Podstawowe narzędzie Local Alignment Szukaj w krótkim BLAST jest zestaw podobieństwa programów wyszukiwania przeznaczonych do zbadania wszystkich dostępnych sekwencji baz danych niezależnie od tego, czy zapytanie jest białka lub DNA.
Wykorzystuje algorytm heurystyczny, który stara lokalnych w przeciwieństwie do globalnych linii trasowania, a zatem jest w stanie wykryć relacje między sekwencjami akcji jedynie pojedyncze regiony podobieństwa.
Może być przeprowadzone zarówno w pełnym wykonywalnego, a mogą być wykorzystane do wyszukiwań BLAST przed prywatnych lokalnej bazy danych, lub pobrane kopii baz NCBI. To działa na Mac OS, Win32, Linux, Solaris, IBM AIX, SGI, Compaq OSF i HP-UX systemów
Co nowego w tym wydaniu:.
- Usprawnienia:
- Ulepszona dokumentacja zawiera uproszczone, edytorów dostępnych w http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
- Dodano wsparcie dla twardego maskowania baz danych BLAST.
- Poprawa wydajności makeblastdb dla wejścia FASTA z dużej liczby sekwencji, poprawy kontroli błędów.
- Zezwalaj na opcje Najlepsze Hit i XML formatowanie w trybie Blast2Sequences
- Zezwalaj na wiele sekwencji zapytań dla psiblast.
- Możliwość specyfikację wielokrotnych sekwencji wyrównania sekwencji jako master z argumentem -in_msa psiblast.
- Dodaj opcjonalny argument -input_type do makeblastdb.
- Dodano wsparcie dla zapytania i długości przedmiotu do wyjścia tabelarycznej.
- Wydajność -seqidlist argumentu poprawie.
- minimum liczby opisów i wyrównań jest obecnie wykorzystywane do tabelarycznej i wyjścia XML (zgodny z zachowania starszych aplikacji blastall).
- Poprawki błędów:
- Makeblastdb i blastdbcmd problemy z analizowania, przechowywania i pobieranie identyfikatory sekwencji.
- Brakujące identyfikatory podlegające w wyjściu tabelarycznej.
- Blast_formatter ignorowanie -num_alignments i -num_descriptions
- Format archiwum Blast można zapisać nieprawidłowo z wieloma zapytaniami.
- Blast_formatter ustanowił niepotrzebne połączenia sieciowego.
- Blast_formatter nie zapisać maskowania informacji prawidłowo.
- Rpstblastn może upaść, jeśli szukają wielu sekwencji.
- indeksowane Megablast nie będzie działać w trybie wielowątkowym.
- Tytuł Zapytanie w PSSM zapisanego przez psiblast nie było przechowywane.
- Możliwa awaria uruchomić w trybie wielowątkowym z wieloma zapytaniami lub duże bazy danych sekwencji.
- TBLASTN działa z maskowania bazy danych może przegapić mecze.
- przycinany wyjścia do wprowadzania sekwencji z dodatkowych miejsc w defline
- Problem z MacOSX plików binarnych na MacOSX 10.5
Co nowego w wersji 2.2.24:
- Wprowadza BLAST formatu Archiwum, aby umożliwić formatowanie z postoju sam BLAST wyszukiwania z blast_formatter.
- dodaje wsparcie dla przetłumaczonego zastrzeżeniem miękkiej maskowania w bazach danych BLAST.
- dodaje wsparcie dla operacji (btop) formatu wyjściowego BLAST prześledzenie wstecz.
- dodaje opcje wiersza poleceń do blastdbcmd w wykazie dostępnych baz danych BLAST.
- Zwiększona wydajność formatowania zdalnego wyszukiwania BLAST. Wykorzystuje spójny kod wyjścia bo z warunkami pamięci.
- poprawka dla błędu w indeksowanej MegaBLAST z wielu baz danych BLAST oddzielonych spacjami.
Co jest nowe w wersji 2.2.19:
- zmienna BLASTDB obsługuje wiele ścieżek wyszukiwania w bazie , Jeśli to możliwe, mniejsze tabeli odnośników białko jest wykorzystywane w celu zwiększenia wydajności.
- formatrpsdb obsługuje tworzenie baz danych większe niż 2G.
- seedtop obsługuje wyszukiwania z list gi.
- wartość X3 BLASTN / Megablast został rozwiązany.
Komentarze nie znaleziono