QuasiRecomb

QuasiRecomb to niewielka aplikacja, która działa w konsoli poleceń, symulacji modelu Markowa generowania ąuasi-gatunek wirusa. Opisuje wytwarzanie wirusowych ąuasi-gatunek oraz sposobu jego parametry wyprowadzić poprzez analizę danych sekwencjonowanie nowej generacji. Model jest potwierdzone na danych symulowanych, pokazując przewagę wyraźnie biorąc pod uwagę proces rekombinacji, a testowany przez zastosowanie do odczytów uzyskane z eksperymentalnych próbek HIV. Oferuje on implementację algorytmu EM znaleźć maksymalne szacunki posteriori parametrów modelu i metody szacowania rozkładu szczepów wirusowych w ąuasi-gatunek

Wymagania .

Java