MacMolPlt

MacMolPlt jest narzędzie do wizualizacji Chemistry, które mogą być używane do tworzenia cząsteczek ze zintegrowanym graficznego wzoru wypełniacza utworzyć pliki wejściowe dla programu obliczeniowego GAMESS chemii, a następnie wizualizacji wyników obliczeniowych przebiegów chemii. Funkcje obejmują wysokiej jakości obraz 3D, animacji normalnych trybach i sekwencji reakcji i wyjścia do różnych formatów, w tym wysokiej jakości zdjęć i filmów QuickTime i Flash.

• Wejście za pomocą:
• format pliku MolPlt wycięte przez GAMESS
• wklejając w kartezjańskim układzie współrzędnych z dowolnego GAMESS lub Gaussa log file
• dowolny wejściowy GAMESS, zaloguj lub plik IRC
• Xmol plik stylu XYZ
• Pliki w formacie Molden
• Protein Data Bank (PDB ) plik
• Chemical Markup Language (CML) plików
• Zbuduj graficznie z interaktywnym cząsteczki edytor
• Zbuduj ręcznie za pomocą współrzędnych kartezjańskich lub wewnętrznych Z-Matrix w stylu
• Wyświetlacz 3D struktury i trybu Normal
• Animation trybach Normal.
• Obrót 3D w czasie rzeczywistym, a tłumaczenie pod kontrolą myszy
• Obliczanie dowolnego parametru Z-macierzy
• Wizualnie wyświetlania odległości środka /, kątowniki i dwuścianami.
• Automatyczne tworzenie Linear Motion (najsłabiej LLM) ścieżek
• 2D i 3D, obliczenia i wyświetlanie:
• orbitale molekularne (Ao, MO, albo CMRP męska)
• Razem Electron gęstości
• różnice gęstości
• cząsteczkowa Potencjały elektrostatyczne (MEPMaps)
• Podstawowe Generator plik wejściowy dla GAMESS
• OpenGL wykorzystywany do wysokiej jakości renderingu 3D
• Wsparcie dla symetrii molekularnej
• Generowanie symetrii węgla zależne
• Określ symetrii unikalne atomów
• Automatyczne określić listę obsługiwanych grup punktów za pomocą współrzędnych.
• koordynuje Obrót do właściwej orientacji zasady
• Operatorzy Wyświetlacz symetrii dla wielu grup punktów
• Wyjście jakość publikacji (kolorowe lub czarno-białe), poprzez druk bezpośredni lub skopiować i wkleić do innej aplikacji.
• Wyjście w różnych formach, w tym Windows bitmapy, JPEG, PNG, CML, XMol XYZ, MDL molfile, POV-Ray, Flash Filmy i filmy QuickTime.

Co nowego w tym wydaniu:

Kilka ulepszeń zostały wykonane do kodu wyświetlacza. Opcje zostały dodane do okienka 3D z prefernces płynne cieniowanie z lub bez cieni.
Dodano szczątkową obsługę plików Mopac.
Opcję, aby przełączyć widoczność ab initio, MM, i atomów EFP dodał.
Ulepszona obsługa model Core potencjałów.
Dodano hak w budowniczego wejścia do nowego programu GAMESSQ.
Poprawiono WPB plików parsera.