CodonW

CodonW to program przeznaczony do uproszczenia analizie wieloczynnikowej (analiza korespondencji) użytkowania kodon i aminokwasów. Oblicza także standardowe wskaźniki kodonów. Posiada zarówno menu i interfejs wiersza poleceń.
Projekt CodonW został napisany przez Johna Peden w pracowni Paula Sharp, Dept Genetyki Uniwersytetu w Nottingham. John pracuje w genetyce człowieka i jest obecnie zatrudniony jako kierownik bazy ProCardis na WTCHG w Uniwersytecie Oksfordzkim.
Oto kilka kluczowych cech "CodonW":
· Napisane w ANSI zgodny C
· Menu napędzane
· Rozległe liczba opcji wiersza poleceń
· Kod genetyczny niezależne
· Brak ograniczeń
1. Liczba sekwencji
Długość 2. Sekwencja
· Oblicza indeksy kodonów
1. CAI: Codon Indeks adaptacja
2. Fop: Częstotliwość optymalnych kodonów
3. NC: Efektywna liczba kodony
4. CBI: kodonów Główna
· Oblicza indeksy aminokwasów
Wynik 1. SOSY
2. Aromatyczność
· Oblicza analizy korespondencji z
1. kodonów
2. RSCU (względna synonimem kodonów)
3. Wykorzystanie kwasu amino
· Analiza korespondencji
1. Można włączyć / wyłączyć / aminokwasy kodony
2. generuje szczegółowe raporty o trendach
3. Próby identyfikacji optymalnych kodonów automatycznie
4. może umożliwić dodatkowe zestawy danych do dodania
5. zapisuje dowolną liczbę trendów
· Oblicza parametry genów
Długość 1. Gene
2. GC, GC3s i specyficzne położenie kodon C G +
3. dinukleotydowych skład (we wszystkich trzech kodonów klatek)
4. Wykorzystanie kwasu amino
5. Wykorzystanie aminokwasów względna
6. Użycie kodonów
7. Względna Synonim kodonów
· Czy koncepcyjnie przekłada sekwencje do białka
· Formatuje dane sekwencji
· Wyjście czytelne Human lub maszyny
· Czy łączenia genów (przy zachowaniu ramki odczytu), aby obliczyć
1. Ogólny kodonów
2. Zawartość GC
Skład 3. dinukleotydowych
· Generuje tabele kodon aminokwas lub użycie RSCU
· Może nawet pomóc nauczyć się kodu genetycznego.
· Bardziej