NCBI C++ Toolkit

C ++ Toolkit NCBI zapewnia bezpłatne, przenośne, biblioteki domeny publicznej bez ograniczeń korzystać. To działa na systemach Unix, MS Windows i Mac systemów operacyjnych:
ย ท sieci i komunikacji między (IPC) z adapterami iostream biblioteki
ย ท wielowątkowość Biblioteka
ย CGI ท i Biblioteka Fast CGI
ย ท HTML Generation Biblioteka
ย ท Biblioteka dostęp do bazy danych SQL
ย ท biblioteka C ++ wrapper BerkeleyDB
C ++ ย ท Adapter IOStream / Owijarki Biblioteka
ย ท GZIP i BZ2 C ++ otoki biblioteka z adapterami iostream
ย ท ASN.1 i XML serializacji biblioteka z C ++ Code Generator Narzędzie (datatool)
ย ท Biblioteka daty i czasu
ย ท Biblioteka funkcji systemu plików
ย ท argument wiersza poleceń, Konfiguracja i Środowisko tworzenie biblioteki
ย ท Sekwencja Wyrównanie Algorytmy Library
ย ท Biblioteka BLAST Silnik
ย ท biologiczna Sekwencje wyszukiwanie i przetwarzanie biblioteka
ย ท biblioteki Portable FLTK i OpenGL oparty GUI i graficzne
Oprócz wyżej, istnieje wiele więcej przydatnych bibliotek, zarówno ogólnego przeznaczenia i związanych z biotechnologii, które są stale rozwijane, utrzymywane i używane w produkcji prawdziwego życia przez setki stron internetowych i aplikacji autonomicznych i ich programistów (również liczone w setkach).
Jeśli jesteś deweloperem C ++ znajdziesz przenośny charakter bibliotek bardzo przydatnych w tworzeniu aplikacji wieloplatformowych, nawet jeśli nie mają zbyt wiele zainteresowania Bioinformatyki. Biblioteki takie jak te dla CGI / Fast-CGI, HTML, Networking, Access, bazy danych SQL i XML ASN.1 serializacji są bardzo uniwersalne i mogą być używane w różnych aplikacjach spoza domeny problemu Bioinformatyki.
C ++ Toolkit ulega aktywny rozwój z biblioteki powstaje co noc. Kod źródłowy jest dostępny bezpłatnie za pośrednictwem FTP i CVS. Dokumentacja dla C ++ Toolkit jest dostępna online w formacie NCBI Bookshelf, a także jako pobrania książki w formacie Acrobat w PDF

Co nowego w tym wydaniu:.

• NAJWAŻNIEJSZE:
• Dodane LDS2 (Local Data Storage v.2), który opiera się na SQLite3, posiada nowe funkcje i lepszą wydajność. Realizowane również ładowarka Dane LDS2 używać LDS2 z Object Manager.
• XmlWrapp -To wygodna obsługa XML API jest już prawie skończone (a nawet polerowane).
• Wdrożone tunelowania i autoryzację połączeń HTTP i tuneli bezpiecznych gniazd, poprzez serwery proxy HTTP.
• CFormatGuess teraz umożliwia rozróżnienie między GTF, GFF3 i GFF2. To prawdopodobnie łamiąc zmiany. Więcej szczegółów znajduje się poniżej.
• Realizowane główne części CFeatTree klasa zorganizować cechy określone w sekwencji biologicznych w hierarchii, która odzwierciedla ich relacji rodzic-dziecko (na podstawie podtypów fabularnych).
• CORELIB:
• Wdrożone locale-niezależna konwersja ciąg podwoić iz powrotem; Zmienione biblioteki rdzeń z niego korzystać.
• NStr :: Justify () - do formatowania akapitów tekstu,
.
• CNcbiApplication - aby FindProgramExecutablePath statyczne, bardziej wytrzymałe; dodać statyczną metodę GetAppName wyższym poziomie. Poszukaj globalnych plików konfiguracyjnych w kilku przypadkach.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Nowa metoda wystawiania logikę określającą który plik (jeśli w ogóle), aby załadować
• CEnvironmentCleaner -. Nowa klasa odrzucić niechciane zmiennych środowiskowych,
• CFileIO - powrót do pierwotnego zachowania:. Nie zamykać uchwyt pliku, jeśli jest przypisane przez SetFileHandle ()
• SERIAL:
• serializacji obiektów danych AnyContent - stałe rozpoznać i prawidłowo proces przypisuje się ich wartości,
.
• Poprawiono odczyt danych XML przypisać do wartości domyślnej elementu, gdy nie ma treści.
• Dodano wsparcie dla sekwencji elementów, gdzie element ma wartość domyślną.
• DATATOOL:
• Poprawiono generowanie kodu z:
• Obiekty danych wyboru;
• binarne typy danych z atrybutami.
• Poprawiono konwersji wartości typu double, aby zachować więcej cyfr znaczących.
• CONNECT:
• Opcja Dodano Gniazdo keepalive (fSOCK_KeepAlive).
• Test łącza Dodane NCBI (CConnTest).
• utilites:
• g_FindDataFile. - Nowa funkcja lokalizowania plików danych (konfigurowalne) w standardowych miejscach,
• CChecksumStreamWriter. - Nowa klasa, aby obliczyć sumę kontrolną danych zapisywanych do strumienia
• g_GZip_ScanForChunks () - nowe API do kwerendy skompresowanych pozycji strumieniowych. Dodano realizację uzyskania pozycji do oddzielnych plików wewnątrz gzip-połączonego pliku gzip.
• manipulatory strumień Dodano kompresji / dekompresji (include / util / kompresji / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} pp) zaktualizowana, prawdopodobnie łamiąc zmian. Celem jest umożliwienie CFormatGuess odróżnić GTF, GFF3 i GFF2. Obecnie zbija wszystkich tych formatów w jednym wartości "eGtf". Wartość starego 'eGtf "(3) jest zastąpiona" eGtf_POISONED "i nie będą zwracane ponownie. Nowa wartość "eGtf" (21) oznacza plik, który należy odczytać z CGtfReader (objtools / czytelników / gtf_reader.hpp). Nowa wartość "eGff3" (22) jest dla plików przeznaczony do czytania z CGff3Reader (objtools / czytniki / gff3_reader.hpp), i "eGff2" (24) jest dla plików przeznaczony do czytania z CGff2Reader (include / objtools / czytelników /gff2_reader.hpp)
• BIO-OBIEKTY:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Nowa metoda, aby pomóc sekwencje miejsce importowane z plików FASTA z przeznaczeniem zasięgu w więcej kontekście; owinięte CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (również nowych).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Wdrożenie lub poprawić uznanie więcej przedrostków (GA, HH, Hawaje, HO-HU, JA-JO, EAAA-EZZZ, i IAA-Izz, z których niektóre odpowiadają nowej możliwości DDBJ TPA danych WGS) i mieszane-w TPA przystąpienia białka (głównie z EMBL, ale niektóre z GEnBank też).
• Należy rozróżnić WGS mistrzowskie akcesyjne nowym flagi bit. Relax nad-ścisłe PDB logiki rozpoznawania.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Nowe funkcje do pracy z identyfikatorami sekwencji zwykły tekst, brane z CFastaReader i uogólnione nieco
• SSeqIdRange - Nowy typ (wraz z parsera i on-the-fly & quot; iterator & quot;) do pracy z zakresów SEQ ID, jak obecne w niektórych modyfikatorów źródłowych FASTA defline
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - Opcjonalnie zaakceptować własne tytuły dla pojedynczych sekwencji. Tag ujemnej nici zakresy z czołowych "c-tych.

.
• CFastaReader - Wsparcie ujemnej nici zakresów i składni luki kompaktowe defline stylu cekiny na (? & Quot; & gt; N & quot; gdzie N jest liczbą lub & quot; & gt; unk100 & quot;)
• COBALT:
• opcja dodania wiersza polecenia -num_domain_hits że ograniczyć liczbę zachowanych domen na sekwencji stosowanych w obliczaniu ograniczeń wyrównania.
• Drzewa filogenetyczne:
• Dodano interfejs wyższy poziom obliczania drzewa filogenetycznego z porównania sekwencji (np BLAST i wyników kobalt). Klasa CPhyTreeCalc oblicza drzewa filogenetycznego i CPhyTreeFormater drukuje drzewo w formacie Newick i Nexus.

BIBLIOTEKI
• Bio-obiekt:
• Wprowadzone CheckNumRows () i inne metody nielicznych trasowania.
• Aby zmniejszyć zużycie pamięci: haki dodaje odczytane w celu zmniejszenia pamięci używane przez linie trasowania po deserializacji; Na nici używa teraz jeden bajt pamięci, gdzie to możliwe; Score.value wybór jest teraz wbudowany w CScore.
• Zainwestuj przystąpienie w CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-PRZEDMIOT MANAGER:
• Dodane getterów dla logicznych pól w CTableFieldHandle.
• Dodane GetBestGeneForFeat () na podstawie CFeatTree.
• Wdrożone GetBestOverlappingFeat () na CFeatTree.
• Dodane szybko Cscope :: GetTaxid ().
• Wdrożone załadunku luzem na acc / ver, gi, etykiet i taxid.
• Dodane luki zerowej długości sprawdzić CSeqMap i CSeqVector.
• Wdrożone GetLength () i GetCoverage () dla lokalizacji obligacji.
• Usprawnienia:
• Dodane metody pomocnika do wypełnienia CFeatTree na miejscu.
• Sped mapowania prostych lokalizacjach CSeq_loc_mix w CFeat_CI.
• Ostrzejsze sortowanie funkcji w celu uniknięcia niejasności CFeat_CI.
• pozyskiwaniu CSeq_feat_Handle teraz pracują z SEQ-tabeli dysponuje też.
• Funkcje seq-table teraz obsługuje pola użytkowników wielopoziomowych.
• Nie seq-feat SEQ-tabele są obecnie uznawane, nawet jeśli znajduje się w podzielonym fragmentu.
• przyspieszyło CBioseq_Handle :: AddId ().
• Zoptymalizowane Cscope :: AttachXxx ().
• Podział Wsparcie nazwie adnotacji.
• CSeqVector i CSeqVector_CI za CanGetRange () zwracają się fałszywe, zamiast wyrzucania wyjątku.
• Pozwól, aby określić, jak radzić sobie z istniejącymi uchwyty w ResetHistory ().
• Zoptymalizowane ponowne rodzicielstwo, jeśli więcej funkcji zostały dodane do CFeatTree.
• Dodano możliwość debugowania Cscope tworzenie / usuwanie.
• Wiele zmian w C ++ funkcje oczyszczania naśladowania funkcji oczyszczania, który już istnieje w C. Nie jest jeszcze do zrobienia w BasicCleanup, ale znaczący postęp. Mała prace zostały wykonane przez ExtendedCleanup razie.
• CSeq_loc_Mapper mogą być inicjowane z GC-Zgromadzenia.
• Poprawki błędów:
• Naprawiono mapowanie miejsc mix na minus nici w CFeat_CI.
• Wiele poprawek w sposób CFeatTree łączy funkcje.
• Kilka poprawek wątku bezpieczeństwa.
• Poprawiono literówki zapobiegania dodanie Wyrównuje i wykresy, CSeq_annot_EditHandle.
• ochronna przed wyjątków przy sortowaniu funkcje CFeat_CI.
• ŁADOWARKA GENBANK DANE:
• Zarejestrowany HPRD zewnętrzne adnotacje.
• Dodano opcjonalną param exclude_wgs_master czytniki pubseqos / pubseqos2.
• Wdrożone załadunku luzem na acc / ver, gi, etykiet i taxid.
• Dodane CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Wzrost:
• Wykorzystanie masowych wnioski załadunkowe w Cscope :: GetBioseqHandles ().
• Oddzielne statystyki czytników według rodzaju załadowanych plamy.
• Dodano znacznik czasu do informacji diagnostycznych GenBanku.
• Użyj IConnValidator do otwierania połączeń PubSeqOS.
• Dodane wersji split fragmentach i na prośby fragmentach w GenBank podklucze pamięci podręcznej, aby uniknąć używania niewłaściwych kawałki, gdy stan blob podział zmienia się w ID.
• Dodane wtórne mniej mylące nazwy param otwartego limitu czasu.
• Nie należy pomnożyć przez liczbę prób liczby połączeń.
• TEST PRZEDMIOT MANAGER I DEMO WNIOSKI:
• id2_fetch_simple - dodaje -id opcje. Dla dowolnych SEK NR ID: tych,
• test_bulkinfo. - Nowa aplikacja Test
• FASTA:
• funkcjonalność tabeli funkcja C ++ jest bardziej funkcjonalne, takie jak dla części projektu BankIt.
• asn2flat narzędzia
• Duża liczba zmian Flatfile formatyzatorze przynieść mu znacznie bliżej stanu zwolnić-ready (ewentualnie zwolnić gotowe w tym momencie, choć niektóre kwestie pozostają stosunkowo niewielkie).
• XMLWRAPP:
• Poprawiono usterki segmentacji w przypadku podjęcia odniesienie do wyrażenie XPath działa wyników.
• Dodane pomocników, aby uzyskać identyfikator systemu publicznego, identyfikator i nazwę DTD dla zewnętrznych i wewnętrznych podgrupach.
• Dodano metody do wyszukiwania atrybuty węzłów.
• Poprawiono wykonanie wyrażenia XPath:. Teraz rozpoczyna się od danego węzła
• Poprawiono wyszukiwanie atrybuty (w tym domyślnie), gdy przestrzeń nazw jest.
• Dodano możliwość uruchomienia bez konieczności wyrażenia XPath do zarejestrowania nazw, wyraźnie.
• Dodano możliwość zapewnienia pojemników do zbierania błędów i ostrzeżeń podczas analizowania dokumentów.
• Dodano możliwość zmiany wartości domyślnych i przestrzenie nazw z atrybutów węzła.
• Dodano możliwość sprawdzenia, czy atrybut jest domyślne.
• Dodano możliwość wstawiania lub usuwania atrybutów, biorąc pod uwagę ich przestrzenie nazw.
• Dodano możliwość rozebrać deklarację XML, gdy dokument jest zapisywany.
• WindowMasker:
• Dodano nowy format wejściowy, & quot; & quot ;; seqids z tego formatu wejściowego, wejście jest plikiem zawierającym identyfikator sekwencji w każdej linii, a algorytm wykorzystuje Menedżera Bio-Object zajrzeć do sekwencji.
• Dodano nową klasę CWinMaskConfig, do przechowywania wszystkich parametrów konfiguracyjnych WindowMasker. Klasa może być używany, aby dodać potrzebne argumenty wiersza polecenia do CArgDescriptions, a następnie uzyskać parametry konfiguracyjne z argumentów wiersza poleceń.
• BUILD RAM (UNIX):
• Interpretowanie specyfikacji wiersza poleceń APP_PROJ lub LIB_PROJ jako sygnał zniknie z innych * ustawienia _PROJ również nie przewidziane tam. (Wymaga GNU Dodać;. Buduje z Sun sprawiają nadal działać jak wcześniej),
• Zasilanie więcej celów w podkatalogów:. * _F (Z wykorzystaniem lokalnych płaskie Makefile produkowane na żądanie, ignorując zależności od innych części drzewa), * _fd (owijanie najwyższym poziomie Makefile.flat), clean_sources i purge_sources
• Konfiguracja i jego skrypty convenience (kompilatory / Unix / * sh.):
• Na uwagę zasługuje nowa flaga --without-3psw -. Nie używać z dowolnym oprogramowaniem 3rd party
• Dodane czek na GLEW.
• Ulepszone sprawdza Boost i OpenGL.
• Pomoc określenie ścieżki uruchomić na Darwin (Mac) systemów z nowoczesnymi toolchains.
• BLAST:
• Na Darwin (Mac OS X), budować tylko dla procesorów Intel nawet w inny sposób uniwersalny buduje powodu ograniczeń PowerPC toolchain.
• Dodano wsparcie dla pobierania identyfikatorów taksonomii NCBI, dla których wsparcie WindowMasker jest dostępny.
• Możliwość specyfikację sekwencją wraz z wielu plików wyrównania sekwencji w psiblast.
• Dodane bazie ciężko maskowania wsparcie.
• Dodane maskowania miękkich baza tłumaczonych wyszukiwania.
• Dodano wsparcie dla btop (operacje) i BLAST Traceback zapytania i długość przedmiotu w raporcie tabeli.
• aplikacji wiersza polecenia - pozwalają psiblast szukać wielu zapytań, dodany opcjonalny -input_type dla makeblastdb
• Pozwala na wykorzystanie najlepszych przeboju i XML w trybie blast2sequences.
• Ulepszone formatowanie wydajność do zdalnego wyszukiwania.
• makembindex mogą teraz budować zamaskowanego indeks MegaBLAST bezpośrednio z bazy danych BLAST nukleotydów z wykorzystaniem maskowania informacji przechowywanych w bazie danych BLAST. Cel ten realizowany jest poprzez nową opcję wiersza poleceń -db_mask do makembindex. Opcja akceptuje identyfikator całkowitą algorytmu filtrowania obsługiwany przez bazy danych BLAST. Opcja ta może być stosowana tylko w połączeniu z -iformat blastdb.
• Aby pomóc użytkownikowi w ustaleniu numeryczne identyfikatory algorytmów filtrowania obsługiwanych przez bazę danych BLAST, że -show_filters flag wprowadza. Stosowanie flagi z -iformat blastdb i bazy danych BLAST jako wejście powoduje makembindex do wyjścia listę dostępnych algorytmów filtrowania i wyjścia.
• APLIKACJE NetCache:
• NetCache jest przerobione zawierać następujące elementy:
• lepsze zarządzanie miejsca na dysku;
• Blokada mniej pracy z plamy, wersji jest używany zamiast;
• słuchanie wielu portów i ustawień na-klienta różnicowania.
• NetCache i ICACHE API:
• Użyj Uint8 wszędzie wielkości kropelka.
• Możliwość częściowego pobierania blob.
• Wprowadzono zabezpieczenie hasłem blob; Puste hasła są traktowane jako bez hasła.
• API węzłów robotnicza:
• Nowy parametr kończące węzeł pracownika, jeżeli jego zużycie pamięci przekroczy określony limit (parametr & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• Nowy parametr kończące węzeł pracownika, jeśli jego czas pracy przekroczy określony limit (parametr & quot; total_time_limit & quot;)
.
• Aplikacje GRID:
• netscheduled
• Naprawiono błąd, który powodował, że nie ma odpowiedzi na polecenia usunięcia kolejki.
• remote_app
• Nowy parametr konfiguracyjny (& quot; tmp_dir & quot;). Kontrolować, jak nazwa katalogu tymczasowego generowany jest - w celu zmniejszenia jego długość
• Zaloguj błąd zapisu blob.
• netcache_control
• Możliwość częściowego pobierania blob.
• Nowe polecenie -remove usunąć plamy przez ich identyfikatory.
• Nowy parametr -auth określić uwierzytelniania ciąg korzystać.
• Nowe polecenia -reconf i -reinit do wykorzystania przez administratorów NetCache.
• netschedule_control
• Aktywny tryb zgodności do pracy z dużymi węzłami netschedule_control pracownika.
• cgi2rcgi.cgi
• Nie należy utworzyć pusty NetCache blob jako miejsce dla wiadomości postępu.
• błędy Zaloguj siatki, które są zgłaszane do użytkownika.
• Możliwość spacji parametru ID pracy.
• Wyjście Wsparcie informacji o stanie pracy w formacie JSON.
• Zezwalaj na niestandardowe szablony HTML, który zostanie określony za błędy GRID i innych wydarzeniach.
• Dodane no-cache nagłówków HTTP, aby uniknąć buforowanie wyników pośrednich.
• ncfetch.cgi
• Nowy parametr, aby uzyskać dostęp do chronionych hasłem plamy.
• Interpretowanie dodatkowy parametr & quot; pliku & quot; jako nazwy pliku pobranego pliku.

Co nowego w wersji 31 ​​grudnia 2008:

• W tej wersji dodano metodę obliczyć specyficzne kolumny pseudocounts w PSI-BLAST.
• refactors bibliotekę usług siatki.
• Dodaje ramy testów jednostkowych i rejestrowanie błędów dla wszystkich klas API pliku.
• Ustala Pthread wsparcia na IRIX. Poprawia obsługę serializacji XML.
• Ustala wsparcie dla Sybase.
• dodaje wsparcie dla mniejszych tabel wyszukiwania dla małych zapytaniami.
• Dodaje API do pobierania statystyk załadunek GenBank.
• Ma różne inne udoskonalenia, speedups i poprawki błędów.