Topographica

Topographica to pakiet oprogramowania do modelowania komputerowego map neuronowych.
Celem jest, aby pomóc naukowcom zrozumieć funkcje mózgu na poziomie z map topograficznych, które tworzą systemy sensoryczne i motoryczne.
Topographica ma na celu uzupełnienie wielu dobrych symulatorów niskiego poziomu neuronów, które są dostępne, takie jak Genesis i Neuron. Symulatory te koncentrują się na modelowaniu szczegółowe wewnętrznego działania neuronów i małych sieci nich.
Topographica zamiast tego koncentruje się na dużą skalę struktury i funkcji, która jest widoczna tylko wtedy, gdy wiele tysięcy takich neuronów są podłączone do map topograficznych zawierających miliony połączeń.
Wiele ważne zjawiska nie mogą być badane bez takich dużych sieci, w tym organizacji dwuwymiarowej orientacji wzrokowej i mapy kierunku ruchu obiektu i procesów segmentacji i grupowania.
Aby takie modele praktyczne, w Topographica podstawową jednostką jest arkusz neuronów, zamiast neuronem lub część neuronu.
Dla większości symulacji, arkusze mogą być realizowane na wysokim poziomie, składający się z abstrakcyjnego szybkości wypalania lub neuronów integracji-i-Fire.
Gdy wymagane do zatwierdzenia lub do konkretnych zjawisk, Topographica można łatwo rozszerzyć za pomocą arkusza, które interfejsy do bardziej szczegółowych modeli neuronowych w innych symulatorach.
Mniej szczegółowo arkusze mogą być także stosowane tymczasowo, na przykład podczas interakcji z modelu w czasie rzeczywistym.
Przez cały Topographica ułatwia użycie odpowiedniego poziomu szczegółowości i złożoności, jak określono w dostępnej mocy obliczeniowej, zjawisk zainteresowania i ilości danych biologicznych dostępnych do walidacji.
Rysunek po prawej u góry przedstawia przykładową Topographica model wczesnych etapach układu wzrokowego, modelowania, jak wejście jest siatkówki zwerbowany przez wzgórza, pierwotnej kory wzrokowej i wyższych obszarach korowych. Ponieważ Topographica jest mapa ogólnego przeznaczenia symulator, obsługuje również wszelkie inne formy zmysłowe, które jest podzielone na mapach topograficznych, takich jak dotyk i słuch, a także obszarów mechanicznych.
Topographica jest swobodnie dostępne do pobrania i jest projektem open source, którego możliwości można rozszerzyć i modyfikowane przez dowolnego użytkownika. Zapraszamy wkład użytkowników i zapraszam zainteresowanych do przyłączenia się do dystrybuowane globalnie deweloperami.
Chociaż kod jest wciąż bardzo aktywnego rozwoju, to w codziennym użytkowaniu w licznych projektach badawczych i zajęć akademickich.
Biorąc pod uwagę szybkie tempo obecnego rozwoju, będąc deweloperem jest chyba najlepszy sposób, aby nadążyć za wszystkimi zmianami.