Open Babel

Otwórz Babel jest open source, wspólny, wolny i wieloplatformowe biblioteki oprogramowania, które zostało zaprojektowane tak, aby działać jako instrument inżynierii chemicznej specjalnie wiele języków rozpoznawania danych chemicznych. To jest po prostu mianem & bdquo; Otwórz Chemia Toolkit & rdquo;. Funkcje w glanceWith Otwórz Babel, użytkownicy będą mogli wyszukiwać, analizować, konwersji i przechowują dane z chemii, modelowania molekularnego, biochemii, jak również w innych dziedzinach pokrewnych. Obsługuje szeroką gamę popularnych formatów plików, w tym chemicznych, SDF / Mol2 MOL, WPB, XYZ, uśmiechy, i CML.
Ponadto Otwórz Babel zapewnia obsługę narzędzi, MIME chemicznego w pełni funkcjonalnym programisty, mądrość, elastycznego dopasowywania atom / typer obligacji, usunięcie wodoru oraz dodawanie, bitvector klasę przekształceń macierzy i wektora, jak i molekularnym testu suite.Under kaptur i obsługiwane działa systemsOpen Babel jest w całości napisany w języku programowania C ++. To & rsquo; sa prawdziwe oprogramowanie cross-platform, które obsługuje GNU / Linux, BSD, Solaris, usług użyteczności publicznej, Microsoft Windows i systemów operacyjnych Mac OS X. Oba komputery 32-bitowe i 64-bitowe są oficjalnie obsługiwane w momencie pisania this.Getting rozpoczął z Open BabelFirst wszystkich, zdecydowanie zalecamy zainstalować Otwórz Babel, korzystając z gotowych pakietów binarnych z repozytoriów oprogramowania aparatu domyślna dystrybucja Linuksa. Jeśli system GNU / Linux nie robi & rsquo; t mają oprogramowania Otwarty Babel w swoich transakcji repo, to & rsquo; ll skompilować i instalacja aplikacji przy użyciu uniwersalnych źródła archiwalne znajdujące się na Softoware.
Pobierz archiwum (archiwum tar.gz), rozpakuj go w wybranym położeniu, otwórz emulator terminala, przejdź do folderu wyciąganego i uruchomić & bdquo;. Cmake & rdquo; Polecenie (bez cudzysłowów), aby skonfigurować projekt. Następnie należy uruchomić & bdquo; aby & rdquo; polecenie, bez cudzysłowów, oczywiście, go skompilować. Prosimy upewnić się, że narzędzie CUpewnij w zainstalowane w systemie operacyjnym przed powyższymi instrukcjami

Co nowego w tym wydaniu:.

• Ta wersja stanowi znaczący bug-fix-release i powinny być stabilne aktualizacji, zalecane dla wszystkich użytkowników Otwórz Babel. Wiele błędów i ulepszenia, które zostały dodane w ostatnim roku od wydania 2.3.0.

Co nowego w wersji 2.2.2:

• Ta wersja stanowi główne wydanie bug-fix i jest stabilna aktualizacji, zalecane dla wszystkich użytkowników Otwórz Babel. Chociaż nie może być wiele nowych funkcji, wiele wypadków i inne błędy zostały poprawione od 2.2.1.
• Aktualizacja do nowej Inchi 1,02 dopuszczenia do produkcji znormalizowanych wyjście Inchi i InChIKey.
• Naprawiono wiele błędów stereochemią podczas odczytu / zapisu uśmiecha. Jest to część większego projektu, który będzie gotowy w wydaniu 2.3.
• Poprawiono kompilacja i instalacja na platformach Cygwin i MinGW.
• Znacznie poprawiła aromatyczności i Kekule przydział obligacji.
• Ulepszona 2D - & gt; 3D generowania współrzędnych
• Lepsza generacji współrzędnych za pomocą --gen3d operacji wiersza polecenia
• Zwiększona wydajność dla generacji współrzędnych.
• Nowy --fillUC obsługa wiersza poleceń babel.
• Poprawki do dodatku wodoru, zależny od pH.
• Dodano wsparcie dla odczytu danych drgań z Molden, Molpro i NWChem plików wyjściowych.
• Aktualizacja promienie atomowe z ostatnich obliczeń teoretycznych.
• Naprawiono błąd podczas czytania kompresji gzip lub pliki XML Mol2.
• Zamknij pliki po błędu. Naprawiono błąd z Pybel gdzie pliki będą pozostawać otwarte.
• Wiele poprawek więcej błędów i drobnych usprawnień funkcji. == Nowe formaty plików == Import & Export:
• wejście Molpro i wyjście.
• współrzędnych VASP plików (CONTCAR i POSCAR).

Co nowego w wersji 2.2.1:

• Ulepszone interfejsy skryptowe, w tym Python 3 i ulepszone wsparcie # obsługa Java i C.
• Dodano wsparcie dla odcisków palców MACCS. Dzięki projektowi RDKit.
• Wiele poprawek i usprawnień w kodzie pola siłowego. W szczególności, realizacja pole siłowe UFF powinien obsługiwać wiele więcej cząsteczek.
• Ulepszona 3D współrzędnych generacji, szczególnie fragmenty pierścienia. Możesz dać tego spróbować z obgen narzędzia.
• Poprawiono wiele błędów importu PDB z typów atomowych.
• Dodano wsparcie dla czytania opłat i promienie z formatów plików PQR.
• Dodano wsparcie dla odczytu i zapisu komórek elementarnych w PDB formatach.
• nowej & quot; Wyjście & quot; Format pliku do robienia rodzajowa & quot; & quot ;, .out & quot; & quot ;, .log i & quot; .dat & quot; pliki i czytania z odpowiednim typem pliku opartym na zawartości. Obecnie działa bardzo dobrze dla chemii kwantowej pakietów.
• Dodane ulepszoną obsługę błędów i raportowania, gdy nie można załadować formatów plików.
• Ulepszona obsługa formatu plików CIF.
• Wiele, wiele, wiele innych poprawek i ulepszeń małe.