BioRuby

BioRuby zapewnia zintegrowane środowisko do nauki biologii Bioinformatyki (Informacje).
Zorientowany język skryptowy obiekt Ruby ma wiele cech właściwych dla badań bioinformatyka, na przykład, jasne składni wyrażania skomplikowanych obiektów, obsługę wyrażeń regularnych do tekstu tak potężny jak Perl & rsquo; s, szeroki wybór bibliotek, w tym usługi internetowej itp
W składni Ruby jest proste i bardzo czyste, jesteśmy przekonani, że jest łatwy do nauki dla początkujących, łatwy w użyciu dla biologów, a także wystarczająco silny dla twórców oprogramowania.
W BioRuby, deweloper może pobierać biologiczne wpisów bazy danych z plików płaskich, internetowych serwerów internetowych i lokalnych relacyjnych baz danych.
Te wpisy bazy danych mogą być przetwarzane wydobyć potrzebne informacje. Sekwencje biologiczne mogą być traktowane z wypełnieniem metod Ruby & rsquo; s klasa String i wyrażeń regularnych.
Biblioteka może być zintegrowany z narzędzi, takich jak Blast, FASTA HMMER i wiele innych pakietów oprogramowania do analiz biologicznych.
 BioRuby obsługuje najważniejsze formaty baz danych biologicznych i oferuje wiele sposobów dostępu do nich poprzez indeksowanie Flatfile, SQL, usług internetowych itp Różne usługi sieciowe, w tym KEGG API mogą być łatwo wykorzystane przez BioRuby.

Cechy :

• BioRuby powłoki
• API
• Dokumentacja

Wymagania :

• Ruby 1.8.7 lub wyższej,