BioJava

Screenshot Software:
BioJava
Szczegóły programowe:
Wersja: 4.1.0 Aktualizowane
Filmu: 10 Dec 15
Licencja: Wolny
Popularność: 172

Rating: 1.0/5 (Total Votes: 1)

To zapewnia procedur analitycznych i statystycznych, analizatorów składni dla popularnych formatów plików i umożliwia manipulowanie sekwencji i struktur 3D.

BioJava jest narzędziem do odkrywania możliwości Java w świecie bioinformatyka

Co nowego w tym wydaniu:.

  • Zgodnie rejestrowanie błędów. SLF4J jest używane do logowania i zapewnia adaptery do wszystkich większych wdrożeń logowania.
  • Ulepszona obsługa wyjątków.
  • Usunięto przestarzałe metody.
  • rozszerzony samouczek BioJava.
  • Zaktualizowane zależności przypadkach.
  • Dostępne na Maven Central.

Co nowego w wersji 4.0.0:

  • Spójne rejestrowania błędów. SLF4J jest używane do logowania i zapewnia adaptery do wszystkich większych wdrożeń logowania.
  • Ulepszona obsługa wyjątków.
  • Usunięto przestarzałe metody.
  • rozszerzony samouczek BioJava.
  • Zaktualizowane zależności przypadkach.
  • Dostępne na Maven Central.

Co nowego w wersji 3.1.0:

  • Nowe funkcje:
  • Wersja 1.4 CE-CP, z dodatkowymi parametrami
  • Aktualizacja do zakresu 2.04
  • Poprawa FASTQ analizowania
  • Napraw błędy w WPB analizowania
  • Drobne poprawki w trasowania konstrukcji

Co nowego w wersji 3.0.8:

  • Nowy
  • Genbanku pisarz,
  • parser dla pliku kariotyp z UCSC
  • parser dla lokalizacji genu z UCSC
  • Parser nazw genów plik z genenames.org
  • Moduł do kodu regresji Coxa analizy przeżycia
  • Obliczanie dostępnej powierzchni (ASA),
  • Moduł do parsowania plików .OBO (ontologii)
  • Ulepszona:
  • Przedstawicielstwo SCOP i Berkeley SCOP klasyfikacji

Co nowego w wersji 3.0.7:

  • Dodane podstawowy parser GENBANK
  • .
  • Naprawiono problem podczas tłumaczenia kodony z N.
  • Teraz można wywnioskować obligacji struktur białkowych.
  • Dodano wsparcie dla analizowania zapisów mmcif dla organizmu i systemu ekspresji.
  • Wiele małych poprawek i ulepszeń.

Co nowego w wersji 3.0.6:

  • Rozwój przeniesiona do GitHub na: https: // github.com/biojava/biojava

Co nowego w wersji 3.0.5:.

  • Nowy parser klasyfikacji Cath
  • Nowy parser dla formatu pliku w Sztokholmie.
  • Znacznie poprawiła reprezentacja zespołów biologicznych struktur białkowych. Teraz można ponownie utworzyć zespół biologicznej z jednostki asymetrycznej.
  • Kilka poprawek błędów.

Co nowego w wersji 3.0.4:

  • Jest to głównie problem wydanie poprawka rozwiązywania problemów w moduły struktury i zaburzenia białkowe.
  • Jedną z nowości:. Dane SCOP można teraz albo dostępne z oryginalnej witryny SCOP w Wielkiej Brytanii lub w wersji Berkeley

Co nowego w wersji 3.0.3:

  • Znaczne ulepszenia w module usług internetowych (NCBI BLAST i usługi HMMER internetowych).
  • & quot; nowej & quot; parser fastq (przeniesione z serii biojava 1 do wersji 3).
  • Wsparcie dla sifts-PDB do mapowania UniProt.
  • Moduł Protmod zmieniona na modfinder.

Co nowego w wersji 3.0.2:

  • struktura białka: Ulepszona obsługa domen białkowych: Teraz obsługuje SCOP. Nowa funkcjonalność do automatycznego prognozowania domen białkowych, opartych na białku domeny Parser.
  • Drobne poprawki i poprawki w kilku innych modułów.
  • biojava3-aa-prop: Nowy moduł pozwala na obliczenie fizyko chemicznych i innych właściwości sekwencji białkowych,
  • .
  • biojava3 zaburzenia białkiem: nowy moduł do przewidywania regionów nieuporządkowanych w białkach. Opiera się ona na realizacji Java predyktora Ronn.

Co nowego w wersji 3.0.1:

  • Wydanie 3.0.1 to przede wszystkim poprawki błędów zwolnić za niedawne 3.0 Wydany który dostarczył główną przepisanie kodu bazowego biojava.

Wymagania :

  • Java 1.6 lub wyższy,

Podobne oprogramowanie

decimal.js
decimal.js

12 Mar 16

BioRuby
BioRuby

19 Jul 15

Artoo
Artoo

21 Jul 15

gmp.js
gmp.js

5 Jun 15

Komentarze do BioJava

Komentarze nie znaleziono
Dodaj komentarz
Włącz zdjęć!