goby

babka jest API Pythona do odczytu plików binarnych danych utworzone za pomocą ram zarządzania danymi Babka Next-Gen.
Zazwyczaj ten katalog jest jako część całego pakietu babka, dostępny od:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Kompletny pakiet zawiera kod źródłowy Java. Jeśli po pobraniu tego pakietu PyPI lub innego źródła Pythona specyficzne, może być odbierane tylko Pythona część kodu.
Rozwój Ostrzeżenie
Biblioteki Babka Python nie są tak dojrzałe jak wdrożenie Java. Może to być bardziej błędy i nie jest przeznaczony do dostarczenia kompletnego zestawu funkcji, które znajdują się w wersji Java.
Instalacja:
& Nbsp; 1. Upewnij się, że Python 2.5 lub nowszy. W razie wątpliwości, należy uruchomić:
python -V
& Nbsp; 2. Pobierz i zainstaluj pakiety warunkiem Pythona:
& Nbsp; 1. Zderzaki Protocol
& Nbsp; Dostępne od http://code.google.com/p/protobuf/ lub PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - wymiana Pythona do java.util.Properties
& Nbsp; Dostępne od http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Zainstaluj pakiet babka:
python setup.py install
& Nbsp; Ten krok może wymagać uprawnienia superużytkownika.
Sposób użycia:
Przykładowe skrypty są do wykazania, w jaki sposób uzyskać dostęp do zawartości plików babka w Pythonie.
& Nbsp; * Oto jak skanować plik wyrównania Babka:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(Pliki basename.entries i basename.header musi wyjść).
& Nbsp; * następne polecenie drukowania zawartości pliku wyrównania jako tekst:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * następne polecenie przekonwertować plik do kompaktu czyta formacie FASTA:
GobyCompactToFasta.py file.compact odczytuje
& Nbsp; * następne polecenie wydruku statystyk o treści kompaktowych czyta plik:
GobyReadsStats.py file.compact-czyta

Wymagania :

• Python