mpiBLAST jest MPI oparty równoległe wdrożenie NCBI BLAST. Projekt składa się z dwóch programów, które zastępują formatdb i blastall z wersjami, które realizują zadania BLAST równolegle na klastrze komputerów z zainstalowanymi MPI. Istnieją dwie podstawowe zalety stosowania mpiBLAST kontra tradycyjne BLAST.
Po pierwsze, mpiBLAST dzieli bazę danych w całej każdego węzła w klastrze. Ponieważ każdego węzła segmentu z bazy danych jest mniejszy może to zwykle znajdują się w buforze-cache, uzyskując znaczne przyspieszenie ze względu na eliminację disk I / O. Po drugie, pozwala użytkownikom BLAST, aby skorzystać z wydajnych, tanich klastry Beowulf, ponieważ wymagania komunikacyjne międzyprocesorową są niskie.
mpiBLAST osiąga przyspieszenie super-liniowy w sytuacjach, gdy baza danych jest zbyt duży, aby zmieścić się w pamięci RAM, w pobliżu liniowego SpeedUp w innych sytuacjach. Nie wymaga dedykowanego klastra.
Wymagania:
Komentarze nie znaleziono