FlexS przewiduje ukształtowanie i ustawienie jednego z ligandów w stosunku do drugiej. W FlexS reference-ligand zakłada się sztywne, a tym samym należy ją podawać w konformacji, która jest podobna do stanu związanego. Algorytm superpozycji w FlexS wymaga tylko trochę ręcznej interwencji. Możesz zintegrować tę wiedzę do obliczeń z FlexS poprzez przeprowadzenie pojedynczych czynności ręcznie. Tak więc, FlexS jest przeznaczony do pracy w parach interaktywnej ligandów, jak również do ligandu wirtualny przesiewowych. Dwa główne wnioski z FlexS są pozycjonowanie super-ligand (np. Dla CoMFA / QSAR) i wirtualnej projekcji. Jeśli białko i związanie się mała cząsteczka (tzw reference-ligand), ale nie struktury białka, można przyjąć konstrukcję referencyjną ujemną odcisku aktywnego. FlexS określa podobieństwa między badaniem i struktury odniesienia poprzez ich dostosowanie. W wirtualnej projekcji masz odniesienia ligand i zestaw związków i jesteś zainteresowany priorytetów związków do badań eksperymentalnych.
Komentarze nie znaleziono