Bioinformatics Benchmark System

Screenshot Software:
Bioinformatics Benchmark System
Szczegóły programowe:
Wersja: 3
Filmu: 3 Jun 15
Wywoływacz: Joe Landman
Licencja: Wolny
Popularność: 8

Rating: 4.0/5 (Total Votes: 1)

Benchmark systemu Bioinformatyka jest próba zbudowania rozsądnej ramy badań, testów i danych, aby umożliwić użytkownikom końcowym i dostawców do badania wydajności swoich systemów.
Co chcemy zrobić, to stworzyć ramy dla badań i podstawowy zestaw testów, które wszystkie mogą pobrać i używać do badania poszczególnych elementów wydajności systemów.
Ponadto, źródłem tych badań są dostępne na licencji GPL i są przechowywane na Bioinformatics.org i Informatyki LLC Scalable pomysłem jest umożliwienie użytkownikom końcowym, konsumentów, deweloperów systemów i innych łatwo zbudować i używać sensownych powodów testy pomiaru i tuningu ,
Joe Landman z Scalable Informatyki LLC wpadł na pomysł i pisał oryginalne kody. Szukamy dodatkowych wskazówek porównawczych kodu, testów, zestawów danych, etc.
Obecne badania podstawowe kilka NCBI BLAST prowadzi kilka serii HMMER i wiele innych. Planujemy to CLUSTALW X! Tandem, różne chemia, dynamikę i podobnych testów, a także kilka innych.
Testy takie jak LINPACK lub HPL po prostu nie dają wymiernych wskaźników skuteczności lub modeli predykcyjnych dla wysokich informatyki wydajności. Niestety, ani też nie wiele więcej testów ostatnich i skoncentrowany.
To jest problem, jak Linpack i HPL specjalnie testowania wydajności na różnych operacji macierzy, gdzie trzeba skutecznie regularne wzory z dostępem do pamięci i konkretnych działań matematycznych.
Kody te są najbardziej przydatne w porównaniu do kodów z ciężkich operacji zmiennoprzecinkowych i ruchu przeplatanej pamięci. Kody te nie są przeznaczone do kompleksowej analizy porównawczej systemów, gdzie na dysku I / O, opóźnienia pamięci, i inne czynniki przyczyniają się do problemów z wydajnością.
Najlepsze testy są te, które są najbardziej podobne do kodów można uruchomić na komputerze. Badania powinny być same rozsądne przybliżenia rzeczywistego wykonania kodu, używając prawdziwych danych. Być może trzeba pare go w celu uzyskania realistycznych czasów pracy.
Powinieneś mieć rozsądny podzbiór wielkości danych. Pojedynczy test nie powiedzieć, jak skaluje system, a jednym z powodów istnienia tego testu jest specjalnie pozwalają przetestować wydajność przy jednoczesnym zwiększeniu różne aspekty obciążenia.
Rzadko można uzyskać system spoczynkowego w klastrze, więc zalecamy, aby spróbować uruchomić w realistycznym środowisku jako operacyjnego, jak to możliwe. Bazowego systemu spoczynku jest w porządku, ale może ustawić swoje oczekiwania w sposób nieuzasadniony.
top

Podobne oprogramowanie

Pathomx
Pathomx

17 Feb 15

SSuMMo
SSuMMo

14 Apr 15

misopy
misopy

20 Feb 15

Komentarze do Bioinformatics Benchmark System

Komentarze nie znaleziono
Dodaj komentarz
Włącz zdjęć!