BioJava

To zapewnia procedur analitycznych i statystycznych, analizatorów składni dla popularnych formatów plików i umożliwia manipulowanie sekwencji i struktur 3D.

BioJava jest narzędziem do odkrywania możliwości Java w świecie bioinformatyka

Co nowego w tym wydaniu:.

• Zgodnie rejestrowanie błędów. SLF4J jest używane do logowania i zapewnia adaptery do wszystkich większych wdrożeń logowania.
• Ulepszona obsługa wyjątków.
• Usunięto przestarzałe metody.
• rozszerzony samouczek BioJava.
• Zaktualizowane zależności przypadkach.
• Dostępne na Maven Central.

Co nowego w wersji 4.0.0:

• Spójne rejestrowania błędów. SLF4J jest używane do logowania i zapewnia adaptery do wszystkich większych wdrożeń logowania.
• Ulepszona obsługa wyjątków.
• Usunięto przestarzałe metody.
• rozszerzony samouczek BioJava.
• Zaktualizowane zależności przypadkach.
• Dostępne na Maven Central.

Co nowego w wersji 3.1.0:

• Nowe funkcje:
• Wersja 1.4 CE-CP, z dodatkowymi parametrami
• Aktualizacja do zakresu 2.04
• Poprawa FASTQ analizowania
• Napraw błędy w WPB analizowania
• Drobne poprawki w trasowania konstrukcji

Co nowego w wersji 3.0.8:

• Nowy
• Genbanku pisarz,
• parser dla pliku kariotyp z UCSC
• parser dla lokalizacji genu z UCSC
• Parser nazw genów plik z genenames.org
• Moduł do kodu regresji Coxa analizy przeżycia
• Obliczanie dostępnej powierzchni (ASA),
• Moduł do parsowania plików .OBO (ontologii)
• Ulepszona:
• Przedstawicielstwo SCOP i Berkeley SCOP klasyfikacji

Co nowego w wersji 3.0.7:

• Dodane podstawowy parser GENBANK
.
• Naprawiono problem podczas tłumaczenia kodony z N.
• Teraz można wywnioskować obligacji struktur białkowych.
• Dodano wsparcie dla analizowania zapisów mmcif dla organizmu i systemu ekspresji.
• Wiele małych poprawek i ulepszeń.

Co nowego w wersji 3.0.6:

• Rozwój przeniesiona do GitHub na: https: // github.com/biojava/biojava

Co nowego w wersji 3.0.5:.

• Nowy parser klasyfikacji Cath
• Nowy parser dla formatu pliku w Sztokholmie.
• Znacznie poprawiła reprezentacja zespołów biologicznych struktur białkowych. Teraz można ponownie utworzyć zespół biologicznej z jednostki asymetrycznej.
• Kilka poprawek błędów.

Co nowego w wersji 3.0.4:

• Jest to głównie problem wydanie poprawka rozwiązywania problemów w moduły struktury i zaburzenia białkowe.
• Jedną z nowości:. Dane SCOP można teraz albo dostępne z oryginalnej witryny SCOP w Wielkiej Brytanii lub w wersji Berkeley

Co nowego w wersji 3.0.3:

• Znaczne ulepszenia w module usług internetowych (NCBI BLAST i usługi HMMER internetowych).
• & quot; nowej & quot; parser fastq (przeniesione z serii biojava 1 do wersji 3).
• Wsparcie dla sifts-PDB do mapowania UniProt.
• Moduł Protmod zmieniona na modfinder.

Co nowego w wersji 3.0.2:

• struktura białka: Ulepszona obsługa domen białkowych: Teraz obsługuje SCOP. Nowa funkcjonalność do automatycznego prognozowania domen białkowych, opartych na białku domeny Parser.
• Drobne poprawki i poprawki w kilku innych modułów.
• biojava3-aa-prop: Nowy moduł pozwala na obliczenie fizyko chemicznych i innych właściwości sekwencji białkowych,
.
• biojava3 zaburzenia białkiem: nowy moduł do przewidywania regionów nieuporządkowanych w białkach. Opiera się ona na realizacji Java predyktora Ronn.

Co nowego w wersji 3.0.1:

• Wydanie 3.0.1 to przede wszystkim poprawki błędów zwolnić za niedawne 3.0 Wydany który dostarczył główną przepisanie kodu bazowego biojava.

Wymagania :

• Java 1.6 lub wyższy,