KROKI jest pakiet dla dokładnej symulacji stochastycznych systemów reakcji dyfuzji w dowolnie złożonych geometrii 3D. Nasz algorytm symulacji rdzeń jest realizacja Gillespie SSA, przedłużony do czynienia z dyfuzją cząsteczek ponad elementami 3D tetraedrycznego siatki.
Chociaż został opracowany głównie dla symulowania szczegółowe modele neuronalnych ścieżek sygnałowych w dendrytów i wokół synapsach jest ogólnie narzędzia i mogą być stosowane do badania jakiegokolwiek biochemicznego, w której przestrzenne gradienty i morfologię wydają się odgrywać istotną rolę.
Wdrożyliśmy kroki jako zestaw modułów Pythona, co oznacza KROKI użytkownicy mogą używać skryptów Python kontrolować wszystkie aspekty tworzenia modelu, tworząc siatkę, kontrolowanie symulacji oraz generowania i analizowania wydajności. Procedury obliczeniowe rdzeniowe są nadal realizowane w C / C ++ modułów rozszerzających do maksymalnej prędkości wykonania.
. KROKI jest rozpowszechniany na licencji GPL v3
Wymagania :
- Python
Komentarze nie znaleziono