Marvin

Projekt Marvin oferuje zestaw narzędzi Java do rysowania, wyświetlanie i charakteryzacji chemicznej struktury, podbudów i reakcje.
Marvin można łatwo zainstalować na pulpicie i zintegrowane na stronach internetowych i aplikacji firm trzecich poprzez interfejs programowania aplikacji (API).
Rodzina Marvin składa się z następujących narzędzi:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Aplety lub Fasola?
Marvin jest dostępny w dwóch pakietach, w zależności od zastosowania:
* Marvin aplety dla web developer
* Fasola Marvin na pulpicie apteki i dla deweloperów oprogramowania.
Marvin Aplety są narzędzia do budowy stron internetowych, chemicznych, które są kompatybilne z większością przeglądarek (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, itp) Oferują one dostęp do / z JavaScript i są konfigurowalne przez parametry apletów.
Fasola Marvin się łatwo instalować aplikacje na pulpicie i narzędzia do integracji możliwości Marvin do dowolnej aplikacji Java

Co nowego w tym wydaniu:.

• MarvinSketch:
• Wykaz wg baza w chemicalize.org.
• Możliwość zmiany kolejności ligand w MarvinSketch.
• Efekt mgły można sterować na kilka sposobów:
• Nie ma suwak na karcie Ekran w oknie dialogowym Preferencje w Sketch / Zobacz GUI, aby ustawić siłę efektu mgły i pole wyboru, aby wyłączyć automatyczne mgła-efekt.

Parametry
• apletu i fasola są wprowadzane: fogFactor, automaticFogEnabled. (Temat na forum).
• Mocowanie do punktu przyłączenia grupy nie powoduje automatycznego rozgrupować Sgroup więcej.
• Oznaczanie zawartości S-grupy:. Wielokrotne i ogólne S-grupy musi zawierać cały podgrafu między obligacji przekraczających nawiasy
• Aktualizacja zawartości S-grupy, jeśli zmiany pozycji wspornika: albo wsporniki lub struktura zostanie przeniesiona
.
• osadzanie S-grupy i nakładanie są sprawdzone w cząsteczce kontroli zgodności.
• Spryt import obsługuje alifatycznych atomów węgla z podwójnym wiązaniem (temat na forum).
• SMILES import / eksport obsługuje allenes.
• Generowanie tradycyjną nazwę fragmentów wewnątrz większego związku (np & quot; dekstrometorfanu bromowodorku & quot;).
• Obsługa Numer CAS konwersji.
• Ulepszona OCR korekcji błędów w DocumentExtractor (brakujące przecinki, rozpoznany typu nawias, dodatkowe spacje, ...).
• Dokument Extractor dokumentów PDF daje teraz numer strony trafień.
• Ulepszone wsparcie dla popularnych nazwisk w struktury do nazwy, a nazwa-struktury. Ogólne wsparcie dla importu wzrosła o nazwie około 5% do wspólnego i 10% na systematycznych nazw. Szybkość konwersji jest zwiększona o około 20%.
• JChem i Marvin Fasola instalatorów dla systemu Windows wyodrębnić również skrypt dla cygwin.
• Zachowanie grupy exocycyclic w ramach Bemis-Murcko.
• Halogen może mieć więcej niż jedno połączenie podczas wyliczania.
• obligacje aromatyczne są traktowane podczas obliczania liczby wiązań podwójnych kontroli własności homologii.
• Tryb wyboru Lasso może być ustawiony jako domyślny w MSketchPane (temat na forum).
• Nowa funkcja, isChiral został dodany do TopologyAnalyzer.
• Nowy Chmical funkcje: isQuery Warunki (), fieldAsString ()
.
• Poprawki błędów:
• pole Nazwa nie został zaktualizowany po utworzeniu grupy, ponieważ utworzenie grupy nie zwiększyć liczbę zmian wykres niezmienny (temat na forum).
• aplikacji MarvinSketch nie rozumiem & quot; - {nazwa} & quot; parametr wiersza poleceń.
• Po Struktura & gt; Znajdź struktury online menu została wywołana pod Linuksem, domyślna przeglądarka nie wykryto, aby wyświetlić wynik (temat na forum).
• ładowanie pliku isotopes.data z pamięci podręcznej java niewykonane, jeśli jego nieskompresowany wersja została zapisana w pamięci podręcznej (czyli jeśli Dekompresowanie było wykonywane automatycznie przez serwer WWW, a nie przez Marvin). Temat na forum, dokumentacja.
• Obiekty graficzne nie są wyświetlane w oknie wyników Geometria Plugin.
• Na strzałką przepływu elektronów, niebieskie pole dla podkreślenia był brakowało (temat na forum).
• obciążenie Ligand nie był wyświetlany na rusztowaniu jeśli definicje zostały usunięte, nawet jeśli cali do Zawsze cali do opcja wyświetlania został ustalony na & quot; ligand zamówienia i quot; w oknie ustawień.
• Indeks atomu został uszkodzony wieloośrodkowym po eksporcie do formatu MDL Mol jeśli został podłączony do R-grupy.
• Strzałka przyklejone do prostokątów został uszkodzony podczas MRV importu / eksportu (temat na forum).
• Import peptydu 1 liter nie na jednym histydyny (temat na forum).
• Pośrednia atomy wodoru brakowało importując z SKC.
• Wartość Null własnością MolAtom nie wywozu / przywozu w formacie MRW.
• Poprzez import niektórych mądrość, niewłaściwy typ obligacji została ustalona zamiast jednego lub aromatycznym obligacji.
• Pewne wsporniki importowane z plików CDX wystawione w ChemDraw były wyświetlane w złym kierunku.
• Spryt eksport:. 1-atom sąsiad pojedyncze wiązanie aromatycznego pierścienia był eksportowany jako jednej obligacji zamiast pojedynczego / aromatycznej
• Eksport zapytania z węzła łącza i grup R w formacie mądrość były błędne.
• Obsługa atomów H była niejednoznaczna w mądrość wyrażeń.
• Mol komentarz importowanego pliku pola nie powiodło się.
• Import niektórych SMILES mylił (temat na forum).
• szablon zawiera część łańcucha, które mogą znajdować się w miejscu docelowym jako część pierścienia lub układ pierścieniowy () powinny ignorować tę część matrycy.
• Fine z Hydrogenize opcja Clean3D nie rozgrupowania S-grupy automatycznie (temat na forum).
• Molecule.contractSgroups () zawiedli współrzędne cząsteczek (temat na forum).
• atomy wodoru Jawne nie zostały odpowiednio uwzględnione w cis / trans obliczania stereochemii.
• generator Tautomerem rzucił ArrayIndexOutOfBoundsException w niektórych przypadkach.
• homologii wyliczenie przyniosły sprzeczne cząsteczek jakiegoś wejścia VMN.
• Nieprawidłowe ładowanie liczyć po zastosowaniu CovalentCounterion utrwalacza.
• Format wyjściowy dziennik linii poleceń StructureChecker różniły się od formatu wyjściowego kreatora.
• ChiralFlagErrorChecker nie obsługiwać chiralności poprawnie. Zamiast obliczania chiralności z danych parzystości, kiedyś implementację w oparciu o metodę isChiral z TopologyAnalyser.

Co nowego w wersji 5.4.0.1:

• Highlighting strzałki przepływu elektronów było źle, gdy podstawa lub punkt końcowy był obligacji (temat na forum).
• Konfiguracja Menu Serialized nie działa.
• Indeks wieloośrodkowym atomu błędnie utworzony podczas eksportu MDL MOLFile w przypadku konstrukcji, gdzie R-grupa połączonych z atomem (wieloośrodkowego zmienności pozycji obligacji).
• brakowało niejawne wodoru z węgla po przywozie lub pasty struktur w / Symyx Szkic formatu pliku (format pliku SKC) ISIS.
• Pliki CDX tym obróconych obiektów graficznych wywiezionych ze starej wersji ChemDraw nie mogły być importowane.
• obliczenia Tautomerem
• Generic tautomer nie był wystarczająco unikalny w niektórych przypadkach. Ze względu na poprawki, generic tautomerem jest formularz aromatyczny.
• Canoncical obliczenia tautomerem została poprawiona ze względu na poprawkę z dearomatization.
• Pewne konstrukcje z wyraźnymi atomów wodoru związanych z obligacji klina dał wyjątek podczas generycznego tautomeryzacji.
• Obliczanie objętości brakowało cxcalc.
• Struktura Checker rzucił NullPointerException zamiast ignorując niewłaściwy plik konfiguracji.

Co nowego w wersji 5.1.03.2:

• IUPAC Nazwa importu: przekształcenie nazwy IUPAC struktur.
• OLE 2 Wsparcie:. Ulepszone wsparcie wklejenia MarvinSketch przedmiotów do dokumentów biurowych MS
• Warunki chemiczne:. Dostępne z linii poleceń w Marvin, API i może być stosowany w skryptów Java (w apletów)
• Przyspieszony Inicjowanie MarvinSketch i MarvinView przy starcie, zarówno w wersji autonomicznej, jak i realizowanej składnika w innych aplikacjach.

Wymagania :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment,