CLC Main Workbench

W tym 4-tygodni w pełni funkcjonalne demo CLC Nomenklatury Workbench agreguje wszystkie sekwencja DNA analiz CLC Gene Workbench i wszystkie analizy sekwencji białka CLC Protein Workbench. Wszystkie analizy są w pełni zintegrowane w jednym, przyjaznym dla użytkownika i intuicyjny aplikacji

​​ Co nowego w tej wersji.

Ulepszenia

• Aktualizacja lista enzym restrykcyjny od rebase. & nbsp;

• Naprawiono problem z uruchomieniem BLAST na MacOS Sierra
• Zaktualizowane linki & nbsp pfam;. zgłoszone przez pfam Szukaj domen narzędziem
• Naprawiono problem wprowadzony w & nbsp;.. CLC Main Workbench 7.7.2, gdzie enzymy wymienione alfabetycznie po RdeGBI brakowało informacji metylacja
• Różne drobne poprawki

Co nowego w wersji 7.7.2:

Workflows

Wyjścia
• Workflow może być skonfigurowany tak, aby podfoldery zawierać wyjścia są tworzone.
• Nowe zastępcze są dostępne podczas definiowania nazw wyjść workflow: {user}, {hosta}, a dla elementów datownik obiektu wyjściowego {rok}, {miesiąc}, {dni}, {godzin} {minuty}, {} sekund.
• zastępcze w nazwach wyjściowych workflow, które wcześniej były dostępne tylko cyfry mogą być teraz określane za pomocą nazwy pisane: {nazwa} jest synonimem {1} i {} wejście jest synonimy {2}
.
• 
  

  W przypadku korzystania z {2} zastępczy dla niestandardowych elementów wyjściowych nazewnictwa w obieg, tylko wejścia odblokowane zostaną uwzględnione w wygenerowanym nazwy.

  
  
• 
  

  W wygenerowanym pdf pokazano wszystkie skonfigurowane parametry przepływu pracy, wpisy dotyczące parametrów połączone narzędzie lub element wejściowy teraz wymienić nazwy elementów ograniczających. Poprzednio ofert parametrów dla takich elementów pozostało puste.

  
  
• 
  

  Jeżeli nazwa narzędzia został zmieniony w przepływie pracy, oryginalna nazwa jest teraz włączone równolegle zmienioną nazwą podczas eksportowania parametrów pracy.

• 
  

  Widok Historia elementów danych utworzone za pomocą workflow zawiera teraz informacje o przepływie, który je stworzył.

  
  
• Kolejność narzędzi w obiegu "Dodaj element" Menu teraz odpowiada kolejności w menu Workbench Toolbox.
• Poprawiono sprawdzanie poprawności przepływu pracy, aby pomóc użytkownikowi w identyfikacji wejść, które będą ignorowane ze względu na konfigurację elementów workflow.

& nbsp;

& nbsp;

• Szybkie uruchamianie narzędzia jest teraz znaleźć w menu Toolbox zamiast menu Widok i przycisk o nazwie uruchamianie które przynosi się do tego narzędzia został dodany do paska narzędzi.

• Analizy mogą być teraz uruchomiona elementów danych wymienionych w tabeli wyników z Local Search, wybierając elementy zainteresowania, prawda kliknięcie myszką i nawigacji za pomocą menu kontekstowego, które się pojawi.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; & nbsp; ". Usuń Association (s)" Opcja usuwania metadanych skojarzenia z wybranych elementów danych została sin pogląd Metadane elementy w prawym menu kontekstowego kliknięcie dodaje

• W Metadane Znajdź dane powiązane zobaczyć teraz jest również możliwe zastosowanie Znajdź w nawigacji obszarowej, jeśli wybrano wiele wierszy.

  
  
• W przypadku importowania metadanych z arkusza kalkulacyjnego z formułami w nim, w wyniku oceny wzoru (jako wyświetlanego w programie Excel) jest obecnie importowane, a nie samego wzoru.

& nbsp;

• Wszystkie NCBI Communication Server jest teraz szyfrowane. (NCBI będzie przeniesienie wszystkich usług internetowych do protokołu HTTPS w dniu 30 września 2016 roku). & Nbsp;

  
  

• Lista enzymów zainstalowanych w warsztacie. & Nbsp; został zaktualizowany z rebase

  
  

• Opcja "nie jest na liście" został wprowadzony jako nowa opcja filtrowania tabeli.

  
  

• Przeczytaj szczegóły grupy są teraz wyświetlane na widoku Element Info list sekwencji.

  
  

• GenBank importu pozwala teraz także dla nazw plików z rozszerzeniem 'GBFF'.

  
  

• "Sortuj folderu" Narzędzie korzysta teraz liczbową sortowania nazw z przedrostkiem liczby.

• Nowe zastępcze są dostępne podczas definiowania nazw wyjść Eksporter: & nbsp; {User}, & nbsp; {hosta}, a dla elementów datownik obiektu wyjściowego {rok}, & nbsp; {miesiąc}, & nbsp; {dni}, & nbsp; {godzin, & nbsp; {minuty}, & nbsp; . {sekund} & nbsp;
• zastępcze w nazwach wyjściowych eksportowych, które wcześniej były dostępne tylko cyfry mogą być teraz określane za pomocą nazwy pisane: {wejście} jest synonimem {1}, {rozszerzenie} jest synonimem {2} i {licznik} jest synonim {3}.

Co nowego w wersji 7.7.1:

• Naprawiono problem, który zaistniał podczas realizacji przepływów pracy z wieloma wejściami w partii, gdzie zmiany predefiniowanych stałe wejść podane podczas premiery nie zostały zastosowane.
• Naprawiono błąd, gdzie narzędzie Motif Szukaj nieprawidłowo zgłoszone wszystkie dokładności meczu albo jako 0% lub 100%.
• Naprawiono problem sortowania folderu podczas zapisywania do niego może spowodować wystąpienie błędu.
• Naprawiono błąd w oknie trybu wsadowego, która doprowadziłaby do błędu, gdy natrafiono problemy związane z bazowego pliku lub danych lokalizacji.

Co nowego w wersji 7.7:

Importuj Metadane - podstawowy i łatwy import metadanych. Narzędzie to stanowi uzupełnienie narzędzi dostępnych w metadanych Table Editor.

Co nowego w wersji 7.6.4:

• Naprawiono błąd, gdy Szukaj sekwencji w narzędziu KBC nie uda się ściągnąć sekwencje nukleotydów z komunikatem o błędzie "Następujące sekwencje nie zostały pobrane poprawnie.
• Naprawiono problem z BLAST w NCBI kroku Tworzenie Protein Zgłoś narzędzia.
• Naprawiono błąd prowadzący do błędu podczas eksportu VCF gdzie dane zaangażowane zostały pierwotnie przywiezione z plikami VCF i wartości w polu QUAL były liczbami całkowitymi. & Nbsp;
• Eksport zmiennoprzecinkowych (po przecinku) Numery do VCF & nbsp; Format były wcześniej uzależnione od określonej lokalizacji. Zostało ustalone tak, że & nbsp; & nbsp separator dziesiętny;. Teraz zawsze jest punktem
• Podczas automatycznego włączenia metadanych, dziennik pokazuje teraz, które wiersze metadanych nie wiązało się z żadnymi danymi.
• Naprawiono błąd, który uniemożliwiał obsługi metadanych informacje mają być dostępne z poziomu Workbench.
• Naprawiono błąd, gdzie robi automatyczne włączenie przy użyciu tabeli metadanych przechowywanych na serwerze CLC zawiedzie.
• Automatyczne stowarzyszenie metadanych obsługuje teraz stowarzyszenie oparte na przedrostek nazw danych raczej i dokładne dopasowanie do całej nazwy danych.
• W tabeli metadanych nie potrzebuje klucza kolumnę jego wierszy, które mają być ręcznie powiązane z elementami danych.
• Opcja zastąpić role metadanych wcześniej widoczne w konfiguracji wyjść Workflow został usunięty.
• Poprawiono błąd dzieje, gdy dane Workbench Lokalizacja wskazywał na plik w systemie zamiast folderu. Będzie on teraz wyświetlane jako niedostępne w obszarze nawigacji Workbench.
• Włączone podpowiedzi dla wszystkich parametrów podczas konfiguracji i realizacji przepływów pracy.
• Proces logowania z Workbench do CLC Server musi zakończona przed otwarciem CLC URL rozpocznie się.
• Usuwanie problemu na komputerach Mac, gdzie Workbench nie został rozpoznany jako obsługi protokołu zwyczaj CLC. // Adresy URL
• Rozwiązane rzadko występującą wyjątek, który może być wywołany przez przełączanie widoku edytora z podwójnym kliknięciem.

Co nowego w wersji 7.6.3:

Nowe funkcje i ulepszenia

• dozujący na wybranych elementów jest teraz możliwe: kiedyś być ograniczone do wybranych folderów
.
• Można teraz wybrać "EST" w bazie danych przy użyciu wyszukiwania dla sekwencji w narzędziu NCBI.
• hierarchicznego grupowania narzędzia próbki mogą być teraz wykonywane w ramach przepływu pracy i na serwerze.
• Lepsze zarządzanie pamięcią przy obchodzeniu się z dużych elementów raportu.
• Podpowiedzi na liściach drzew filogenetycznych teraz wyświetlić opis załączonym sekwencji.
• Liczby nie są dołączane do nazw elementów Workflow podczas tworzenia kopii Workflow przy użyciu "Open Kopia Workflow".
• Zarządzanie metadanymi. Śledzić plików wejściowych i importowania informacji meta dla próbek.

Poprawki

• Naprawiono rzadko występujący błąd, gdzie podczas instalowania 3rd party licencjonowanego wtyczki Workbench wyświetli komunikat o błędzie.
• Naprawiono błąd, gdzie wybierając pozycję w tabeli wyników Blast może podświetlić złego wyrównania w edytorze Blast jeśli tabela została filtrowane lub sortowane.
• Naprawiono błąd, gdzie klikając na adnotacją w edytorze Podkłady projekt może spowodować wyświetlenie komunikatu o błędzie.
• Naprawiono problem adnotacje jakie łączyły końce okrągłej sekwencji byłyby niewłaściwie umieszczony w Circular Sequence View.
• Naprawiono błąd, który powodował zawieszanie Workbench pewne sekwencje były wyświetlane w widoku z okrągłym promieniowej renderowania etykiet.
• Poprawiono eksportowane raporty mające złą autora w pewnych sytuacjach.
• Naprawiono błąd, w którym Tworzenie Wykres pudełkowy i główny składnik Analiza może czasami być uruchamiany z nielegalnymi argumentów, co prowadzi do komunikatu o błędzie.
• Wyjście narzędzia odwrócony, komplementarny do sekwencji staje się przyrostek -RC dołączony do nazwą wejścia, a -1 wcześniej.
• Poprawiono błąd w Przewidzieć Secondary narzędzie Structure gdy opcja do obliczania funkcji partycji został wybrany do długich cząsteczek (& gt; 1000 nukleotydów).
• Naprawiono błąd, gdzie nie można było powiększyć po pomniejszania pełni na bardzo duże przepływy pracy.
• Naprawiono błąd, który uniemożliwiał folder główny w systemie Windows dyski zostały użyte jako lokalizacji pliku.
• Naprawiono problem aktualizację istniejącej instalacji w systemie Windows skutkowałoby pliku .vmoptions usunięciem co sprawia, że ​​bieg Workbench z domyślnej konfiguracji Java.

Co nowego w wersji 7.6.2:

• Dodano obejście na problem java, że ​​czasami skutkowało Workbench wyświetlania uninformative błąd i wymaga ponownego uruchomienia, aby kontynuować pracę.
• Naprawiono problem z uruchomieniem BLAST w NCBI NCBI gdzie generowany błąd na temat ich użytkowania CPU przekroczenia granicy nie było raportowane w sposób przejrzysty i wynika z "hitów" nie było zgłaszanych w zamian.
• poprawka została zastosowana w celu uniknięcia wyjątek w sytuacji, gdy oczyszczanie z pobranych plików z BLAST nie powiodło się.
• Reverse Przekłada narzędziem ignorowane dowolny kod genetyczny określonej w tabelach częstotliwości kodonów. Wszystko tłumaczenie zwrotne byłoby zatem domyślnie standardowego kodu genetycznego.
• W przypadku instalacji z wiązanych obieg danych, nie jest już możliwe, aby wybrać folder tylko do odczytu do przechowywania danych.
• Poprawiono błędne wyświetlanie "Obsługiwany format" podczas eksportowania elementów z obu redakcji folderu lub Local Search Editor.
• Fix potencjalnego niewłaściwego pliku zapisywane podczas edycji pliku znajdującego się za pośrednictwem Local Search Editor.
• Działki wewnętrzne raporty są teraz wyświetlane z ich zapisanych ustawień panelu bocznym.
• Poprawiono zapisywanie różnych kolorów w linii działek za pomocą panelu bocznym.
• Opcja Panel boczny pokazać legendy na działce o powierzchni ponad 10 próbek jest teraz włączona.
• Naprawiono błąd, który doprowadził do błędu przy renderowaniu działek pustych zbiorów danych.
• Naprawiono błąd, gdzie opcja "Opróżnij Kosz" był czasem błędnie niedostępny.

Co nowego w wersji 7.6.1:

• Eksporter GTF jest obecnie dostępna dla głównego Workbench.
• Transkryptomika eksperyment i przykładowe tabele mogą być obecnie klasyfikowane, nawet z dużej liczby wierszy.
• Ulepszona Excel, HTML i znakami tabulacji eksport wariantów (wybrać tylko adnotacje / kolumny potrzebne).

• Naprawiono błąd, wpływającego na "Cut Sequence Przed / Po wybraniu" narzędzie w edytorze klonowania.
• Naprawiono błąd, gdzie po lewej kliknij szybko po kliknięciu prawym przyciskiem myszy zostały zinterpretowane jako podwójne kliknięcie na OS X (na liście wyników wyszukiwania upór, w drzewie Toolbox, aw edytorze workflow).

Co nowego w wersji 7.6:

• Utwory:
  • Wyjście Zgodnie gdy wzbogacając utwory wariant i utworów adnotacji z dodatkowych kolumn tabeli. tory wyjściowe z tych narzędzi się taką samą ilość dodanych kolumn tabeli i kolumny, które mają znajdować się w tej samej kolejności. Poprzednio dodatkowy kolumna miała pustych wartości dla wszystkich rzędów wariantów, to nie zostały usunięte z końcowego stołu powoduje zmianę liczby i względną kolejność dodatkowych kolumn gdy kilka próbek poddano obróbce w takich samych narzędzi / przepływów pracy. Wszystkie kolumny są zatrzymywane teraz ułatwienia dalszego przetwarzania eksportowanych tabel oraz zapewnienie natychmiastowego odwołania wizualnej, co do których zostały zastosowane narzędzia wzbogacanie / adnotacji, nawet jeśli nie przyniosły żadnych wyników dla danej próbki.
  • Stoły torach wariant i ścieżek adnotacji może teraz sortowania i filtrowania kolumn komórek zawierających kilka numerów.
  • Ulepszona przeglądarka utwór dla wariantu tory pokazać sekwencję zmian na renderowane wariantu.
  • utworów wykresu pokazują teraz wartości ujemne wypełnione w górę, y = 0 (zgodnie z oczekiwaniami).
  • Zwiększenie liczby dziesiętne na stół przy eksporcie do pliku CSV, na karcie rozdzielany tekstu i Excel.
  • Ulepszone raportowanie błędów związanych z małej ilości miejsca na dysku.
  
  

Co nowego w wersji 7.5.1:

• Można teraz uruchomić przepływ pracy bez opcjonalnego wejścia.
• Narzędzie AAC nie opisywanie wariantów w 3 'UTR z ich zmianą na poziomie DNA z użyciem sformatować samochodów ciężarowych c.xxx. Wpływa to na jakąkolwiek analizę wykonaną z Gx 7.5 lub starszej opartą na Ensemble CDS utworów ze starszych versons. Analiza AAC powinny być przerobione za pomocą Gx 7.5.1 dla prawidłowego adnotacji.
• Pfam filtrowanie bug naprawiony. Wcześniej tylko Pfam zgłosił pierwszą domenę każdego typu w zapytaniu, aw konsekwencji wiele domen zostały nieodebranych. Zaleca się, aby użytkownicy, których badania zależy od adnotacji pfam ponownie uruchomić narzędzie w swoich danych.
• Naprawiono błąd w "maksymalny Filogeneza Prawdopodobieństwo" narzędzie, które zawiodło w momencie generowania wartości bootstrap dla niektórych trasowania wejściowych.
• Naprawiono problem z przewijania do odpowiednich plików przy wyborze obiektów jako parametry w kreatorach narzędzia.
• Wyniki tekstowe Blast zostały poprawione więc pokazują prawidłową zapytanie i pozycje, które podlegają, niezależnie od pasma.
• Naprawiono problem, który uniemożliwiał działalność BLAST przy wyborze uruchomić je na CLC Server.
• Można teraz uruchomić przepływ pracy bez opcjonalnego wejścia.