkowym i elementach XML.
• Zmieniono typ etykiety na Model w komórce- & gt; Utwórz i komórka & gt; Modyfikuj.
• Zmieniono metodę etykiety, aby wpisać Bond- & gt; Utwórz.
• Zaktualizowana pomoc- & gt; Formatuje dokumentację obiektów płaszczyzny XML i kierunku.
• Zaktualizowana pomoc- & gt; Dokumentacja interfejsów dla typów i rzutowania w płaszczyźnie-> Utwórz, Płaszczyzna-> Modyfikuj, Kierunek- & gt; Utwórz, Kierunek- & gt; Modyfikuj.
• Temperatura atomowa Debye-Wallera może teraz przyjmować wartości tylko między 0,0 (niebieski) i 100,0 (czerwony), jak zwykle w tej analizie.
• Zaktualizowano dokumentację interfejsów i formatów obiektów Bond.
• Naprawiono domyślną temperaturę atomową Debye-Wallera: nowa wartość wynosi 0,0, co odpowiada atomowi o dobrze znanej pozycji.
• Zaktualizowano dokumentację formatów obiektów Atom i Cell.
• Pomoc- & gt; Bieżące i Pomoc- & gt; Temat może teraz odczytywać dokumentację orbitalną & gt; Modyfikuj.
• Napisano dokumentację dotyczącą modyfikacji orbitalnej & gt; Modyfikuj.
• Zaktualizowana dokumentacja orbitalna -> Utwórz.
• Osie orbitalne są teraz obsługiwane w znacznie prostszy sposób: w orbicie -> Utwórz, orbital-> Modyfikuj i Oryginalne pliki XML.
• Orbital- & gt; Select działa teraz dobrze dla wszystkich opcji, w tym dla wielu właściwości, które można wykorzystać do wyboru orbitali.
• Uproszczone nieco funkcje gamgi_gtk_select _ *. c.
• Naprawiono dwa błędy w kodzie orbitalnym H, wprowadzone w GAMGI 0.16.6: 1), znikają rho ** L (z wielomianów Laguerre) i 1 / r ** L (z funkcji Legendre) oprócz stałej, której brakowało. 2) domyślne obliczenie promienia nie zawierało warunku rho ** L.
• Listy samolotów można teraz wybierać według modelu: wielokąt, biegun, ślad, wektor.
• Listy kierunków można teraz wybierać według modelu: Linia, Pole, Ślad.

Co nowego w wersji 0.16.8:

• W rzutach stereograficznych nieznacznie podniosła wysokość z w mapach bitowych biegunowych (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), więc zawsze pojawiają się one powyżej powyższych śladów. To naprawia wizualny błąd, ale także ułatwia wybieranie biegunów ze śladami, ponieważ kolory są teraz wyraźnie oddzielone.
• Zsynchronizowane gałęzie kodu gamgi i gamgi_exp.
• Zaktualizowano static_press w Plane- & gt; Modyfikuj i Direcyion- & gt; Modyfikuj, więc nazwa obiektu nie jest zastępowana przez automatyczne ustawianie nazwy.
• Automatyczna zmiana nazwy w płaszczyźnie- Modyfikuj i Kierunek- & gt; Modyfikuj działa teraz dobrze, w przypadku płaszczyzn krystalograficznych, diretkionów.
• Znaleziono błąd i usunięto go w Plane- & gt; Utwórz i kierunek- & gt; Utwórz: w niektórych przypadkach nazwa obiektu wskazana przez użytkownika została zignorowana.
• Znaleziono i usunięto poważny błąd w płaszczyźnie- & gt; Utwórz i kierunek- & gt; Utwórz: po utworzeniu płaszczyzn / kierunków przy użyciu list utworzonych wcześniej za pomocą okna dialogowego Drugi poziom, nie zostały one poprawnie zresetowane. W niektórych przypadkach może to spowodować awarię GAMGI.
• Znaleziono i usunięto błąd w płaszczyźnie- & gt; Utwórz i kierunek- & gt; Utwórz: biegun i ślad nie zostały utworzone jednocześnie, gdy jest to wymagane, tylko jeden za każdym razem.
• Orbital- & gt; Select działa. Listy orbitali można kopiować, łączyć, wybierać, modyfikować, usuwać, tak jak w przypadku innych obiektów.
• Zsynchronizowane gałęzie kodu gamgi i gamgi_exp.
• Naprawiono połączenie z komórką & gt; działa (znowu) dobrze w przypadku list komórek, w Object (powyżej i poniżej), w trybach Crystal i losowym.
• Znaleziono i usunięto prosty, ale poważny błąd: gdy wiele okien było otwartych, a lista obiektów była aktywna i wybrana jako bieżący obiekt, Reset (ale nie koniec) spowodowałby awarię Gamgi.
• Komórka - & gt; Link Random (RCP) nie działa: zastąpiono go starszym kodem. Komórka- & gt; Link wymaga więcej pracy.
• Kompilowanie ponownie z flagą -O3.
• Naprawiono poważny błąd we wszystkich oknach dialogowych Wybierz obiekt->, w metodzie Region: gdy prostokąt próbkowania nie był w pełni w obszarze graficznym, niektóre z próbkowanych kolorów byłyby niezdefiniowane, a GAMGI zawiesza się po naciśnięciu Ok. Awaria została wykryta dawno temu, ale przyczyna była niejasna do tej pory.

Co nowego w wersji 0.16.7:

• Synchronizowane drzewa danych gamgi / dat i gamgi_exp / dat.
• Zsynchronizowane drzewa dokumentacji gamgi / doc i gamgi_exp / doc.
• Zsynchronizowane drzewa kodu gamgi / src i gamgi_exp / src.
• Naprawiono więcej błędów GUI w orbicie -> Modyfikuj.
• Naprawiono zawieszanie na orbicie & gt; Zmieniaj awarie: punkty orbitalne muszą zostać zresetowane do 0.
• www.gamgi.org i ftp.gamgi.org są teraz dostarczane z maszyny wirtualnej hostowanej w centrum informatycznym Uniwersytetu w Lisboa. Mamy nadzieję, że oznacza to bardziej niezawodne połączenia i mniej czasu.
• Automatyczna zmiana nazwy na orbicie- & gt; Modyfikuj teraz działa poprawnie.
• Automatyczna zmiana nazwy w Atom- & gt; Modify działa teraz poprawnie.
• Zaimplementowano automatyczną zmianę nazwy w Atom- & gt; Modyfikuj.
• Zaimplementowano automatyczną zmianę nazwy w orbitalnej - Modyfikuj.
• Orbital- & gt; Modify działa teraz dla pojedynczych orbitali. Listy orbitali powinny działać w następnej wersji.
• Tłumaczenie, rotacja, działają teraz poprawnie dla Orbital-> Modyfikuj.
• static_apply for Orbital- & gt; Modify jest najczęściej wykonywane.
• Zakończono static_grab dla Orbital- & gt; Modify.
• Dodano static_ok_global i static_ok_local dla Orbital- & gt; Modify.
• Ukończono static_press dla Orbital- & gt; Modify.
• Zachowanie GUI w Orbital- & gt; Modify jest prawie zakończone.
• Rozpoczął pracę nad orbitalną -> Modyfikuj i orbituj - wybierz>.
• Zaktualizował gamgi_mesa_pick.c i gamgi_mesa_grab.c, aby uwzględnić stałe reprezentacje orbitali.
• Naprawiono mały błąd w kodzie rysunkowym mesy osi orbitalnej.
• Wielomiany Laguerre mają współczynnik r ** L (L = kątowa liczba kwantowa), który anuluje dokładnie z współczynnikiem 1 / r ** L funkcji Legendre, więc matematyczne opisy orbitali H stają się znacznie prostsze! Podziękowania dla Jose Luisa Martinsa za wskazanie mi tego! Dla tak niskich gęstości prawdopodobieństwa (1E-6), problemy numeryczne są tak wrażliwe, że orbitalne reprezentacje wizualne są nieco inne, nawet dla L = 1, po tym uproszczeniu.

Co nowego w wersji 0.16.6:

• Zsynchronizowane drzewa kodu źródłowego gamgi / dat i gamgi_exp / dat.
• Zsynchronizowane drzewa kodu źródłowego gamgi / src i gamgi_exp / src.
• Dodano zrzuty ekranu pokazujące nowe reprezentacje orbitali.
• Nieznacznie zwiększono theta, phi accuracy przy określaniu orbitalnego domyślnego promienia pobierania próbek: testowany na (6,5, -5) orbitalny (6hy5).
• Debugowany kod do interpolacji sygnału na stałych orbitach. Działa teraz dobrze! To była naprawdę ostatnia przeszkoda, aby mieć światowej klasy reprezentację orbitalną w GAMGI! Czas na zrzuty ekranu! W przyszłości postaramy się zmniejszyć liczbę wierzchołków, normałów i trójkątów, a także możemy wdrożyć cieniowanie Gorauld, ale nic z tego nie zmieni naukowych i wizualnych możliwości naszego obecnego modelu. Kieliszek portu z okazji!
• Wdrożono metodę interpolacji sygnału w stałych orbitach, aby rozwiązać wcześniej wykryty problem z niedokładnością sygnału.
• Oczyszczone kod w gamgi_chem_orbital.c i gamgi_chem_orbital.h.
• Naprawiono błąd: gęstość prawdopodobieństwa orbitalnego nie została poprawnie wyeksportowana do plików XML.
• Osie orbitalne są teraz prostsze w użyciu i mają więcej opcji.
• Kod sygnałowy działa teraz: orbity 3D wyglądają naprawdę fantastycznie, ale kod sygnałowy musi zostać dopracowany, ponieważ brak interpolacji powoduje zbyt duży szum wizualny, gdy zmienia się sygnał.
• Naprawiono kod do zamiany trójkątów dodatnich i ujemnych.
• Naprawiono kod interpolacji sygnału w static_edge.
• Rozwiązano problem interpolacji związany z efektem cebuli na powierzchni cebuli isosurface: frakcja siły w zakresie [0,1].
• Naprawiono orientację krawędzi orbitalnych stałych kodów: jest to potrzebne do dokładnej interpolacji.
• Naprawiono błędy numeryczne: tylko błąd dzielący kostki (jak w szachownicy 3D). Teraz wygląda świetnie!
• Debugowano stały kod orbity 3D, najwyraźniej działa dobrze, wciąż z pewnymi liczbowymi nieścisłościami na powierzchni.

Co nowego w wersji 0.16.5:

• Obiekty orbitalne można teraz eksportować, importować do GAMGI natywne pliki XML. Zastąpiono rekursywną procedurę static_outside wersją pętli i stosu, usuwając krytyczne wąskie gardło w stałym kodzie orbitalnym. Naprawiono wycieki pamięci w kodzie GTK, błędy sintax w wyborze obiektów według kolorów, ostrzeżenia z powodu nieuwzględnionych zmiennych itp.

Co nowego w wersji 0.16.4:

• Zsynchronizowane gałęzie źródłowe gamgi i gamgi_exp.
• Zaktualizowano make_local, aby uwzględnić ścieżki: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / include, używany przez Ubuntu.
• Naprawiono błąd w nowym stałym kodzie orbitalnym: test długości r ma sens w reprezentacji przewodowej, ale nie w wersji stałej!
• Nowy kod rekurencyjny działa na tablicach bitowych tak dużych jak 160x160x160, w najgorszym przypadku.
• Kod rekurencyjny znajdujący zewnętrzne powierzchnie ulega awarii w przypadku macierzy bitowych większych niż 50x50x50. Szukam alternatywy pętli.
• Kod orbitalny: interpolacja funkcji falowej w celu uzyskania reprezentacji opartej na trójkącie działa naprawdę dobrze.
• Trójwymiarowe stałe renderowanie 2D płaskich powierzchni na orbitalach opartych na H jest teraz dobrze przetestowane i działa dobrze! Ma to kluczowe znaczenie dla zbudowania opartej na oktantach reprezentacji tych orbitali, gdzie użytkownicy mogą wybrać, które ósemki mają być wyświetlane.
• Dodano nowe serwery lusterek, http://atom.ist.utl.pt i ftp://atom.ist.utl.pt, aby w przyszłości hostować gamgi.org.
• Dodano ładne pliki struktur i informacji dla wysokotemperaturowych beta-kwarców, beta-krystobalitów i beta-trydimitu.
• Zaimplementowano nowy serwer lustrzany: http://gamgi.ist.utl.pt/ lub http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Uproszczony sposób wyboru Oktantów Oś-O w trybie Wired.
• Dla każdego orbitalnego orbitalnego H napisał kod topologiczny, aby zbudować wszystkie trójkąty potrzebne do opisania zewnętrznej powierzchni trójwymiarowej (algorytm tetra-sześcianów) plus wewnętrzne granice oktantów 2D.
• Dla każdego orbitalnego orbitalnego H napisał i przetestował kod tablicy bitowej potrzebny do wyeliminowania wewnętrznych powierzchni izobrazowania zewnętrznego.
• Uproszczone ósemkowy kod binarny w gamgi_chem_orbital.c.

Co nowego w wersji 0.16.3:

• Poprawiono czytelność we wszystkich oknach dialogowych obiektu-> Kopiuj.
• Dodano dokumentację orbitalną -> Utwórz, orbital-> Kopiuj, orbitalny-> Łącze i orbitalny-> Usuń.
• Zaktualizowana pomoc- & gt; Bieżące i Pomoc-> Temat do przydzielenia orbitalnego -> Utwórz, orbitalny-> Kopiuj, orbitalny-> Link, orbital-> Usuń.
• Zsynchronizowane drzewa gamgi i gamgi_exp.
• Orbital- & gt; Link działa teraz poprawnie (lista orbitali jeszcze nie zaimplementowana).
• Naprawiono usterkę we wszystkich plikach link_object.html, czego wynikiem był komunikat o błędzie GAMGI, gdy podsystem pomocy próbował otworzyć jeden z tych plików.
• Orbital- & gt; Copy działa teraz poprawnie (lista orbitali jeszcze nie zaimplementowana).
• Orbital- & gt; Remove działa poprawnie (lista orbitali jeszcze nie zaimplementowana).
• Rozpoczęto tworzenie okien dialogowych Orbital-> Kopiuj, Orbital-> Link i Orbital-> Usuń.
• Układ Octants, w oknie dialogowym Orbital-> Create, jest teraz znacznie bardziej intuicyjny.

Co nowego w wersji 0.16.2:

• Synchronizowano gamgi / (z GtkGLExt) i gamgi_exp / (z GLX).
• Filtrowanie liczby ósemkowej działa teraz poprawnie dla orbitali H.
• Ukończono poszukiwanie najlepszych wartości domyślnych dla orbitali na bazie H. Domyślna gęstość to 1E-6, która jest potrzebna do pokazania wszystkich regionów na orbitach 6s. Punkty to 50000 x n, co jest rozsądnym kompromisem. Domyślny promień oblicza się, skanując od ostatniego maksimum w promieniowej gęstości f2r2 plus minimalną długość 2,0, aż maksymalna gęstość (wyszukiwanie w theta, phi) stanie się niższa niż domyślna gęstość.
• Poprawiono, przeprojektowano okno dialogowe Utwórz orbital-> Utwórz.
• Orbitale H działają teraz dobrze w Gamgi. Szukam teraz najlepszych domyślnych wartości.
• Dodano cały kod potrzebny do zbudowania orbitali H.
• Zoptymalizowany kod orbity H dla prędkości.
• Dla wszystkich orbitali na bazie wodoru z n = 1 do 6, obliczyliśmy odległości dla radialnych maksimów polinomii.
• Dla wszystkich orbitali na bazie wodoru z n = 1 do 6, obliczono odległości dla zera radialnej polinomii.
• Obiekty orbitalne można teraz tworzyć, skalować (wokół bieżącego centrum), przesuwać, obracać, jak każdy inny obiekt Gamgi.
• Ukończono dialog Orbital-> Utwórz, aby zbudować orbitale na bazie wodoru.
• Napisał kod silnika graficznego, aby renderował orbitale na bazie wodoru w trybie przerywanym.
• Dodano i przetestowano s, p, d, f, g, h orbitale na bazie wodoru dla n = 6, w kartezjańskich współrzędnych x, y, z.

Wymagania :

• GTK +