CaPSID

kapsydu jest kompleksowa platforma open source, która łączy o wysokiej wydajności obliczeniowej rurociągu do identyfikacji sekwencji patogenu & nbsp; i charakterystyka w ludzkich genomów i transkryptomów wraz z skalowalnej bazy danych wyników oraz aplikacji internetowej dla użytkownika do zarządzania, odpytywanie i wizualizacji wyników.
Pierwsze kroki
Musisz bazy danych MongoDB, Python 2.6+ instalację i Apache Tomcat 6+. Aby uzyskać więcej informacji, zapoznaj się z wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What jest nowy w tym wydaniu:

• Poprawki Komunikat o błędzie podczas uruchamiania odejmowanie i wyrównanie nie zostanie znaleziony,
• Więcej pracy w sprawie ustalenia długo działające kwerendy

Co nowego w wersji 1.4.2:

• Usuwa MongoKit zależność

Co nowego w wersji 1.4.1:

• Poprawki Timeout kursor na długie statystyki biegania zapytań

Co nowego w wersji 1.4.0:

• statystyka Dodaje, podczas gdy są one prowadzone, a nie wszystkie Na koniec
• Zapisuje unikalny identyfikator dla genów jak uid

Co nowego w wersji 1.2.7:

• Poprawki README

Co nowego w wersji 1.2.6:

• Odejmowanie filtruje usuwane, gdy budynek odwzorowane czyta

Co nowego w wersji 1.2:

• Narzędzie do tworzenia plików FastQ z nieodwzorowaną czyta
• Narzędzie do powrotu przecięcie plików FastQ
• Narzędzie do powrotu plików filtr FastQ
• Dodane mapq próg flagi do odejmowania
• Gbloader może teraz załadować bakterie i genomy grzybowe,
• Zapisuje sekwencje genomu do bazy danych za pomocą GridFS
• Zmniejszone zużycie pamięci podczas obliczania statystyk
• w ruchu podprocesów zamiast os.system
• wyniki mapq filtr musi zawierać 0

Co nowego w wersji 1.1:

• Dodaje wsparcie dla pary koniec czyta

Co nowego w wersji 1.0.1:

• Dodano wsparcie dla uwierzytelniania MongoDB,

Wymagania :

• Python