Pathomx

Pathomx (dawniej MetaPath) jest open source, oprogramowanie graficzne realizowane w ipython, Qt i PyQt, zaprojektowane od podstaw, aby działać jako interaktywnego narzędzia do wizualizacji i analizy danych metabolicznych pod GNU / Linux i innych POSIX & nbsp; operacyjnego systemy. Początkowo został zaprojektowany, aby być wykorzystywane do przetwarzania metabolomikę data.Features przy glanceKey funkcje obejmują wsparcie dla importowania i eksportowania NMR (Nuclear Magnetic Resonance) danych, przetwarzanie widma, w tym normalizacji, binning i wyrównanie, a także metabolizm wizualizacji i górnictwa. Będziesz także być w stanie importować dane genomu i metabolomikę różnymi sposobami wizualizacji na określonych szlakach.
Różne MetaCyc adnotacje bazy danych są również w aplikacji Pathomx, wśród których możemy wymienić linki zjednoczenia bazy danych, synonimy, jak również związane ścieżki i reakcje. Proszę zauważyć, że baza MetaCyc pochodzi z publicznych API.
Aplikacja wykorzystuje potężną bazę MetaCyc szybkiego eksploracji złożonych zbiorów danych, dzięki rozszerzalny i konfigurowalnych wtyczek. Ponadto wykorzystuje biblioteki Numpy i scipy dla liczby przenoszenia, matplotlib do wykresów, nmrglue do importu danych NMR, d3.js wykresach interaktywnych i scikit-learn do analizy statystycznej methods.Under kapturem i wspierane OSesLooking pod maską Pathomx, możemy zauważyć, że wniosek został zbudowany na ipython polecenie powłoki. To sprawdza się również w systemach operacyjnych Microsoft Windows i Mac OS X, dla których jest on dostępny do pobrania jako gotowych pakietów binarnych. GNU / Linux, oprogramowanie jest rozpowszechniane jedynie jako archiwum źródłowego zgzipowanego zgodnym z 32-bitowych i 64-bitowych platformach sprzętowych.
Podczas korzystania Pathomx, użytkownicy powinni pamiętać, że aplikacja korzysta z danych z bazy danych szlaku MetaCyc samego, który jest częścią rodziny BioCyc. MetaCyc API jest używany do generowania dostarczonej bazy danych, która jest przechowywana lokalnie

Co nowego w tym wydaniu:.

• Całkowicie nowy przeciągnij-upuść Edytor wizualny został dodany.
• Pozwala na tworzenie analiz przepływów pracy, przeciągając narzędzi do obszaru roboczego, edycji połączenia, przeciągając linie przesyłania danych między narzędzi, a przy użyciu widoków wbudowanych, aby uzyskać przegląd bieżącej przetwarzania.
• Dane mogą zostać usunięte do obszaru roboczego do natychmiastowego importu.
• dodawane na żywo na-narzędzia postępu powiadomienia, barów i wskaźniki stanu.
• Błędy są oznaczone tekstem pomocy (podpowiedzi na temat narzędzi, gdy wskazane czerwony).

Wymagania :

• Graphviz