relax

relaks jest open source i swobodnie rozpowszechniane projektem, który został zaprojektowany do badania dynamiki molekularnej poprzez analizę danych eksperymentalnych NMR, wspierając cząsteczek organicznych, RNA, białka, cukry, DNA i wiele innych biomolekuł.

relaks obsługuje kilka NMR teorie, realizuje różne narzędzia do analizy danych w systemie modułowym i może współpracować z innymi programami, takimi jak Dasha i Modelfree. Dodatkowo obsługuje wiele teorii NMR, zawiera wiele narzędzi do analizy danych, umożliwia wizualizację danych, jak również interakcję z innych programów.

Mimo, że aplikacja pochodzi zarówno z CLI (Command Line Interface) i GUI (Graphical User Interface) front-end, kilka innych firm graficznych interfejsów użytkownika (GUI) występują na odpoczynek.

Wśród obsługiwanych typów analiz, relaks poradzi dyspersję relaksacyjny, testowanie spójności wielokrotnego NMR pola (Nuclear Magnetic Resonance) dane relaksacyjne, model N-państwa oraz porządek ramki, analizę modelu wolne, R1 i R2, NOE, RSDM (Reduced mapowania Spectral Density), a także dochodzenia stereochemii.

Aby zautomatyzować proces analizy danych, możliwe jest stworzenie bardzo złożonych skryptów, stosując bloki. W tym celu twórcy zapewniają różne przykładowe skrypty, które pomogą Ci zrozumieć budowę scenariusz i łatwiej tworzyć własne.

Patrząc pod maską, możemy zauważyć, że program jest w całości napisany w języku programowania Python i wykorzystuje wieloplatformowe Qt GUI zestaw narzędzi do jej graficznego interfejsu użytkownika, co oznacza, że ​​działa na Linux, Microsoft Windows i Mac OS X systemów operacyjnych.

Aplikacja jest dostępna do pobrania jako archiwum binarne dla wielu systemów operacyjnych GNU / Linux, wspierających zarówno 32-bitowy (x86) i 64-bit (x86_64) zestaw instrukcji architektury, a także archiwum źródłowego.

Co nowego w tym wydaniu:

• Opis:
• Wiele ulepszeń do sporządzania wersji HTML instrukcji odpocząć.
• Aktualizacja odpocząć, aby wyeliminować wszystkie FutureWarnings z numpy & ge; 1,9 do przyszłościowe odpocząć wobec nadchodzących zmian zachowań numpy.
• Możliwość obsługi replikowane R2, Eff punktów danych przez relax_disp.r2eff_read funkcji użytkownika, ale dodanie 0,001 do wartości częstotliwości dla replikowanym punkcie.
• Nowy skrypt do ładowania pliku modelu wolne od wyników oraz back-obliczania danych relaksacyjne.
• Usprawnienia dotyczące postępowania z PDB danych strukturalnych.
• Realizacja funkcji użytkownika structure.pca do wykonywania analiz zasadę składnika (PCA) się z zespołu budynków.
• Dodanie skryptu do szybkiego wdrożenia w infrastrukturze Google Cloud Computing.
• Zmiany:
• Fix za sztywna rama modelu zamów 2 stopnia macierzy rzędu ramki w instrukcji. Niewłaściwy symbol był używany.
• Usunięto newparagraph i newsubparagraph definicje z podręcznika LaTeX. Te były przyczyną konfliktów z latex2html, zapobiegając w wersji HTML instrukcji przed skompilowany. Definicje te są konieczne dla bieżącego skonfigurować do skrawków w instrukcji.
• Zmodyfikowany krótkie tytuły w nowych modelach rama rozdziale podręcznika. Runicznego a> znaków § zostało zastąpione przez zwykłe "Daegu". Wynika to z niezgodności z latex2html co zapobiega podręcznik HTML przed skompilowany.
• Usunięcie definicji stałej szerokości kolumny tabeli z preambuły ręcznego lateksu. Jest to konieczne, ponieważ przerwy definition latex2html kompatybilność, powodując uszkodzenie w numeracji będąca rezultatem w obrazach w formacie HTML, aby być w zasadzie randomizacji.
• Usunięcie pakietu akcentami umożliwienia podręcznik HTML mają być zestawiane. Pakiet akcenty LaTeX nie jest kompatybilny z latex2html, więc najprostszym rozwiązaniem jest usunięcie pakietu.
• ręcznie obracać element ramowy macierz zamów EPS ręcznych figury, na latex2html kompatybilności. Komenda '90 obrócić 'został usunięty, a obwiednia permutytu jako b c d - & gt; b -c d -a. Pozwala to argument kąta w includegraphics {} polecenie, aby zostać pominięte, a latex2html nie rozpoznaje tego produktu. Pozwala to dane mają być widoczne w wersji HTML instrukcji.
• Redesign zlecenia ramki tabeli parametrów zagnieżdżania w instrukcji dla latex2html kompatybilności. Tabela wykorzystuje TikZ pakiet, który jest krytyczny dla latex2html, nawet jeżeli nie są używane. Dlatego tabela w pliku docs / latex / frame_order / parameter_nesting.tex został przekształcony w samodzielny dokument LaTeX do tworzenia przyciętej wersji postscript z TikZ formatowania tabeli. Skrypt kompilacja została również dodana. Powstały plik * .ps jest teraz włączone do PCS sekcji całkowanie numeryczne, zamiast tej sekcji tworzenia tabeli TikZ. Cały tekst TikZ preambuła została usunięta, aby umożliwić latex2html uruchomić.
• Obejście dla latex2html nie jest w stanie obsłużyć pakiet allrunes lub powiązanych czcionki. W preambule htmlonly środowiska, symbole rzędu ramki są na nowo za pomocą tekstu "Daegu" zamiast runicznej znak A> Z.
• Poprawki dla sub i indeksami górnymi całej instrukcji. Wprowadza {} wokół wszystkich podsystemów oraz indeksu górnego textrm {} przypadkach. Nie jest to potrzebne dla wersji PDF podręcznika jako brakujący nawias unika problemu, ale to wpływa na wersję HTML instrukcji opracowanej przez latex2html, co wymaga poprawnego zapisu. Poprawki są zarówno nowym rozdziale zamówienia ramki, jak również rozdziału dyspersji relaksacji.
• Edycja i poprawki dla relaksu 4.0.0 część pliku zmian.
• Aktualizacja i ulepszone instrukcje wiki w odpocząć zwolnić dokumentu checklist.
• Jeszcze jeden wiki pouczenie o sprawdzenie martwe linki w dokumencie release checklist.
• Więcej niewielkie zmiany w sekcji 'Zapowiedzi' dokumentu release checklist.
• Poprawiono skrypt do wyszukiwania duplikatów tytuły w plikach lateksu instrukcji.
• Stary duplikat tytuł znalezieniem skrypt do skryptu Pythona. Skrypt Pythona jest o wiele bardziej zaawansowany i wykorzystuje inną logikę produkować tabelę replikowane tytułów i ich liczby. Skrypt zwraca również nieudaną status wyjścia, gdy istnieją powtórzeń.
• Stary replikowaną tytuł znalezieniem skrypt Pythona użyć struktury klasowej. Pozwala to skrypt, który zostanie przywieziony jako moduł. Odkrycie kopią został przesunięty do find () metody klasy.
• Przemianowany tytuł replicate znalezienie skrypt.
• Usunięto duplikat tytuł LaTeX znalezieniem skrypt. To jest teraz obsługiwane przez o wiele bardziej zaawansowany skrypt Pythona.
• Kompilacja SCons z PDF i HTML podręcznikach sprawdza teraz replikowanymi tytułów. Nowy cel replicate_title_check został dodany do skryptów SCons. To wywołuje metodę find () tytułowego Znalezienie scenariusza kopią LaTeX, aby ustalić, czy jakieś tytuły są replikowane, a jeśli tak scons kierować powraca z sys.exit (1) połączenia. Cel ten jest ustawiony na początku cele w user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch SCons. Powoduje to, że podręcznik nie może zostać skompilowany, jeśli istnieją powtarzalne tytuły, zmuszając tytuły mają być zmienione. Wynik będzie, że strony HTML wszystko będzie wyjątkowy, ponieważ replikowane wyników tytułowi tylko jedna strona HTML tworzony dla wszystkich sekcjach.
• Eliminacja replikowane tytułów źródeł LaTeX, że wprowadzono nowe rozdziały zamów ramki.
• Usunięcie starej replikowane tytule w źródłach LaTeX instrukcji. Jest to tytuł "Wzór wolne analizy", który jest używany dla całego rozdziału specyficzne analizy, jak również dla sekcji analizy modelu wolne od tych wartości, gradienty i Hessians do rozdziału optymalizacji.
• Poprawki i lepsze wydruki dla osiągnięcia celu replicate_title_check SCons.
• Aktualizacja wszystkich relaks w celu ochrony przed przyszłych zmian zachodzących w pakiecie numpy Pythona. Od numpy wersja 1.9, FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: porównanie z 'None` spowoduje porównaniu obiektu elementwise w przyszłości. postrzegana jest w dużym odsetkiem wszystkim odpocząć'S funkcji użytkownika. To jest złapany i przekształcony w RelaxWarning z tej samej wiadomości. Kwestia jest taka, że ​​zachowanie operatorów porównania == i! = Zmieni się z przyszłymi wersjami NumPy. Zostały one zastąpione jest i nie jest przez cały odpocząć kod bazy. Zmiany zostały również wprowadzone do pakietów minfx i bmrblib dopasować.
• Więcej przyszła ochrona przed NumPy zmian. FutureWarning jest `rank` jest przestarzała; użyj `ndim` atrybut lub funkcji zamiast. Aby znaleźć rangi matrycy patrz `numpy.linalg.matrix_rank`. W związku z tym N-state metoda funkcji model docelowy paramag_info () został zaktualizowany do korzystania z .ndim atrybut i już używać numpy.rank () funkcji.
• Utworzono test układu Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids. Jest zaprojektowany, aby złapać bug # 23933, w "NameError: globalna nazwa" identyfikatory "nie jest zdefiniowane" problem podczas ładowania danych relaksacyjne. Skrócony wersja PDB danych plików i relaksacyjnych, pełne wersje, które są dołączone do raportu o błędzie, składająca się wyłącznie z reszt 329, 330 i 331 zostały dodane do zestawu testów udostępnionych katalogów danych oraz testy systemu zapisywane złapać NameError.
• Aktualizacja test systemu Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids złapać RelaxMultiSpinIDError. Pozwala to test systemu się, gdy oczekuje się RelaxMultiSpinIDError.
• Aktualizacja wersji minfx i bmrblib w dokumencie release checklist do 1.0.12 i 1.0.4. Ma to na celu usunięcie NumPy wiadomości FutureWarning o == None oraz =! Brak porównań do NumPy struktur danych, które w przyszłości będą zmiany w zachowaniu.
• Zwiększona GNA! news głębokość cięcia w dokumencie release checklist.
• Rozszerzony opis funkcji sequence.attach_protons użytkownika. Wynika to z http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• Dodano wstępne dane dla danych testowych z Paulem Schanda. Pozwoli to wykazać, że istnieje kilka możliwości zwiększają R2, metodą punktową Eff.
• Dodano test systemu Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Będzie to złapać pożyczenie wartości Nan.
• Wykonane dodatkową kontrolę w kolejności czytania, że ​​wartości nan są pomijane.
• Po upewnieniu się, że punkt replikowane 4000 Hz do eksperymentu 950 MHz nie jest zastępowany.
• W teście systemu Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 dodał test licząc R2 wartości EFF. To pokazuje, że replikowane R2, eff przy 950 MHz / 4000 pkt Hz są nadpisywane. Rozwiązaniem może być zmiana częstotliwości dyspersji bardzo mało, aby umożliwić dodanie punktu danych.
• Dodano dalsze testy Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. To pokaże, że powiela R2, wartości EFR nie jest obsługiwany również.
• W zależności od r2eff_read w module danych dyspersji, dodaje możliwości czytać R2 wartości EFR, które są replikowane. Odbywa się to pierwsze sprawdzenie, czy klucz istnieje w dyspersji R2, eff słownika. Jeżeli istnieje, nadal dodać 0,001 do częstotliwości aż nowa możliwość istnieje. Powinno to pomóc obsłużyć wiele R2, Eff punktów, jako odrębne wartości, a nie podejmowania jakichkolwiek decyzji o ich średnią.
• Dodano oczekiwanie unosząc odpocząć błąd, jeśli próbuje działki i żadna informacja model jest przechowywana.
• Podnoszenie błąd, jeśli kreślenia krzywych dyspersyjnych, a żaden model nie został zapisany.
• Zmienione przykładowy skrypt do analizowania danych.
• Rozszerzony test układu Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 włączyć automatyczną analizę i klastrowych pasuje. To powinno pokazać, że analiza jest obecnie możliwe.
• Dodano tymczasowy stan i skrypt konfiguracji GUI do danych Paul Schanda.
• Dodano test Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. To pokaże, że ładowanie stanu stworzy problemu. Traceback (ostatnia rozmowa ostatni): Błąd typu: int. () Argument musi być łańcuchem lub numer, a nie "NoneType '
• Dodano przykładowy skrypt dla danych relaksacyjne pleców przeliczania wyników z pliku modelu wolne. Funkcja ta jest przydatna, gdy plik wyników nie jest ostatnim modelem, gdyż plik wyniki nie zawierają danych zapasowych obliczona. Jest to odpowiedź Christina Moller żądanie wsparcia # 3303.
• Korzystanie Gary'ego lib.float.isNaN () zamiast math.isnan (), aby mieć wsteczną kompatybilność z Python 2.5.
• Poprawiono błąd ortograficzny i dokumentowania nowych zachowań relax_disp.r2eff_read, podczas czytania R2, Eff punktów o tej samej częstotliwości. Jeśli spin-pojemnik zawiera już R2 wartości Eff z "częstotliwości impulsu CPMG 'lub' natężenia pola wirowania-lock", częstotliwość zostanie zmieniona przez nieskończenie małej wartości + 0.001 Hz. To pozwoli duplikatów lub więcej z taką samą częstotliwością.
• Zmodyfikowana wewnętrzna obiektu strukturalna być mniejszy wpływ formatu PDB. Numer seryjny PDB jest teraz inteligentnie obróbce, w tym, że jest ustawiony na 1, gdy nowy wzór jest tworzony. Informacja ta jest nadal utrzymywana wspierania logikę odczytu zapisów conect i zostaną usunięte w przyszłości. Informacje ID łańcuch jest już dłużej przechowywane w wewnętrznej obiektu strukturalnego, a ta informacja jest odtworzona przez funkcję użytkownika structure.write_pdb oparciu o jak wewnętrzna obiektu strukturalna została utworzona.
• Aktualizacje klas testowych Noe i struktura system do wewnętrznych zmian obiektów strukturalnych. Numer seryjny można teraz zresetowany, a informacja ID łańcuch nie jest już zapisany.
• Dodano plik z łazienką wspólną danych testowych, aby pomóc wdrożyć analizę strukturalną PCA. Jest to domena N-CAM-kompleksu IQ stosowanych w analizie zamówienia ramki. Jest to pierwszy 5 struktur z wywołania funkcji użytkownika frame_order.distribute, z różnych sztywnych ciał połączyły się z powrotem razem w jednej cząsteczce.
• Funkcja Utworzono koniec przedni użytkownika structure.pca. To jest obecnie wzorowany na structure.rmsd ramach funkcji użytkownika.
• Podstawowa implementacja funkcji back-end użytkownika structure.pca. Jest to nowa funkcja PCA () modułu pipe_control.structure.main. To po prostu wykonuje kilka testów, montuje współrzędne atomowe, i przekazuje kontrolę do funkcji relaks pca_analysis Library () aktualnie ZAIMPLEMENTOWANE modułu lib.structure.pca.
• Częściowa realizowane analizy PCA w bibliotece odpocząć. To jest dla nowej funkcji użytkownika structure.pca. Moduł lib.structure.pca został utworzony, a funkcja pca_analysis () utworzona obliczyć macierz kowariancji struktury, za pośrednictwem funkcji calc_covariance_matrix (), a następnie obliczyć wartości własne i wektory własne macierzy kowariancji, ich sortowanie i do obcinania pożądana liczba trybów PCA.
• Dodano algorytm i num_modes argumentów do funkcji użytkownika structure.pca. Są one przekazywane przez całą drogę do odpocząć backend biblioteki.
• Zaimplementowany algorytm SVD do analizy PCA w bibliotece odpocząć. To po prostu wywołuje numpy.linalg.svd ().
• Analiza PCA w bibliotece odpocząć teraz oblicza na strukturę występów wzdłuż komputerów.
• Funkcja analizy PCA w bibliotece relaks jest teraz zwracania danych. Obejmuje wartości PCA i wektory, a na strukturze projekcje.
• Wartości i wektory PCA, oraz na strukturze prognozy są obecnie przechowywane. Jest to funkcja backend użytkownika structure.pca w module pipe_control.structure.main.
• Dodano format i dir argumentów do funkcji użytkownika structure.pca. To jest do przodu i do tyłu kończy.
• zmodyfikował assemble_structural_coordinates () aby wrócić więcej informacji. To z modułu pipe_control.structure.main. Zawartości list logiczna argumentacja jest obecnie akceptowane, który spowoduje dodatkowo funkcję powrotu listę ID obiektu, na cząsteczkę, listę numer modelu na cząsteczkę, a cząsteczką listy nazwisk w cząsteczce.
• Funkcja użytkownika structure.pca teraz tworzy wykresy projekcjach PC. Obejmuje PC1 vs PC2, PC3 vs PC2, itp.
• Dodano wyniki GROMACS PCA dla pliku distribution.pdb. Obejmuje to skrypt używany do wykonania wszystkich części GROMACS i wszystkich plików wyjściowych.
• Aktualizacja wyniki GROMACS PCA do najnowszej wersji 5.1.1 GROMACS.
• Utworzono wstępny test systemu Structure.test_pca. Ten realizuje nowe funkcje użytkownika structure.pca i sprawdza, czy dane są zapisane w cdp.structure.
• Ulepszone wykresy w backend funkcji użytkownika structure.pca. Wykresy są obecnie skupione tak że różne modele o tej samej konstrukcji, w ten sam przewód danych są w ramach jednego wykresu. Nagłówek wykresie została również poprawiona.
• rozszerzył test sprawdza System Structure.test_pca porównać z wartościami z GROMACS.
• średnia ważona struktura może teraz zostać obliczona. To jest dla funkcji calc_mean_structure () z biblioteki modułów lib.structure.statistics odpocząć. Wagi mogą teraz być dostarczane do każdej struktury, aby umożliwić średniej ważonej być obliczany i.
• Dodano wsparcie dla struktur obserwatora w funkcji użytkownika structure.pca. Pozwala to podzbiór konstrukcji stosowanych w analizie PC mieć zerową masę tak, że struktury te mogą być stosowane w celach porównawczych. W obs_pipes, obs_models i obs_molecules argumenty zostały dodane do przedniej funkcji użytkownika. Backend używa tego do utworzenia tablicy wag dla każdej struktury. A funkcje lib.structure.pca używać zera wagi do usunięcia struktur obserwator z obliczeń trybie PC.
• Utworzono test układu Structure.test_pca_observers. To jest do testowania nowej koncepcji struktury obserwatora funkcji użytkownika structure.pca.
• Poprawiono wydruki z biblioteki odpocząć zasady analizy składowych. Jest to funkcja pca_analysis () modułu lib.structure.pca.
• Poprawki i ulepszenia dla wykresów produkowanych przez funkcję użytkownika structure.pca. Poszczególne zestawy są teraz poprawnie utworzone i są teraz oznaczone na poletkach.
• Dodawanie skryptu wdrożyć badawczy dla szybkiego wdrożenia na Google Cloud Computing. To jest dla zamierzonego zainstalować w Ubuntu 14.04 LTS.
• Rozszerzenie skrypt do instalacji.
• Umieszczenie instalacji na funkcje w skrypcie wdrożenia.
• Dzielenie wdrożyć skrypt do kilku małych funkcji.
• Dodanie oświadczenia sprawdzania instalacji skryptu.
• W przypadku pozyskiwania skrypty, kilka funkcji może być wykonywana w zamian.
• Dodano przestrzenie zainstalować skrypt dla lepszego drukowania.
• Dodawanie skryptu samouczka.
• Dodawanie 2 scenariusze lekcji.
• Naprawiono mały błąd w skrypcie wirowania ID samouczka.
• Utworzono test system łapania bug # 24131, brak eksportu BMRB gdy obiekt SpinContainer ma atrybut S2, jak donosi Martin Ballaschk.
• Zmodyfikowany test układu Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition celu sprawdzenia RelaxError. Wyniki testów w RelaxError, a plik nie zawiera wybrane wyniki spiny.
• Dodano test systemu Mf.test_bug_24131_missing_interaction złapać kolejny problem. Jest to część Bug # 24131, niepowodzenia eksportu BMRB z obiektem SpinContainer mający żadnej wartości S2. Jednak poprzednia poprawka pomijanie niezaznaczone spiny wprowadziła nowy problem relaks wciąż szukając cząsteczkowych oddziaływań dla tego cofnięty spin.
• Poprawki:
• Zreplikowane tytuły w wersji HTML instrukcji odpocząć, a więc replikowane nazwy plików HTML nadpisywania wcześniejsze sekcje, zostały wyeliminowane.
• Poprawiono bug # 23933, w "NameError: globalna nazwa" identyfikatory "nie jest zdefiniowane" problem podczas ładowania danych relaksacyjne. Błąd został wprowadzony w listopadzie 2014 roku, a to z powodu jakiegoś niekompletnego kodu obsługi błędów. Problem polega na tym, że typ wirowania że dane należy do relaksacji (@N vs. @H) nie został określony. Teraz poprawna RelaxMultiSpinIDError jest podniesiony. Zmienna identyfikatory nie istniał. - To był kod, który został zaplanowany do dodania, ale nigdy nie była i została zapomniana
• Fix dla CSA stałej równania w modelu wolna rozdziale podręcznika. Zostało to dostrzeżone przez Christina Moller i zgłoszone na relaks użytkowników listy.
• Bug fix do przechowywania XML konstrukcyjnego obiektu w plikach państwowych i wyników. Wcześniej wszystkie obiekty dodane do cdp.structure (lub dowolny obiekt struktury) nie będą zapisywane metodą strukturalną obiektu to_xml (), chyba że funkcja ta jest wyraźnie zmodyfikowane do przechowywania tego obiektu. Teraz wszystkie obiekty obecne będą konwertowane do formatu XML.
• Fix do analizy dyspersji relaks w GUI, a złowione przez test Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. Podczas ładowania z pliku stanu skryptu, wartość nikt nie może być obecny. To jest teraz ustawiony do standardowych wartości.
• Fix do biegania relaks na serwerze bez graficznego wyświetlacza i przy użyciu matplotlib. Błąd został znaleziony w teście systemu Relax_disp.test_repeat_cpmg. A błąd generowany był: QXcbConnection: Nie można połączyć się wyświetlić. Przerwana (core dumped). Backend matplotlib ma zostać zmieniony. To jest na przykład opisane w: a http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• Zmodyfikowane zachowanie bmrb.write funkcji użytkownika backend dla analizy modelu Free (fix dla Bug # 24131). Jest to metoda bmrb_write () modelu wolne analizy API. Cofany spiny są obecnie pomijane, a kontrola została dodana, aby mieć pewność, że dane wirowania został zmontowany.
• Inna poprawka dla Bug # 24131, niepowodzenia eksportu BMRB gdy obiekt SpinContainer nie ma atrybutu S2. Teraz żadne dane nie są przechowywane w pliku BMRB jeśli Modelarski darmo nie został ustanowiony dla spin. Pozwala to zestaw testów do przejścia.
• Bug fix, aby umożliwić testy systemu Mf.test_bug_24131_missing_interaction przekazać. Jest to część Bug # 24131, niepowodzenia eksportu BMRB z obiektem SpinContainer mający żadnej wartości S2. Problemem było podczas montażu danych tensora dyfuzji. Funkcja spin_loop () był nazywany, jako tensor dyfuzji jest zgłaszane do wszystkich pozostałości. W związku z tym skip_desel = True została dodana w celu dopasowania do modelu wolna część.

Co nowego w wersji 4.0.0:

• Opis:
• Ostateczny, kompletne i prawidłowe wdrożenie teorii zamówienia ramy do badania sztywnych ruchów ciała. Jest to obecnie do analizowania RDC i komputerów danych z systemów wewnętrznych wyrównane.
• Zmiany:
• Usunięcie funkcji użytkownika frame_order.average_position i cały związany kodzie backend. Ta funkcja użytkownika pozwala użytkownikowi określić pięć różnych rodzajów przemieszczenia średniego położenia ruchomego domeny: czysty obrót, bez tłumaczenia, wokół przegubu w ruchu w systemie; obrót wokół osi obrotu w ruchu systemu wraz z tłumaczeniem; Tłumaczenie czysta bez obrotów; obrót wokół środka masy ruchomej dziedziny bez translacji; obrót wokół środka masy poruszającego się wraz z domeny translacji. Teraz ostatnia opcja będzie domyślną i jedyną opcją. Opcja ta jest równoważna ze standardowych algorytmów nakładanie (algorytm Kabsch) do hipotetycznej struktury na rzeczywistej średniej pozycji. Pozostałe cztery wynikają z historii rozwoju teorii. Te ograniczają przydatność teorii i spowoduje tylko zamieszanie.
• Clean up z rzędu ramka kodu funkcji docelowej. Zastępuje poprzednią zmianę skreślenia funkcji użytkownika frame_order.average_position. Zmiany obejmują usunięcie flagi optymalizacji tłumaczenie jak to teraz zawsze wykonane, oraz usunięcie flagi, która powoduje średni punkt rotacji domeny obrotu, aby dopasować ruchowej punkt obrotu, ponieważ są one teraz trwale oddzielona od produkcji.
• Alfabetycznie kolejność funkcji w module lib.frame_order.pseudo_ellipse.
• Wyeliminowany wszystkich modeli 'linia' zamów ramka, ponieważ nie zostały jeszcze zrealizowane. To jest tylko kod frontend. - Backend nie istnieje
• Aktualizacja izotropowej stożek CAM skrypt modelu testowym zamów Ramka optymalizacji. Ze względu na wszystkie zmiany w analizie zamówienia ramy, stary skrypt nie był funkcjonalny.
• Utworzono skrypt dla ramki CaM modelach testowych zamówienie na znalezienie średnią pozycję domeny. Kiedy obrót wokół stałej osi zostały wyeliminowane, przejście od 1J7P_1st_NH_rot.pdb do 1J7P_1st_NH.pdb musi zostać przekształcony na ruch i obrót o transmisji. Skrypt ten będzie stosowany w celu zastąpienia obrót przegubu kąty Eulera wektorem translacji i rotacji kątów Eulera COM. Jednak structure.superimpose funkcji użytkownik będzie musiał zostać zmodyfikowany tak, aby obsługiwać zarówno standardowego ciężkości nakładanie jak również nałożenie COM.
• Aktualizacja testy zamów skrypt modelu nakładanie ramki CAM. Structure.superimpose funkcji użytkownika jest teraz poprawnie nazywa. Wyjściowy plik dziennika został dodany do repozytorium, ponieważ zawiera poprawne tłumaczenie i rotacji Euler informacje potrzebne dla modeli testowych.
• zmiana parametru dla izotropowego stożek CaM skryptu modelu testowym zamów Ramka optymalizacji. Kąty Eulera dla obrotu wokół przegubu ruchowej zostały zastąpione przez parametry rotacji com wektora i kąt Eulera.
• Usunięto szeregu modeli rzędu ramki, które nie mają ograniczenia parametrów. Funkcja linear_constraint () wracał a, b = [], [] dla tych modeli, ale te puste tablice NumPy powodowały biblioteka minfx na niepowodzenie. Wartości te są obecnie złapany i algorytm ograniczenie wyłączony w zminimalizować () określonej metody API.
• Zwiększona dokładność wszystkich danych w skrypcie testu Kolejność bazowej generowania danych ramki CAM. Te wszystkie zostały przeliczone z float16 do float64 NumPy typy.
• Fix dla ustawienia RDC błędu w skrypcie testu Kolejność podstawy generowania danych ramki CAM. Struktura danych rdc_err znajduje się w międzyatomowych pojemników danych, brak pojemników wirowania.
• Modyfikacja części struktury ładunkowej scenariusza bazowego generowania danych kolejność klatek CAM. Struktury są już tylko załadowany DIST_PDB jeżeli flaga jest ustawiona, ponieważ są one stosowane tylko do generowania rozkładu struktur 3D. Pozwala to zaoszczędzić dużo czasu i pamięci komputera.
• Ogromne przyspieszenie scenariusza bazowego generowanie danych testowych kolejność klatek CAM. Dzięki zastosowaniu wielowymiarowych tablic NumPy zapisanie pozycji atomowych i wektor jednostkowy XH wszystkich obrotów i wykonując obroty na tych struktur przy użyciu numpy.tensordot (), obliczenia są obecnie czynnikiem 10 razy szybciej. Miernik postępu musiały zostać zmienione, aby pokazać każde 1000 zamiast 100 iteracji. Obroty stanowisk i wektory są obecnie wykonywane sekwencyjnie, przypadkowo mocowania błąd z podwójnym modeli ruchu (czyli modelu "double rotor").
• Zmodyfikowane testy zamów scenariusz bazowy generowania danych ramki Cam oszczędzać pamięć RAM komputera. Wektor XH i atomowych struktur danych pozycja dla wszystkich obrotów n są teraz z numpy.float32 zamiast typu numpy.float64. Główną zmianą jest obliczenie uśrednione RSD i uśredniane PCSS oddzielnie, usuwając N wielkości struktur danych po pliki danych są zapisywane.
• Całkowite przeprojektowanie scenariusza bazowego generacji Dane zamów ramki CAM dla prędkości i pamięci oszczędności. Chociaż obrócony wektor obligacji XH i atomowej Kod pozycja była bardzo szybka, ilość pamięci potrzebnej do przechowywania ich w pojemnikach typu spin i cząsteczkowych pojemniki danych była ogromna, gdy N & gt; 1E6. Kolejne rdc.back_calc i użytkownika pcs.back_calc wywołania funkcji będzie również brać zbyt długo. Dlatego scenariusz bazowy został przeprojektowany. Metoda _create_distribution () został podzielony na cztery części: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution () i _pipe_setup (). Metoda _pipe_setup () jest wywoływana raz pierwszy założyć rurę danych ze wszystkimi wymaganymi danymi. Następnie _calculate_rdc () i _calculate_pcs () metody i wreszcie _create_distribution () jeśli flaga DIST_PDB jest ustawiony. Do wywołania funkcji użytkownika rdc.back_calc i pcs.back_calc zostały wyeliminowane. Zamiast _calculate_rdc () i _calculate_pcs () metody obliczania uśrednioną RDC i PCS siebie jako NumPy struktur macierzowych. Zamiast przechowywać ogromne obrócone wektory i atomowe pozycji struktury danych, RSD i PCSS są sumowane. Następnie są one podzielone przez self.N na koniec do średniej wartości. W porównaniu do starego kodu, gdy N jest ustawiony na 20 milionów użycie RAM spada z ~ 20 GB do ~ 65 MB. Całkowity czas pracy jest również zmniejszyła się w jednym systemie od kilku dni do kilku godzin (zlecenia lub dwóch wielkości).
• Zmieniono metrowy aktualizację postępu dla scenariusza testu Kolejność bazowej generowania danych ramki CAM. Spinner był zbyt szybki, aktualizowania co 5 przyrosty, a obecnie jest aktualizowany co 250. I łączna liczba jest teraz tylko drukowany co 10.000 przyrosty.
• Usprawnienia paska postępu dla scenariusza bazowego generowanie danych testowych kolejność klatek CAM. Przecinki są obecnie drukowane między tysiącami a numery są już wyrównane do prawej strony.
• Duży wzrost dokładności RDC oraz PCS uśredniania. To jest dla scenariusza bazowego generowanie danych testowych kolejność klatek CAM. Poprzez zsumowanie RSD i PCSS na język 1D tablic numpy.float128 (w tym celu wymagany jest system 64-bitowy), a następnie dzieląc przez N na końcu, średnia wartość można wyliczyć ze znacznie większą dokładnością. Jako N staje się większa, uśrednianie numeryczne wprowadza coraz większe ilości artefaktów obcięcia. Więc ta zmiana łagodzi to.
• Fix dla RDC i PCS średnio w scenariuszu bazowym testu Kolejność generowania danych ramki CAM. Dla podwójnego modelu wirnika lub wielokrotnych ruchowego modelu trybie uśredniania był nieprawidłowy. Zamiast dzielenia przez N, wartości powinny być podzielone przez N ^ M, gdzie M jest liczbą rodzajów ruchowej.
• Ogromny wzrost dokładności dla danych testowych modelu darmo wirnika CaM porządkowych ramki. Im większa jest precyzja, ponieważ struktury numer w dystrybucji wynosi teraz dwadzieścia milionów, a nie milion, a znacznie wyższy uśredniania precyzja numpy.float128 scenariusza bazowego aktualizowane generacji dane zostały wykorzystane. Dane te powinny pozwolić na o wiele lepsze oszacowanie wartości parametrów pozycji beta i gamma średnio domeny dla wolnych modeli wirnika, które są dotknięte przez załamanie parametru alfa do zera.
• Ogromny wzrost precyzji dla cam porządkowych ramki danych testowych modelu podwójnego wirnika. Im większa jest precyzja, ponieważ struktury numer w dystrybucji wynosi obecnie ponad dwadzieścia milionów (4500 ^ 2) zamiast ćwierć miliona (500 ^ 2). I znacznie wyższy uśredniania precyzja numpy.float128 scenariusza bazowego aktualizowane generacji dane zostały wykorzystane.

• Zmiany:



• Poprawki:

• Zmiany:












































































































To znaczy.

Co nowego w wersji 3.3.4:

• Zmiany:






































































• Poprawki:

• Zmiany:





















































• Poprawki:

• Zmiany:








































































































































• Poprawki:

Co nowego w wersji 3.3.1:

• Zmiany:












































































































































































































































• Poprawki:

Co nowego w wersji 3.3.0:

• Zmiany:

Co nowego w wersji 3.1.5:

• Zmiany:




• Poprawki:

• Zmiany:
























• Poprawki:

Co nowego w wersji 3.1.3:

• Zmiany:

Co nowego w wersji 3.1.2:

• Zmiany:













• Poprawki:

Co nowego w wersji 3.1.1:

• Zmiany:

Co nowego w wersji 3.1.0:

• Zmiany:

• Zmiany:























































• Poprawki:

Co nowego w wersji 3.0.1:

• Zmiany:







































































































• Poprawki:

• Zmiany:





























































































































































































































































































































• Poprawki:

• Zmiany:










































• Poprawki:

• Zmiany:

• Zmiany:














































































































































• Poprawki:

• Zmiany:


























• Poprawki:

Co nowego w wersji 2.2.1:

• Zmiany:









• Poprawki:

• Zmiany:




















































































































• Poprawki:

Co nowego w wersji 2.1.2:

• Zmiany:

Co nowego w wersji 2.1.1:

• Zmiany:


















































































































































• Poprawki:

Co nowego w wersji 2.1.0:

• Zmiany:




































































































































• Poprawki:

Co nowego w wersji 2.0.0:

• Zmiany:

Co nowego w wersji 1.3.15:

• Zmiany:


• Poprawki:

Wymagania :