Staden Package jest w pełni rozwinięty zestaw montażu sekwencji DNA (Gap4), edycji i narzędzi analitycznych (spin) dla Unix, Linux, MacOSX i MS Windows.
Na froncie Gap4 było kilka łączenia związane drobne
ulepszenia w jaki sposób wyniki dołącza Znajdź i wewnętrzne przyłącza
funkcjonalność przycisku align w Edytorze Dołącz.
Także konsekwencji do gap4 są różne zmiany io_lib (
biblioteka dla wszystkich wejść / wyjść do różnych formatów plików śladu). Z dodatkiem
nowego programu hash_exp teraz pozwala na eksperyment się pliki
sklejone i indeksowane. Lista nazw plików eksperyment
powinny być dostarczone do stil gap4, ale pod warunkiem, że środowisko EXP_PATH
zmienna została ustawiona poprawnie gap4 będą mogli pobrać indywidualne
Sekwencje wyjścia z eksperymentu łączonych pliku
archiwum. Ulepszenia interfejsu użytkownika dla tego jeszcze trzeba być
wykonane.
454 archiwa SFF są obecnie lepiej obsługiwane. Wskaźniki te defsult 454
teraz pracują, choć programu hash_sff może być wykorzystane w celu zapewnienia
Alternatywną strategią indeksowania (ewentualnie szybciej w pewnych przypadkach).
Gap4 i trev mają również inną śledzenia styl wyświetlania śladów, które
mają jeden skan próbki (x4) na kanały połączenia bazowej. W tym przypadku można
również zwrócić 4 wartości ufności zamiast 1 na wyciągnięcie ręki. Te umiejętności
pozwoli na lepszą integrację opracowana przez firmę Solexa ślady, gdy łatwiej
dostępne.
Plus oczywiście zwykle mieszanka poprawek i drobnych usprawnień. Zobacz
Dziennik zmian do pełnej informacji (poprzez stronę SourceForge).
Inne istotne zmiany
Gap4
Komentarze nie znaleziono