SSuMMo

SSuMMo jest biblioteka funkcji zaprojektowanych wokół iteracyjnie przy użyciu HMMER przypisać sekwencję do taksonów. & Nbsp; Wyniki są bardzo odnotowany tam drzewa z gatunku / dystrybucji w obrębie tej wspólnoty genus.
Programy zawarte w kodzie źródłowym obejmują narzędzia do: -
- Budowanie hierarchicznej bazy danych ukrytych modeli Markowa - dictify.py;
- Przeznaczyć sekwencje do uznanych nazw taksonomicznych - SSUMMO.py;
- Analizy różnorodności biologicznej, przy użyciu Simpson, Shannon i inne METODY rankAbundance.py;
- Wizualizację wyników kladogamach z wyraźną możliwość łatwego porównywania zestawów danych cross-- comparative_results.py
- Konwersja wyników do formatu phyloxml: dict_to_phyloxml.py;
- Reprezentowanie budować html - dict_to_html.py.
- Działka Krzywe rozcięczenia i obliczyć odpowiadające indeksy różnorodności biologicznej
Przewidziane jest kod źródłowy Pythona tutaj, Google Code. Montowane hierarchiczna baza HMMs, jak również zoptymalizowane bazy danych SQL taksonomia (używany do wyciągania szeregi każdego taksonu) można pobrać ze strony: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Do zainstalowania informacji można znaleźć w pliku README. Informacje o użytkowaniu, istnieje wiki (powyżej), a wstępne Instrukcja obsługi został dodany do tułowia svn

Wymagania .

• Python