PathVisio

PathVisio jest open source i całkowicie darmowy program graficzny zaimplementowany w języku programowania Java i zaprojektowane od podstaw, aby być używane do wyświetlania, analizowania i edycji ścieżek biologicznych pod operacyjnego GNU / Linux system.Can być użyty do rysowania ścieżek , odwołuje biologiczna oprogramowania entitiesThe pozwala użytkownikom rysować ścieżek, łączyć jednostki biologiczne (białka lub genów) do danych biologicznych, przy użyciu identyfikatorów baz danych, edycję ścieżek, a także do analizy ścieżek. Z PathVisio będzie również w stanie odwzorowywać dane eksperymentalne, takie jak dane z mikromacierzy i wizualizację na szczycie istniejącego rysunku szlaku.
Ponadto, będzie można wybrać bazy danych genów, wybierz bazę danych metaboliczne, przeglądać statystyki, dane wyrażenie importu, wybierz zestawu danych wyraz, ścieżek wyszukiwania, widok legendy, manipulowanie obiektami, projekty importu, jak również do instalacji i zarządzania wtyczek, które można dodać dodatkowe funkcje do app.Requires żaden wniosek installationThe mogą być wykorzystywane bez jego instalacji w systemie operacyjnym GNU / Linux. Wszystko co musisz zrobić, to pobrać pakiet binarny z Softoware, zapisać archiwum w wybranej lokalizacji, rozpakuj go za pomocą narzędzia Menedżer archiwum, otwórz wyodrębnione katalog i kliknij dwukrotnie na pathvisio.jar file.Under w hoodWhile biorąc okiem pod maską oprogramowania PathVisio, my & rsquo; zauważyłam, że aplikacja jest w całości napisany w języku programowania Java, i że jego graficzny interfejs użytkownika został zaprojektowany z najnowszych technologii Java Swing. My & rsquo; ve powodzeniem przetestowany aplikacji na komputerach wspierających jeden z 32 lub 64-bitowych procesorów w każdym architectures.Runs OS, gdzie Java supportedBeing napisanych w języku Java, PathVisio może być uznana aplikacji niezależnych od platformy, która obsługuje GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris i każdy inny system operacyjny, gdzie obsługiwane są najnowsze technologie Java

Co nowego w tym wydaniu:.

• 31 stycznia 2014: Bug wersji poprawki,
• warunki GeneOntology zostały usunięte z wyników wyszukiwania adnotacji
• DataNodes muszą być opatrzone ID i Datasource albo nic (zapisywanie danych z węzłów tylko ID lub źródła danych nie może już)

Co nowego w wersji 3.1.2:

• Duże błąd w module importu plików stałe: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Co nowego w wersji 2.0.11:

• Automatyczne zapisywanie
• Powiększ pomocą kółko przewijania
• Wybór linii jest łatwiejsze: nie jest już konieczne, aby kliknąć na dokładnym pikseli
• Teraz z dwóch metod nadreprezentacji analizy; jedna droga i jeden zorientowanych zorientowanych danych

Co nowego w wersji 2.0.10:

• Nowy sposób na rysunku prostokąty zaokrąglone, aby uniknąć efektu rozciągania
• Różne drobne poprawki,

Co nowego w wersji 2.0.9:

• Nowy typ złącza dla złącza dowolnej długości i arbitralne kąty
• nowej & quot; składnikiem komórkowym & quot; Nieruchomość do przechowywania znaczenia biologicznego przedziału
• nowej & quot; double & quot; typ linii (szczególnie przydatne dla podwójnie membraned organelli)
• aktywnymi odnośnikami w ścieżkach,
• patrz etap: & quot; milestone_27 & quot; Pełną listę poprawki błędów,

Co nowego w wersji 2.0.8:

• Lepsze kształty dla składników komórkowych,
• Kilka ulepszeń użyteczności, takie jak kopiuj / wklej w menu kontekstowym,
• patrz etap: & quot; milestone_26 & quot; Pełną listę poprawki błędów,

Co nowego w wersji 2.0.7:

• ikony paska narzędzi i nowy panel boczny, aby ułatwić aby wybrać typy strzałek i kształtów (dzięki liubing)
• bazy danych Ścieżka spacerowa są włączone jako źródła danych, dzięki czemu można dodawać linki z jednej ścieżki do innego
• BioPAX konwerter został poprawiony i produkuje więcej ważnych dokumentów BioPAX.
• nowy typ złącza, gdzie poszczególne punkty można manipulować (dzięki leonth)
• Ilość źródeł danych została zwiększona do ponad 180
• patrz etap: & quot; milestone_25 & quot; Pełną listę poprawki błędów,

Co nowego w wersji 2.0.6:

• liczba łączników na kształt może być zwiększona z domyślnych 12.
• legenda wizualizacji danych mogą być pokazane na obrazie szlaku. Poprzednio była widoczna tylko w ściance.
• patrz etap: & quot; milestone_24 & quot; Pełną listę poprawki błędów,

Co nowego w wersji 2.0.4:

• poprawić formatowanie tekstu w kształtach, etykiet i datanodes
• wiele więcej kształty datanodes
• współrzędne proste pikseli
• ustawić kolor tła na datanodes

Co nowego w wersji 2.0.3:

• Najbardziej godne uwagi w tej wersji jest nowy schemat XML dla formatu ścieżki GPML (wersja 2010a). Nowy format ścieżki pozwoli wiele nowych możliwości graficzne przyszłość, można oczekiwać, aby niektóre z tych pojawiających się w następnej wersji.
• Inne nowe funkcje:
• Niewidoczne kotwice są naprawdę niewidoczne, przynajmniej wtedy, gdy coś jest do nich podłączone (Dzięki Margot)
• Opcja Extra poleceń -v linii (dzięki Mark)
• Aktualnie wybrana baza danych jest prawidłowo wyświetlane na pasku stanu ponownie
• Wiele nowych punktów rozszerzeń dla twórców wtyczek
• patrz etap: & quot; milestone_21 & quot; Pełną listę poprawki błędów,

Co nowego w wersji 2.0.1:

• Ulepszone algorytmy dla łączników automatycznych, które wskazują na kotwicy .
• Poprawa rysunek typów strzałek, które mają krótkie & quot; luka & quot; na końcu.
• Ponieważ usługa Thawte freemail został odwołany, zaktualizowaliśmy nasz certyfikat bezpieczeństwa
• Ścieżka Historia widz miał błąd, gdzie każda linia została uznana zmodyfikowana, nawet jeśli nie było. Błąd ten został usunięty.

Wymagania :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment,